亞曆山大為渡河作了精心的準備，他派人從民間搜羅了許多小船（獨木舟），並令人把獸皮做的行軍帳篷做成皮筏。他利用這些工具一夜間就把大約1500騎兵和4000步兵渡過了多瑙河。過河後，部隊在麥田的掩護下，神不知鬼不覺地緊靠河岸行進，快天亮時，他令部隊走出麥田，騎兵列在右翼，步兵列成橫寬、縱深的長方形方陣。吉塔人被這突如其來的攻擊嚇得完全失去了抵抗能力，他們萬萬沒有想到，亞曆山大在一夜之間不用橋就渡過了這條最大的河。他們也沒想到，亞曆山大的方陣如此堅強可怕，騎兵如此迅速凶猛。亞曆山大騎兵的第一次衝鋒就把他們打得潰不成軍了。他們先是逃到村落裏，在亞曆山大隊伍的追擊下，他們又棄村而逃，一直逃到遙遠的北部草原上去了。亞曆山大把吉塔人的村落夷為平地，奪取了吉塔人未能帶走的一切。
亞曆山大並不是要奪取這個不開化的蠻荒地區，他隻是要使這裏的部落居民能感覺到他的威力，害怕他，從而在他離開時，不敢興風作浪。因此，他在多瑙河河邊向保護神宙斯、赫拉克勒斯和容許他過河的河神獻祭後，便渡河返回南岸的營地。
多瑙河之役使亞曆山大威名大振，多瑙河沿岸的部落都在亞曆山大的強大武力麵前，屈服了，再不敢和馬其頓對抗了，特巴利亞國王派特使來致意，其他部落也派大員來謁見，傲慢的凱爾特人也派來使團，要與馬其頓修好。亞曆山大和他們之間互相都作了適當的保證。有這樣一個故事：亞曆山大在會見凱爾特人時，曾問他們，他們最怕什麼，他心想，他的威名肯定已傳遍了這一帶，他希望他們回答最怕他。但凱爾特人卻回答說，他們最怕天塌下來砸死他們，這一回答大出他的所料，不過，亞曆山大仍跟他們結了盟，宣布他們是他的朋友。同時，他自我解嘲地說：“這些凱爾特人真會吹牛。”
亞曆山大對多瑙河地區的色雷斯諸部落的策略是有戰略眼光的。這裏是一片沒開化的蠻荒之地，馬其頓占領它，並無多大的好處，卻勢必要使大量兵力陷入其中，這會影響亞曆山大的遠征波斯的計劃。亞曆山大也無意改變這裏的現狀，要對這樣一大塊地區進行整頓是不容易的，也是得不償失的。最好的辦法就是讓他們產生畏懼之心，和他們結盟。這樣做既可保證邊境的安全，又可在遠征中得到他們的一定的人力和財力的支援。其實，腓力和亞曆山大父子對希臘諸城邦也是采取結盟的方式，這也是希臘的傳統方式，所謂雅典帝國就是如此。亞曆山大在遠征波斯之前，基本上都是采取結盟方式擴大馬其頓的勢力，當然，這種結盟是以武力為後盾的，前提是盟邦都必須服從馬其頓，聽命於亞曆山大。對於那些背叛他的盟邦，他的懲罰將會是令人害怕的，甚至是令人發指的。
血洗底比斯
亞曆山大成功地降服了多瑙河地區的諸部落後，率軍返回，途中得知伊利裏亞人反叛。伊利裏亞人在巴爾幹西北部，曾是馬其頓的宿敵，亞曆山大就是在馬其頓大敗伊利裏亞人的勝利之日誕生的，他們雖被降服了，但時刻都在尋找機會反叛，他們認為馬其頓王位更迭、亞曆山大正與色雷斯人作戰，這正是他們向馬其頓報複的大好機會。但他們失算了。亞曆山大很快就平定了伊利裏亞人的叛亂，打得他們完全喪失了鬥誌，再也不敢和馬其頓對抗了。這時，傳來了底比斯人發動反馬其頓暴亂的消息。
