開始，亞曆山大還想給底比斯人一個悔過的機會，他沒有立即下令攻城，而是在底比斯城下紮營，等待底比斯改悔，派使節來見他。底比斯人在亞曆山大大軍壓境下，仍不屈服，他們沒有派來求降的使節，而是派出了一隊騎兵和輕裝步兵衝向亞曆山大的營地，從遠距離向營地外圍投石射箭，殺傷了一些馬其頓士兵。亞曆山大立即派出一支輕裝步兵和弓箭手，把已經衝到營地跟前的底比斯人逐回城內。第二天，亞曆山大率領全軍，前進到距衛城不遠處紮營。他仍沒有令人攻城，在這裏紮營，隻是為了便於支援被底比斯人圍困的、駐守在衛城的馬其頓部隊。底比斯人在衛城四周修起了雙重柵欄，使外邊的人無法支援被困在裏邊的人，裏邊的人也無法衝出來和外邊支援的人裏應外合。在這種情況下，亞曆山大仍然希望能和平解決，仍在等待，沒有下攻城令，而是在衛城附近的營地裏按兵不動。亞曆山大這種態度和他一貫的果斷迅速的作風大不一樣，這要麼是亞曆山大對希臘人有一種特殊的感情，不願造成大的流血事件；要麼是他認為這樣做可以兵不血刃解決問題，效果更好。
亞曆山大的等待有了一定的效果，有一些底比斯人動搖了，從城內出來了幾位公民，要見亞曆山大，替全體底比斯市民請罪，請求他饒恕他們這次造反。但那些反馬其頓的人卻拒不接受亞曆山大任何寬恕，堅決要與亞曆山大對抗到底。
亞曆山大仍在等待，仍然不進攻。但是，他的部下卻沒有亞曆山大這樣的耐心，他們被底比斯人的態度激怒了，他的警衛部隊的指揮官赫斐斯申不等亞曆山大下達進攻的命令，就率領部下搗毀柵欄，衝了進去，直撲底比斯的前衛部隊。攻城戰就這樣開始了。亞曆山大表現了他作為一個偉大統帥的當機立斷，戰鬥雖不是在他的命令下開始的，但既已開始，就要把戰鬥引向勝利，而不能聽任攻城的部下陷入困境，他立即下令全軍攻城，並親自率領軍隊攻了上去。底比斯人根本無法抵抗馬其頓人的進攻，亞曆山大很快就攻進城內。這時，亞曆山大一改寬厚仁慈的態度，露出了一副凶神惡煞的麵目，下令對不投降者，一律格殺勿論。底比斯城內成了屠宰場，馬其頓軍隊四處追殺潰敗的敵人，屠殺停止抵抗的底比斯人，家裏、寺廟裏都成了馬其頓士兵殺人的場所，見一個殺一個，見兩個殺一雙，婦女、小孩也不能幸免。逃到城外平原地帶的底比斯人，也難逃一死，先後被追殺。總共有6000多底比斯人被殺。隨後，亞曆山大在科林斯召開了一次同盟的理事會來決定底比斯的命運。按照會議的決定，30000多名幸存者都被賣到亞曆山大軍中當奴隸，起義的領導者被絞死梟首示眾，底比斯全城被燒毀，夷為平地，由各盟邦瓜分。但在亞曆山大的特別關照下，寺廟被保存下來，大詩人品達的家宅也安然無恙。亞曆山大在大肆屠殺中，仍然顯示他政治家的圓通，沒有忘記表示他對希臘文化的尊重，對神的敬仰。普盧塔克記述了這樣一個故事，說明亞曆山大在瘋狂中仍保持著清醒。有一個馬其頓軍官闖進了一個底比斯婦女的屋裏，使她遭受了無法形容的侮辱和傷害，最後還問她是否藏有金銀。她告訴他說，她的全部珍寶都藏在一口井裏，她把他領到井邊，在他俯身向井中凝視時，她突然把他推了下去，並投下大塊石頭，把他砸死了。恰巧被幾個馬其頓士兵看見了，他們立即把她抓起來送給亞曆山大去審判。這個婦女麵對亞曆山大昂然不懼，亞曆山大不僅寬恕了她，而且還把她的家人、財產和自由一齊歸還了她。當然，這並不能說明什麼，對整個底比斯進行侮辱、擄掠和奴役的正是亞曆山大。
