在華南，正麵戰場的主要戰役是桂南會戰。在山西，主要是中條山戰役。
桂南會戰(昆侖關攻堅戰)開始於1939年冬。該年11月下旬，日軍為占領南寧，切斷由越南通往廣西的國際交通線，斷絕英、美等國對中國的援助，調集陸海空大批兵力，在欽州灣登陸。24日攻占南寧。12月1日攻陷高峰隘。4日又攻陷戰略要地昆侖關。中國守軍駐防在高峰隘、昆侖關以北地區，與日軍對峙。同時，日軍進犯龍州，中越國際公路被日軍切斷。
18日，中國軍隊開始了收複南寧的反攻。主攻昆侖關的中國軍隊在戰車、大炮掩護下向敵猛攻，進展順利，同時有空軍協同作戰，據守昆侖關的日軍拚死抵抗，雙方反複爭奪。激戰到31日，中國軍隊終於收複昆侖關，全殲守敵日軍第二十一旅團，乘勝進逼南寧。
1940年初，中日雙方在賓陽展開激戰，中方作戰失利，於2月2日棄守賓陽，日軍複占昆侖關。10月，中國軍隊圍攻龍州，並於28日攻占龍州。29日，克複高峰隘，隨後收複南寧。11月17日，中國軍隊將壓縮到邕欽一帶的日軍，全部驅逐出境，桂南會戰告終。
中條山位於晉南、豫北交界地區，東北與太行山相連，西北與呂梁山毗鄰，具有屏障洛陽、潼關的重要作用，為黃河以北的戰略要地。1941年5月7日，日軍發動中條山戰役(晉南會戰)。日軍分東、北、西三路向駐守在這一地區的國民黨第一戰區的軍隊進攻。雙方戰至8日，中條山守軍已被日軍截為東西兩部分，通信聯絡全部中斷，首尾不能相顧。守軍死戰不敵，被壓縮於中條山中。13日，守軍開始突圍，27日作戰結束。中條山戰役，由於中國守軍對敵進攻毫無準備，以致遭到慘重失敗。
在戰略相持階段，國民黨軍隊仍然堅持了比較頑強的抗戰。第一、二次長沙會戰中，國民黨軍隊擊退了日軍，保住了長沙。上高戰役中，取得斃傷日軍2.4萬人的勝利。昆侖關大捷，全殲號稱“鋼軍”的日軍第五師團第二十一旅團長中村正雄以下4000餘人。這時，國民黨軍隊正麵戰場大約抗擊著60%的侵華日軍，它客觀上有利於共產黨敵後戰場的對敵戰役。但由於國民黨最高當局的政策側重點轉向消極抗日，正麵戰場的抗戰總趨勢是勝少敗多，逐步收縮，漸趨保守。
三、敵後抗日遊擊戰爭的發展
武漢失守後，鑒於時局的變化，日本大本營製定了“確保占據地區，促進其安定，以堅強的長期圍攻態勢，撲滅殘餘的抗日勢力”的陸軍作戰方針，加強了對各抗日根據地的圍攻和“掃蕩”。
敵後解放區軍民，根據中共中央關於大力鞏固華北、發展華中的戰略部署，同日軍展開了英勇機智和艱苦頑強的戰鬥。
在華北，晉察冀、晉冀魯豫、晉綏、山東各解放區軍民進行了異常激烈頑強的戰鬥。
晉察冀邊區。1938年11月後，日軍兩次轉攻冀中地區，占領了大部分縣城。1939年1月，一二師主力挺進冀中，在賀龍、關向應統一領導下，冀中八路軍於4月下旬，在河間縣齊會村殲敵700餘人，首次取得平原殲滅戰的勝利。9月下旬，又在北嶽地區的陳莊殲敵1200餘人。10至12月，日軍2萬人掃蕩北嶽區，晉察冀軍民奮戰43天，斃傷敵軍3600餘人，其中黃土嶺一戰，擊斃被譽為“名將之花”的日軍旅團長阿部規秀中將。這是抗戰以來被打死的第一個日軍中將級軍官。到1940年，晉察冀邊區已發展到正太、石德路以北，張家口以南，山海關以西，同蒲路以東的廣大地區。
晉冀魯豫邊區是中共中央北方局和八路軍總部所在地。1939年1月，日軍3萬人分11路對冀南進行大掃蕩，占據了所有縣城。八路軍臨危不懼，先後進行了百餘次戰鬥，斃傷日偽軍3000餘人，粉碎了冀南掃蕩。7月，日軍又以5萬人對晉冀豫山區進行大掃蕩。到8月下旬，一二九師等部殲敵2000餘人。12月，邯長戰鬥又殲敵700餘人，攻克敵據點20多個，使太北、太南連成一片。到1940年底，該區已發展到西起同蒲路，東至建浦路，南臨黃河，北抵石太、石德路的廣大地區。翌年7月，成立晉冀魯豫邊區政府。
