細菌戰通常難以分辨和覺察，有殺人不為人知的隱蔽性。因此，公開報導細菌戰的消息不多。但據1938年至1944年的有記載並保存下來的不完全資料統計，日軍在華進行細菌戰有幾十次。細菌戰元凶石井四郎不僅在華北進行細菌戰，還親自三次到華中，以及浙、贛、湘等省空投帶鼠疫病的跳蚤。
日軍在侵華戰爭中，長期進行秘密的生物化學戰，不僅殺害了成千上萬的中國軍民，犯下了滔天罪行，而且完全違背了國際公法和人道主義原則，是世界文明史上的奇恥大辱。
四、解放區軍民克服困難堅持抗戰
1941年至1942年，日本為了實現把華北變為太平洋戰爭的“兵站基地”，加緊掠奪華北、華中的豐富資源和人力物力，以在華兵力的75%和幾乎全部的偽軍，對敵後抗日根據地實行殘酷的“掃蕩”和野蠻的“三光”政策。據統計，1941年至1942年，敵人對華北解放區的“掃蕩”達174次，較前兩年增加2/3；萬人以上的“掃蕩”有15次，累計使用兵力達到84萬人次。“掃蕩”的時間也比以往延長了，有時竟達3個月之久。為了割裂和封鎖解放區，敵人還在解放區周圍和內部修築眾多的據點、碉堡、封鎖溝(溝寬1.5丈)和封鎖牆(牆高1.5丈)。僅在華北，日軍就修築了7700多個碉堡，1186公裏的壕溝，其長度為起自山海關經張家口至寧夏的萬裏長城的6倍，地球外圍的1/4。【《抗日戰爭時期的中國人民解放軍》，人民出版社1953年版，第120頁。】
由於敵人的頻繁“掃蕩”和殘酷的燒殺搶掠，使八路軍主力部隊、地方兵團和民兵都受到很大損失。解放區的人力物力財力也遭到嚴重的摧殘。解放區的一些地區變成了遊擊區和敵占區，麵積縮小，人口大大減少。與此同時，抗日戰爭進入相持階段後，國共關係逆轉，國民黨頑固派不斷製造反共摩擦事件，對解放區實行軍事包圍和經濟封鎖，並把本應發給八路軍的微薄軍餉也停發了，甚至國際友人和海外僑胞給解放區的捐款也被扣留了，加重了解放區的困難。再加上邊區發生旱、水、蟲等自然災害，致使解放區麵臨著極其嚴重的困難。華北解放區麵積縮小了1/6。八路軍由40萬人減少到30萬人，新四軍由15萬人減少到11萬人。華北解放區的人口由1億人減少到5000萬人。解放區的財政經濟遇到了極大的困難。正如毛澤東所說：“我們曾經幾乎弄到沒有衣穿，沒有油吃，沒有紙，沒有菜，戰士沒有鞋襪，工作人員在冬天沒有被蓋。”【《毛澤東選集》第3卷，人民出版社1991年版，第892頁。】
麵對解放區的嚴重困難，中共中央向各解放區發出了“咬緊牙關渡過難關”的號召。為了克服困難，堅持敵後根據地，爭取抗戰的最後勝利，中共中央和毛澤東根據當時時局的特點，陸續製定和實行精兵簡政，減租減息，三三製，統一領導，對敵鬥爭，審查幹部，擁政愛民，時事教育，整頓三風和發展生產等十大政策。其中整頓三風、開展大生產運動是兩個中心環節。
各解放區軍民積極響應中共中央自己動手，發展生產的號召，先後開展了轟轟烈烈的大生產運動。早在1939年12月，中共中央就在延安召開生產動員大會，號召陝甘寧邊區軍民開展大生產運動。會後，大生產運動首先在陝甘寧邊區開展起來，並取得了可喜的成績。1939年，部隊、機關和學校工作人員就開荒16萬畝，收細糧1.7萬餘石，菜100餘萬公斤，幹草1000餘萬公斤。在大生產運動中，黨政軍各級幹部都以身作則，親自參加生產勞動，有力地推動了大生產運動的發展。毛澤東在延安的楊家嶺開荒種菜；周恩來和任弼時參加中央直屬機關的紡線比賽，被評為“紡線能手”；朱德除了親自領導部隊的生產運動外，還在王家坪八路軍總部前開荒種菜；林柏渠、李鼎銘都製定了個人生產計劃。特別應當提到的是一二師三五九旅在擔任警衛河防、保衛邊區的同時，利用南泥灣適合農業生產的有利條件，開展大生產運動。