應當說，亞曆山大對希臘是很尊重的，對希臘的高度發達的文明是從心裏敬佩的。他對他的老師亞裏士多德的熱愛和敬仰，就是這種心態的反映。他把老師為他注釋的荷馬史詩《伊利亞特》視為最心愛之物，藏在金盒中，放在枕頭下；他把希臘神話中的英雄作為自己的榜樣。他把宙斯之子赫拉克勒斯當作自己的祖先。他是以希臘人自居的。他繼位後，對希臘表現出很大的善意。腓力突然死於非命，希臘人奔走相告，大肆慶賀。許多城邦互相串聯，圖謀進行反馬其頓的叛亂。亞曆山大雖率軍南下，卻對陰謀造反的希臘諸城邦極為寬大，除了重申科林斯盟約、確立亞曆山大的希臘聯軍的統帥地位外，沒有提出別的什麼要求。為了塑造自己的感人的有修養的形象，他在科林斯甚至放下君主的架子，屈尊去拜訪了著名的哲學家第歐根尼，一位國王和一位犬儒學派代表人物進行了一次曆史性的會晤。
第歐根尼過著極端反常的生活，他以“毀壞貨幣”作為自身的任務，他力圖暴露大多數傳統的標準和信條的虛偽性，號召人們回複簡樸的自然的生活。他所鼓吹的自然生活意味著，不僅無視奢侈的享受，而且無視有組織的、因而是“常規的”社會之法律和風習。為了表達對世俗物品的鄙視，他常年住在一隻大桶中。亞曆山大竟去見這樣一個人是令人驚奇的，而他們的對話卻成了流傳千古的名言。
亞曆山大以一個國王的身份居高臨下地告訴第歐根尼，可以滿足他的一個要求，隻要他說出來。第歐根尼回答說：“你不要遮住我的太陽。”亞曆山大沒有被這樣的回答所激怒，他的回答同樣意味深長：“如果我不是亞曆山大，我願做第歐根尼。”
亞曆山大這樣做，雖有做秀之嫌，卻也反映出他對希臘、對希臘的智者的尊重，從內心深處他是想和希臘人友好相處的，當然，前提是服從他的統治。
但是，底比斯人的反叛給了他重重的一擊，如果底比斯反叛成功，後果不堪設想，他的遠征波斯的計劃就會落空。底比斯人的叛亂使他清醒了，大多數希臘人是看不起馬其頓的，如果不給希臘人一個很難忘記的教訓，他的後方就不會是安全的、鞏固的。
促使底比斯人起義的原因有兩個，一是當時在希臘盛傳亞曆山大已死於伊利裏亞；二是底比斯作為希臘的一個大城邦，一個可以和雅典、斯巴達平起平坐的強大城邦，是不甘心受馬其頓統治的，他們渴望恢複過去的日子。因此當被腓力流放的一些底比斯人秘密返回，鼓動底比斯人起來造亞曆山大的反時，他們心動了，他們被流放者的諸如“解放”、“自由”等口號所引誘，被要把馬其頓多年來強加在底比斯人身上的沉重的枷鎖甩掉的話語所迷惑，不顧一切起義了。他們殺害了兩名馬其頓官員，圍攻馬其頓駐軍，宣布底比斯獲得自由了，並要為凱洛尼亞的慘敗雪恥。他們和波斯人勾結，派人到希臘各地煽動：誰想獲得解放，誰想推翻暴君統治，誰就應當加入波斯和底比斯的行列。在底比斯人的煽動下，有好幾個城邦準備支援底比斯人，雅典也躍躍欲試。希臘人大有聯合起來反對馬其頓之勢。
但是，亞曆山大的神速行動，摧毀了希臘人謀求“解放”的一切夢想。亞曆山大聽到底比斯起義的消息時，尚在距底比斯有300裏之遙的皮侖城。這在今人看來沒有多遠的距離，在當時卻是很遠的。亞曆山大不顧部隊連續作戰的疲勞，率領大軍以每天20英裏的速度持續行軍兩周，越過不知名的蠻荒地區，來到底比斯。底比斯人大吃一驚，但他們仍然相信亞曆山大已死，認為這支突然而來的馬其頓大軍是由安提柯率領的。