北伐軍占領武漢以後，湖北的農運也迅速高漲。1926年7月底，湖北僅有農協會員7.2萬人，到12月底，會員激增到28.7萬人。1927年3月，湖北省也召開了第一次農民代表大會。大會後，湖北的農運更加迅猛向前。5月，全省69個縣中，組織農會的有54個縣，會員總數達250多萬人。
1926年10月，江西的農協會員僅6000人，11月中旬即發展到5萬人。1927年2月，江西省第一次農民代表大會在南昌召開，會後農運長足發展。6月，全省農協會員達382617人。
此外，福建、浙江、河南等省農民運動也都有一定的發展。
1926年11月，西安解圍之後，陝西各地的農民運動由秘密轉向公開，並隨著革命形勢的好轉而蓬勃發展起來。1927年3月27日，在中共陝甘區委的領導下，陝西省農民協會籌備處成立。籌備處一麵積極籌備建立統一指揮全省農民運動的領導機關——省農民協會，一麵作為全省農民運動的臨時指導機關，領導各縣農民開展反對地方劣紳和軍閥官僚的鬥爭。延安、華縣、赤水、渭南、臨潼、長安等地農民，或驅逐當地縣長，或逮捕、槍決當地的土匪。6月1日，全陝第一次農民代表大會召開，出席大會的代表84人，代表32個縣的農協組織。大會曆時8天，通過了《陝西省農民協會成立宣言》及《組織審判土豪劣紳特別法庭決議案》《廢除苛捐雜稅決議案》《田賦租稅決議案》《農民自衛軍決議案》等26個決議案。選舉王授金、亢維恪、張含輝、李維屏等13人為省農協委員，霍世傑等4人為候補委員。省農協成立後，積極開展工作。到6月，農協組織已遍及全省60餘縣，會員達30萬餘人(一說75萬餘人)，“武裝農民在10萬以上”【《新民主主義革命時期陝西大事記述》，第124頁。】。其中以長安、周至、戶縣、渭南、華縣、三原、綏德等縣的農運發展最快，鬥爭的規模也最大。
以兩湖為中心的農民運動，引起了一場劃時代的農村大革命。
首先，農民從政治上“把地主的權力打下去，把農民的權力長上來”。農民協會成為農村的權力機關。在農會的組織領導下，農民向地主階級尤其是土豪劣紳進行專政。其鬥爭的方式包括清算、罰款、捐款、小質問、大示威、戴高帽子遊鄉、關進縣監獄、驅逐等，對罪大惡極的土豪劣紳，甚至槍斃。這是一個改變農村政治秩序的翻天覆地的變化。
其次，農民從經濟上打擊地主。有農會組織的地方，普遍實行減租減息。湖南第一次農民代表大會規定：租額一般減輕5%到30%。湖南安化縣普遍減少高利貸利息。農會勢盛的地方，完全取締高利貸。另外，農會還規定：不準地主退佃，不準穀米出境，不準抬高穀價，不準囤積居奇等。
再次，隨著地主權力的被推翻，農村中的封建宗法製度，如神權、族權、夫權也紛紛動搖瓦解。農民主動破除迷信、禁賭、禁煙、開展剪發、放腳、砸佛像和祖宗牌位等反封建宗法製度和移風易俗的鬥爭。農會還發動農民修塘壩、築道路、墾荒地、辦學校，迅速改變農村的麵貌。另外，農民在鬥爭中還建立自己的武裝——梭鏢隊。
農民運動在農村所引起的社會大變動具有巨大意義。封建地主階級是帝國主義和封建軍閥統治中國的社會基礎。要完成反帝反軍閥的國民革命，就必須打倒地主階級，摧毀其社會基礎。“打翻這個封建勢力，乃是國民革命的真正目標。孫中山先生致力國民革命凡四十年，所要做而沒有做到的事，農民在幾個月內做到了，這是四十年仍至幾千年未曾成就過的奇勳。”【《湖南農民運動考察報告》，《毛澤東選集》第1卷，人民出版社1991年版，第15～16頁。】