1940年冬，王震率領該旅開進草木叢生、荒無人煙的南泥灣屯墾，經過不到三年的艱苦墾耕，把南泥灣變成滿川稻穀香、遍地是牛羊的“陝北好江南”，不僅實現吃用全部自給，而且向政府交公糧1萬石，成為部隊大生產運動的模範。隨著大生產運動的深入，陝甘寧邊區的經濟有了很大的發展，做到了“豐衣足食”。從1941年到1943年開荒200多萬畝，生產糧食從163萬石增加到184萬石，棉花年產由25萬公斤增至104.5萬公斤，養牛達21萬頭
，其它牲畜也有了較快增長；工業生產已有公營工廠76個，年產布5萬匹，並能煉油、煉鐵、製造簡單機器、製造軍火、生產肥皂、火柴、藥品等等。
其他解放區也先後開展了大生產運動。由於處在戰爭頻繁的環境中，各解放區軍民實行“勞力與武力相結合”，“戰鬥與生產相結合”的方針，白天耕地，夜間習武或猝襲敵人，而在農忙時間，部隊掩護農民搶種搶收。到1943年，晉綏、北嶽、膠東、太行、皖中等六個地區共擴大耕地麵積600萬畝以上。
大生產運動的開展，不僅解決了解放區軍民吃飯穿衣問題，克服了嚴重的財政困難，促進了解放區經濟發展，為奪取抗日戰爭的最後勝利奠定了物質基礎。同時，密切了黨群和幹群關係，改進了工作作風，增強了軍政、軍民之間的團結。
整風運動是中國共產黨在抗日戰爭期間開展的一次普遍的馬克思主義教育運動。抗戰以來，中國共產黨得到迅速發展，黨員數量由4萬多人猛增到80萬人，大批新黨員加入黨內。他們大多出身於農民和其他小資產階級，雖然有很高的革命熱情，但缺乏革命的鍛煉，還存在不少非無產階級思想；同時，由於中國共產黨曆史上曾發生過“左”傾與右傾錯誤，這些錯誤還未能在思想上得到徹底肅清，並以主觀主義，宗派主義和黨八股三種不正之風的形式表現出來，大批新黨員對此分辨不清。這就妨礙了黨的正確路線的貫徹執行。因此，在全黨開展一次整風運動，從政治上、思想上、組織上全麵加強黨的建設，就具有極大的必要性和迫切性。
整風運動不僅是必要的，而且是可能的。首先是黨在長期革命鬥爭中，逐步形成了馬克思列寧主義與中國革命具體實踐相結合的毛澤東思想，並在黨內占主導地位，這就使整風運動有了根本保證；其次是毛澤東等人進行了巨大的理論工作，寫出許多重要的理論著作，如毛澤東的《實踐論》《矛盾論》《論持久戰》《“共產黨人”發刊詞》《新民主主義論》等，劉少奇的《論共產黨員的修養》，《論黨內鬥爭》等，陳雲的《怎樣做一個共產黨員》，為整風運動做了理論準備；再次是抗日戰爭正處在相持階段，總的形勢變化不大，特別是延安和陝甘寧邊區處在相對和平的環境，這就為整風運動提供了有利的時機。
整風運動的主要內容是：反對主觀主義以整頓學風，反對宗派主義以整頓黨風，反對黨八股以整頓文風。學風問題是領導機關、全體幹部和全體共產黨員的思想方法問題，是對馬克思主義的態度問題，因此是第一個重要的問題。馬克思列寧主義的基本特征是理論與實踐的統一，主觀與客觀的統一，也就是實事求是。主觀主義的基本特征是理論與實踐相分離，主觀與客觀相分裂。主觀主義的表現形式一是教條主義，二是經驗主義。兩者形式雖不同，但實質是一樣的，都會給革命帶來嚴重危害。為了克服主觀主義，必須學習和掌握辯證唯物主義，重視調查研究，堅持馬克思列寧主義的基本原理與中國革命實踐相結合的原則。宗派主義是主觀主義在組織關係上的表現。在黨內表現為鬧獨立性、鬧名利地位，鬧出風頭，強調個人和小團體的利益的排內性，在黨外表現為看不起黨外人士和群眾，不願同其合作共事的排外性。隻有克服宗派主義，才能使黨內統一，使黨與群眾的關係更加融洽。黨八股是主觀主義和宗派主義在宣傳工作中的一種表現形式，是形式主義的文風。要徹底清算主觀主義和宗派主義，就必須反對黨八股。