晉綏邊區於1939年底至1940年，先後粉碎敵春夏秋三次大掃蕩。1940年6月，日軍2萬人掃蕩晉西北，八路軍作戰近一個月，殲敵4400餘人，粉碎了敵人的進攻。同時，大青山根據地也取得反掃蕩的勝利。11月，晉西北軍區成立，領導北起大青山，南至汾離公路，東到同蒲線，西至黃河廣大地區的遊擊戰爭。
山東區。1939年春，羅榮桓率部進軍魯西。3月，首戰鄆城敵據點樊壩告捷。4月下旬，八路軍在陸房突圍戰中殲敵1300餘人。8月，又殲敵一個大隊於梁山泊。1940年1月，粉碎了敵3萬人的圍攻，殲敵千餘。到1940年底，全山東已有70餘縣建立了抗日政權，擁有渤海、膠東、魯中、魯南、濱海五塊根據地。
華北根據地的對日作戰，以1940年8月至12月的百團大戰規模最大。此役實際參戰部隊共計104個團，近40萬人，動用民工20多萬人。戰役經曆三個階段：第一階段是交通總破襲；第二階段是消滅交通線兩側和深入根據地的敵偽據點；第三階段是粉碎敵人的“掃蕩”。總計戰鬥1824次，殲滅日偽軍46300多人(日軍20600人)，攻克敵偽據點2993個，破壞敵軍鐵路480餘公裏，公路1500公裏，車站、橋梁、隧道、水塔等建築物260餘處，繳獲大量武器、彈藥和物資。百團大戰是抗戰以來八路軍發動的一次大規模戰役，沉重打擊了日軍的侵略氣焰，對於增強全國軍民的抗戰信念，克服當時的投降危險，爭取時局好轉起了積極作用。百團大戰有力駁斥了頑固派對共產黨“遊而不擊”的誣蔑，提高了八路軍在全國的威望。毛澤東當時致電戰役指揮者彭德懷說：“百團大戰真是令人興奮，象這樣的戰鬥是否還可以組織一兩次？”【《彭德懷自述》，人民出版社1981年版，第238頁。】但這次戰役也有失誤，主要是對敵進攻方向估計不準確。戰役後期，太行山區破襲時間過長，使一二九師傷亡過多。
華中解放區由劉少奇任書記的中原局統一領導。1939年春，周恩來代表中共中央來到新四軍軍部，與新四軍領導人項英商定了向南鞏固、向東作戰、向北發展的戰略方針。從此，新四軍馳騁江、淮、河、漢的廣闊戰場上，放手發動群眾，擴大人民武裝，開創了抗日新局麵。
1939年春夏，新四軍第一支隊東進，取得很大勝利。江北指揮部成立之後，徐海東第四支隊開辟了以定遠東南藕塘為中心的津浦路西遊擊根據地，羅炳輝第五支隊開辟了以來安東北半塔集為中心的津浦路東遊擊根據地。兩個支隊兵力增至萬人，連續取得反頑反“掃蕩”勝利後，1940年8月9日，鞏固了皖東根據地。
1938年11月，彭雪楓遊擊支隊打開了豫東抗戰局麵。1939年創建了豫皖蘇遊擊根據地。隨後，該支隊改編為新四軍第六支隊。1940年6月，八路軍黃克誠部南下會合第六支隊，組建了八路軍第四、第五縱隊，彭雪楓第四縱隊向西執行防禦任務，黃克誠第五縱隊執行東進任務，進入淮海區。
1939年1月，李先念率新四軍兩個遊擊中隊和一個幹部隊，自河南確山竹溝挺進鄂豫抗日前線。次年1月，編成新四軍鄂豫挺進縱隊。年底，該縱隊曆經苦戰創建了鄂豫邊根據地，李先念所部發展至1.5萬餘人。
1939年11月，江南指揮部組織新四軍挺進縱隊，開展揚州、泰州地區的遊擊戰爭。不久又建立蘇皖支隊，向揚州、六合、天長、儀征等地發展。1940年7月，為開辟蘇北根據地，江南指揮部渡江北上，改稱蘇北指揮部，陳毅、粟裕分任正副指揮。7月下旬，新四軍東進黃橋殲滅頑軍2000餘人。10月初，黃橋決戰中一舉全殲韓德勤部1.1萬餘人。10月10日，蘇北新四軍與八路軍南下第五縱隊會師。至此，新四軍完成了向北發展的戰略任務。與此同時，蘇南根據地也有很大發展，成立了新的江南指揮部。