底比斯，這個希臘文明的代表城市之一，這個令人驕傲的古城，狄奧尼修斯（酒神）和亞曆山大的祖先赫拉克勒斯（大力神）的誕生地，就這樣隻剩下了令人歎息的殘壁斷垣。
全希臘都在這種暴行下顫栗。他們把底比斯的毀滅看成是神譴天罰，因為在希臘人與波斯人的戰爭中，底比斯曾一再背叛希臘；他們在公元前429年侵占普拉太後，把普拉太人全部貶為奴隸，對歸順斯巴達而不歸順底比斯的人實行了大屠殺；他們還曾企圖毀滅雅典。當然，說底比斯的毀滅是神罰天譴，也是亞曆山大的擁護者為他的這一滔天罪行製造的開脫之辭，不過當時的人都相信這是真的。
屠城這樣的罪行是戰爭中常有的事，古今中外概莫能外。亞曆山大以後還會不斷犯下這類罪行，但縱觀亞曆山大的征戰一生，總的來看，他對於被他侵占的城池及其居民還是比較人道的。
亞曆山大毀滅底比斯的惟一目的，就是殺一儆百，警告希臘各邦，不得違背科林斯同盟之約。亞曆山大的目的達到了，警告起了很大作用。亞曆山大東征期間，希臘沒有發生什麼大的動亂。
雅典曾在暗中支持底比斯人，但亞曆山大對雅典卻十分寬容，雅典派了10名使者來見亞曆山大，祝賀他從伊利裏亞安全歸來和鎮壓底比斯叛亂的成功。亞曆山大還算友好地接見了使者，但給雅典城邦寫了一封信，要求雅典交出德摩斯梯尼等9名反馬其頓分子。他認為這些人應該對公元前338年凱洛尼亞流血事件負責，也應對腓力逝世時反對腓力和亞曆山大本人的罪行負責。這些人的罪行並不比底比斯叛亂分子輕。雅典沒有把這些人交出來，而是另派了一個代表團去求亞曆山大饒恕這些人。亞曆山大又一次表現出政治家的風度，答應了雅典人的請求。他這樣做，和毀滅底比斯的手段雖完全相反，目的卻一樣，都是為了穩定希臘局勢，為了在他東征時，有個穩固的安全的後方。當然，他如此善待雅典，也是想在東征時利用雅典的強大的海軍力量，同時又可在希臘人心目中樹立一個良好的仁君形象，他的老師亞裏士多德正在雅典辦學，他不願因他的過激行動而影響自己的名聲。雅典的反馬其頓分子隻有卡裏德莫斯一人被流放，後來他逃到波斯宮廷去了。
隨後，亞曆山大來到科林斯，召開並主持了同盟理事會，決定了各邦在遠征時應出的兵力。接著他又趕往特爾斐神廟，祈求神靈保佑他遠征時一切順利。
公元前335年初冬，亞曆山大回到馬其頓，做出師波斯的最後準備工作。他舉行了傳統的祭典，祭祀奧林匹斯山主神宙斯；又在故都埃加舉行了奧林匹亞運動會，同時，有人說，還舉行了文藝競賽大會，向掌管音樂、繪畫、文藝的諸女神致敬。出征前夕舉行的這一係列活動，其實是在做戰前的動員。祭神可以使遠征塗上神意的色彩，這在古代是非常重要的。文藝演出是為亞曆山大歌功頌德，傳說有一希臘神話中的豎琴手的雕像在流汗，就有人解釋說，這預示史詩、合唱詩、頌歌等作者將為亞曆山大和他的功績而辛勞流汗。運動會可激發人們的勇氣和鬥誌。同時這些活動還可以營造一種快樂、團結、奮進的良好氣氛，這種氣氛可以使即將遠離家鄉出征的士兵產生一種精神力量，這種精神力量和精良的裝備同樣重要。
一切準備就緒，亞曆山大即將踏上征途，歐洲和亞洲的兩大勢力將進行空前的決戰，曆史將翻開新的一頁。