整風運動的方針是“懲前毖後，治病求人”，“既要弄清思想，又要團結同誌”。按照這一方針，對過去的錯誤一定要揭發，要講真理，不要講情麵。但是揭發錯誤、批評缺點的目的，是為了幫助同誌改正錯誤和缺點，而不是整人。在處理黨內曆史問題時，不應著重於一些人的責任方麵，而應著重當時環境的分析，當時錯誤的內容以及錯誤產生的社會根源和思想根源。對於人的處理持慎重態度，既不含糊敷衍，又不損害同誌。這一切保證了整風的勝利完成。
整風運動是在中共中央領導下有組織有計劃展開的。1940年10月至1942年2月，是全黨整風的準備階段，主要是在黨的高級幹部中進行。1942年2月至1943年10月，是全黨普遍整風階段，廣大黨員參加整風學習，清算各種錯誤思想，提高馬克思列寧主義水平。1943年10月至1945年5月，是整風運動的總結階段，主要是高級領導幹部總結黨的曆史經驗，最後在中共中央召開的六屆七中全會上，討論和通過了《關於若幹曆史問題的決議》，標誌著整風運動的勝利結束。
整風運動是一次偉大的思想教育運動，它使廣大黨員和幹部，從“左”傾教條主義思想束縛下解放出來，進一步掌握了馬克思列寧主義基本原理與中國革命具體實踐相結合的正確方向，幫助大量小資產階級出身的黨員，從世界觀上樹立了一切從實際出發、實事求是的思想作風，使全黨在馬克思列寧主義的基礎上，達到空前的團結和統一，為黨的“七大”的召開，奪取抗日戰爭的勝利奠定了思想基礎。整風運動又是無產階級政黨建設史上的一個創舉，創造了解決黨內矛盾和進行思想教育的好形式。它對馬克思列寧主義建黨學說作出了新的貢獻。
整風運動過程中，隨著國際國內形勢的變化，極少數特務分子混入革命隊伍進行破壞。因此從1942年12月開始，結合整風進行了審幹。中共中央於1943年4月3日作出《關於繼續開展整風的決定》，指出：“糾正錯誤思想，與肅清內奸分子，是整風過程中互相聯係著，但在性質上又互相區別，絕對不能混為一談的兩件事。”但在審幹中，由於指導思想上的錯誤和采用大轟大嗡大搞逼供訊的錯誤作法，發展成為肅反擴大化的“搶救失足者運動”。這個“搶救運動”，把混進革命隊伍的特務分子的情況估計得過於嚴重，大搞檢舉坦白，硬
性規定各單位的百分比，采取大會動員，號召坦白，討論(規勸、鬥爭、幫助反省)，個別談話(日夜輪番談話)等方式，揭露“特務”，“托派”，“反革命”等的身份和罪行，結果造成了大批冤、假、錯案，搞得人人自危，人心恐慌。如：中央秘書處60多人，抓出10多個“特務”，軍委三局電訊學校200多人，抓出170個“特務”；延屬各縣抓了2463個“特務”。毛澤東察覺到“搶救運動”的問題，8月15日，中共中央又作出“關於審查幹部的決定”，強調“嚴禁逼、供、信”。10月，毛澤東又指出，“一個不殺，大部不抓是這次反特務鬥爭必須堅持的政策”，“搶救運動”才被製止。1943年12月，延安、綏德，關中等地先後對冤、假、錯案進行鑒別。結果，“證明99%搞錯了”。毛澤東利用各種場合向受害者賠禮道歉。經過曲折，整風運動終於又走上了健康發展的軌道。