新四軍軍部和所屬第三支隊堅持在皖南的鬥爭，但由於項英的失誤，新四軍在皖南的發展受到一定影響。1940年11月，八路軍新四軍華中總指揮部成立，葉挺、陳毅分任正副指揮，劉少奇任政治委員(葉挺到任前，陳毅代理總指揮)，統一領導華中抗戰和反頑鬥爭。新四軍此時已發展到10萬人，建立了蘇南、蘇北、蘇中、皖南、皖中、皖東北，豫皖蘇、豫鄂等抗日根據地。
在華南，到1939年春，珠江三角洲建立了以淡水為中心，覆蓋20多萬人口的東江抗日遊擊根據地，並於次年組建了曾生任司令員的東江人民抗日遊擊縱隊。1940年底，瓊崖抗日獨立遊擊隊(後改為廣東人民抗日遊擊隊瓊崖縱隊)成立，馮白駒任司令員兼政委，創建了瓊崖抗日根據地。
總之，在從1938年年底到1940年年底的兩年中，中國共產黨領導的敵後戰場，不僅粉碎了日軍非常殘酷的“大掃蕩”，而且使抗日根據地和人民武裝力量得到巨大發展。1938年6月到1941年5月，八路軍共計斃傷日偽軍20.6萬人(其中日軍14.5萬)，俘日軍1400餘人；新四軍總計斃傷日偽軍12.4萬餘人。到1940年，八路軍、新四軍抗擊著全部侵華日軍的58%和偽軍的全部(總數達70萬)，敵後戰場已建立起大小17塊抗日根據地，武裝力量發展到近50萬人，民兵200萬人。敵後戰場已成為抗擊日軍的主要戰場，成為爭取抗日戰爭最後勝利的中流砥柱。1941年日本陸相東條英機在日本貴族院和眾議院說
：“昭和15年(1940年)重慶敵軍抗戰之特色為作戰非常消極，迄今未進行主力反攻，隻有共產黨軍於去年8月在華北進行大規模反攻；與之比較，蔣介石嫡係及旁係軍隊始終采取守勢。”這段話反映了當時中國正麵戰場與敵後戰場對日作戰的主要特點。
四、反對國民黨的反共行徑
由於相持階段共產黨及其人民抗日武裝力量的發展壯大，也由於這一時期戰事的相對穩定和對峙局麵的形成，在民族矛盾依然是主要矛盾的情況下，消極抗日、積極防共反共的傾向在國民黨政府裏日漸增長，階級矛盾又尖銳起來。
在五屆五中全會反共方針的指導下，從1939年春開始，國民黨一方麵對日軍實施有限連續攻勢的消極抗戰方針，另一方麵則積極地在各地從事反共摩擦活動，先後在山東博山、河北深縣、湖南平江和河南確山等地，製造了一係列反共摩擦事件。其中突出的有：1939年4月，山東秦啟榮部首先在博山襲擊八路軍山東縱隊第三支隊，慘殺指戰員400餘人，6月，河北張蔭梧部襲擊八路軍深縣後方機關，又慘殺八路軍400餘人；在湖南平江慘案中，新四軍平江通訊處幹部和工作人員又遭屠戮。9至11月，河南程汝懷部圍襲確山新四軍後方留守機關，殺害幹部、戰士、傷病員、家屬700餘人。
1939年11月，國民黨召開五屆六中全會，進一步確定了以軍事限共為主、政治限共為輔的方針。隨後即爆發了“晉西十二月事變”。
12月1日，第二戰區司令長官閻錫山以發動對日“冬季攻勢”為借口，命令駐晉西的新軍(實際上是屬共產黨領導的抗日武裝)決死二縱隊5月向同蒲線的靈石、霍縣段進擊，而以舊軍(晉綏軍)為預備隊置於新軍之後，企圖消滅決死二縱隊。決死二縱隊識破閻的陰謀，斷然拒絕其命令。閻錫山當即宣布決死二縱隊“叛變”，下令討伐，進攻決死二縱隊和八路軍晉西支隊，並以一部分兵力配合蔣介石軍隊，向晉東南的決死第一、三縱隊進攻，摧毀了沁水等7縣的抗日武裝，屠殺共產黨員和進步分子500多人。中國共產黨在擊退舊軍後，主動提議休戰。次年2月，雙方協定以汾陽經離石至軍渡的公路為晉西北和晉西南的分界線：晉西北為八路軍及新軍活動區域，晉西南為舊軍活動區域，至此，“晉西事變”和平解決。
與此同時，國民黨頑固派胡宗南部在陝甘寧、朱懷冰部在太行山區也對解放區大舉進攻。在堅持團結抗戰的前提下，中國共產黨針鋒相對，領導解放區軍民打退了國民黨頑固派的軍事進攻。
1941年國民黨又製造了另一次反共事變。1月6日，遵照國民黨政府北移限令，行至皖南涇縣茂林地區的新四軍軍部及所部9000餘人，遭到國民黨7個師8萬餘人的伏擊，皖南新四軍被迫還擊，血戰7晝夜，終因寡不敵眾，彈盡糧絕，除少數突圍外，大部壯烈犧牲。軍長葉挺在與國民黨交涉時被強行扣壓、副軍長項英被叛徒殺害。17日，蔣介石宣布新四軍“叛變”，取消了該軍番號，將軍長葉挺交付軍事法庭審判。這就是震驚中外的“皖南事變”。
事變發生後，中國共產黨奮起回擊。18日，中共中央發言人發表談話，揭露了事變真相，痛斥蔣介石破壞抗戰的罪行。周恩來為《新華日報》題寫了“為江南死國難者誌哀！”“千古奇冤，江南一葉，同室操戈，相煎何急？！”的題詞。20日，中共中央軍委發布命令，任命陳毅為代理軍長，劉少奇為政治委員，重建新四軍軍部。22日，毛澤東以中共中央軍委發言人名義，提出懲辦禍首、釋放葉挺、廢除國民黨一黨專政等12條要求。隨後，中共又整編了隴海路以南的新四軍和八路軍。廣大人民和民主黨派對蔣介石的反共行徑極為憤慨，國際輿論也同情支持中共。蔣被迫於3月6日在國民參政會上保證，“以後決無剿共的軍事”。
在國共合作發生矛盾、摩擦的新形勢下，共產黨內部也出現了一種隻求鬥爭，忽視團結的“左”傾傾向，並開始成為黨內的主要危險。這與黨的抗日統一戰線政策及民族的利益是相違背的。由於日本亡華政策實質上沒有變化，國民黨雖有反共傾向，但並不敢退回以前的“剿共”時期，從根本上破壞國共合作；雖然準備同日本妥協，但卻未丟掉抗日的招牌。因此，在這種複雜的形勢下，為了正確開展對頑固派的鬥爭，中國共產黨製定了發展進步勢力，爭取中間勢力，孤立頑固勢力的策略總方針。對頑固派的鬥爭，必須堅持有理、有利、有節的原則。有理，即自衛原則，人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人；有利，即勝利原則，不鬥則已，鬥則必勝；有節，即休戰原則，要適可而止，以求得共同反對民族敵人。
中國共產黨抗日民族統一戰線的政策和鬥爭策略，糾正了黨內“左”的和“右”的錯誤，使抗日根據地軍民在十分複雜的環境中，保持了清醒的頭腦，既粉碎了國民黨頑固派的反共陰謀，又鞏固和擴大了抗日民族統一戰線，對爭取抗戰勝利，意義十分重大。
國民黨頑固派在對中國共產黨發動軍事進攻的同時，也在思想理論方麵發動了激烈攻擊。他們拚命叫嚷共產主義不適合中國國情，宣傳“一次革命論”，說什麼“一切革命都已包含在三民主義裏麵”；高唱“一個主義、一個政黨、一個領袖”的論調，誣蔑陝甘寧邊區是“封建割據”，八路軍新四軍“遊而不擊”等等，企圖取消共產黨，為維護國民黨一黨專政製造輿論。以中間黨派為代表的民族資產階級和上層小資產階級，雖然不滿大地主大資產階級的專製統治，但又害怕無產階級領導的人民革命，他們幻想走中間道路，在中國建立資產階級專政的民主共和國。在共產黨內和革命人民中間，也有不少人對於現階段要建立一個什麼樣的國家體製，缺乏明確的了解。在這種情況下，全國人民都對抗戰前途和中國的命運深表關心和擔憂。於是，中國向何處去就成了迫切需要回答的問題。
1939年和1940年，毛澤東先後發表了《〈共產黨人〉發刊詞》《中國革命和中國共產黨》《新民主主義論》等重要著作。在批駁頑固派的反共謬論的同時，豐富和完備了中國共產黨的新民主主義革命理論，向全國人民闡明了共產黨對於中國革命和新中國建設的基本見解，提出了新民主主義革命的根本路線和綱領政策。其主要內容是：
第一，從中國社會性質和中國革命的時代特點出發，科學地論述了中國革命的曆史進程和發展規律。