為了鞏固抗日民族統一戰線，加強各解放區各階級階層的團結，1940年3月，中共中央發出《抗日根據地的政權問題》的黨內指示。強調“在抗日時期，我們所建立的政權的性質，是民族統一戰線的”；在政權機關人員的分配上，實行三三製的原則，即代表工人和貧農的共產黨員占1/3，代表小資產階級的進步分子占1/3，代表民族資產階級和開明紳士的中間分子占1/3。實行“三三製”原則對於各革命階級階層的團結，克服一部分共產黨員不善於同黨外人士合作的狹隘關門主義和宗派主義的作風，改善黨群關係，調動各革命階級階層的積極性，有著重要的作用。陝甘寧邊區政府於1941年初按照三三製原則進行了改選，參加這次選舉的選民達到85%，有些地區達到95%。11月，陝甘寧邊區召開第二屆參議會第一次會議。按照三三製原則，選舉了第二屆第一次參議會參儀員和政府委員會委員，黨外人士安文欽被選為邊區參議會副議長，李鼎銘被選為邊區政府副主席。1942年，陝甘寧邊區政府又檢查了各級政權，凡不符合三三製原則的，均加以糾正。與此同時，華北解放區的晉察冀、晉冀魯豫、晉綏、山東和華中解放區，也都先後實行了三三製原則，吸收了各階級階層的代表參加各級政權機關。由於各解放區認真實行了三三製原則，加強了政權建設，既保證了中國共產黨在政權中的領導地位，又團結了各階級階層的人們，進一步鞏固和擴大抗日民族統一戰線，調動了一切積極因素，對克服困難，團結抗日，起了重要作用。
為了克服解放區麵臨的嚴重物質困難，解決機構龐大與根據地縮小的矛盾，以適應變化了的客觀形勢，中共中央采納了黨外人士李鼎銘等人的建議，決定在解放區實行“精兵簡政”。精兵，就是縮編部隊，充實編製，加強地方部隊和發展民兵，並且加強訓練，達到精幹、機動靈活、提高戰鬥力的目的；簡政，就是精簡機構，裁減冗員，達到精幹、統一、效能、節約和反對官僚主義的目的。在中共中央提出精兵簡政之後，各解放區都認真執行，並取得了巨大成績。如陝甘寧邊區政府工作人員，1941年冬精簡了24%，1943年又精簡了35%，並公布了《簡政實施綱要》，建立了各種工作製度，實行合署辦公等等。晉冀魯豫解放區，規定一切脫離生產的武裝部隊，不能超過居民人數的2%，政府工作人員不能超過居民人數的5%，成為精兵簡政的模範。各解放區實行精兵簡政後，黨政軍脫產人員一般隻占全區人口的3%以下，軍政費用大大減少，人民負擔減輕。由於部隊、機關工作人員積極參加生產，深入基層，不但改善了生活，也改進了作風。正如毛澤東指出：精兵簡政是一個極其重要的政策，它使解放區克服了“魚大水少”的矛盾，使戰爭機構精幹、紮實，更適合戰爭情況；政府緊縮了機構，充實了基層，克服了“頭重腳輕”的現象，以及文牘主義，官僚主義作風。由於機關工作人員減少，一部分非生產人員投入生產部門，增加了生產，對克服嚴重的物質困難起了很大的作用。
抗日戰爭爆發後，中共中央公布的《抗日救國十大綱領》中提出抗日的教育政策是：改變教育的舊製度舊課程，實行以抗日救國為目標的新製度新課程，實施普及的義務與免費教育方案，提高人民的覺悟程度。
抗戰時期，由於形勢的需要，中共中央特別重視幹部教育，並製定了幹部教育第一、國民教育第二的方針，以幹部教育為中心，興辦了各類幹部學校。後來，為了使幹部教育正規化和專門化，陝北公學，中國女子大學，毛澤東青年幹部學校合並成立延安大學(後又將魯迅藝術學院、自然科學院、行政學院、民族學院等並入)，馬列學院並入中央黨校。在華北解放區創辦了華北聯合大學，抗戰建國學院，抗大分校，魯藝分校以及自衛隊幹部訓練班，行政人員訓練班，民運幹部學校，無線電訓練班，銀行會計訓練班，郵務人員訓練班等等。幹部教育的方針是：堅定正確的政治方向，艱苦樸素的工作作風，靈活機動的戰略戰術。教學方法強調理論聯係實際。這些學校在抗戰中造就了20多萬抗戰建國的各類優秀幹部，為抗日根據地的各項建設、爭取抗戰勝利做了重要貢獻。
除了各類幹部學校專門培養幹部外，解放區還非常注意在職幹部學習，並把在職幹部教育放在重要位置。如陝甘寧邊區各級幹部每天都必須保持2小時至3小時的學習。這對提高幹部的政治素質與文化水平起了很好的作用。