但是，由於曆史條件的限製，中共中央對農民問題尚缺乏深刻認識，沒有及時深入地解決土地問題以使農民運動持久發展，特別是沒有以武裝力量作農民運動的堅強後盾。所以，當蔣介石、汪精衛相繼發動武裝政變的時候，一切民眾運動包括農民運動就都坍台了。
四、國民政府遷都武漢
隨著北伐戰爭的勝利進展，國民革命的重心已由珠江流域轉移到長江流域。北伐軍占領武漢以後，武漢已成為革命的中心。所以，把國民政府的首都由遠離戰爭前線的廣州遷移到革命的中心武漢，就成為勢在必行的事了。為此，1926年11月8日，國民黨中央執行委員會召開政治會議，在原則上決定把國民政府和國民黨中央遷移到武漢。16日，國民黨中央派出鮑羅廷、宋慶齡、陳友仁、孫科、宋子文、徐謙以及隨員60餘人先行到武漢考察，為遷都作準備。26日，國民黨中央政治委員會作出遷都武漢的正式決定。此後，在粵的國民黨中央委員和國民政府的委員分兩批北上武漢。12月7日，國民黨中央通電宣布中央黨部和國民政府北遷。
10日，第一批由粵漢路北上的國民黨中央委員和國民政府委員到達武漢。為了不使中央黨部和政府的權力中斷，13日，在武漢成立了國民黨中央執行委員和國民政府委員臨時聯席會議，代行國民黨中央和國民政府的職權。聯席會議由徐謙、孫科、宋子文、鄧演達、吳玉章、宋慶齡、陳友仁、董必武、唐生智、王法勤等14人組成，以徐謙為主席，葉楚傖為秘書長，鮑羅廷為顧問。這是一個以左派國民黨人和中國共產黨人為主的臨時最高權力機構。1927年1月1日，聯席會議在武漢正式辦公。
但是，蔣介石在遷都問題上卻采取了出爾反爾的態度。1926年10月16日，當國民黨中央執行委員會及省區聯席會議根據當時的形勢決定暫不遷都時，蔣介石請中央黨部和國民政府遷鄂。因為當時的廣東是革命勢力較強的地區，尤其是省港罷工委員會，實際上是一個權力機構，這對蔣介石擴張勢力是十分不利的。而遷都武漢，他則可以利用《國民革命軍總司令部組織大綱》規定所賦予的權力，把總司令部署於國民政府之上，實現以軍治黨、以軍治政的軍事獨裁。但是，北伐軍攻占武漢以後，蔣介石看到兩湖地區工農群眾運動的高漲，特別是武漢地區革命勢力的發展，國民黨左派和共產黨人共同掌握武漢革命政權，武漢政府不但不受他的控製，而且他的總司令部還要受其節製，這就會使他的各種陰謀都難以實現。於是，蔣介石決定另圖“宏建非常功業”。他一麵將嫡係部隊布置於江西、福建一帶，並大肆收編地方武裝及軍閥部隊，擴充實力，搶占地盤；一麵向“張、譚二主席”暗示其另有圖謀，“以後必不能駐武昌”。原來力主遷都武漢的蔣介石，一反前言，提出遷都南昌，挑起了“遷都之爭”。
1926年12月底，蔣介石在南昌截留了取道江西赴武漢的一部分國民黨中央委員和國民政府委員，其中包括國民黨中央常委會代表主席張靜江和國民政府代理主席譚延。隨之，蔣又於1927年1月3日操縱召開了國民黨“中央政治會議臨時會議”，決定中央黨部和國民政府暫移南昌。5日，蔣又以國民黨中央執行委員會的名義發表了關於這項決定的通電，公開製造分裂，以“南昌中央”與武漢中央相對抗。
“遷都之爭”暴露了蔣介石企圖實行軍事獨裁的野心，是以蔣為首的國民黨新右派與以國民黨左派和中國共產黨為核心的革命勢力爭奪統一戰線領導權的鬥爭，是統一戰線內部潛伏的危機開始表麵化的表現。武漢革命勢力決定予以堅決反對，宋慶齡、徐謙、陳友仁等立即發電加以駁斥。1927年元旦，國民政府明令以武漢為首都。7日，武漢中央聯席會議重申堅持國民黨中央政治會議在廣州作出的遷都武漢的原決議，反對蔣介石遷都南昌的主張。9日，蔣介石從南昌到武漢察看形勢。在歡迎蔣的集會上，各界群眾要求“國民政府、中央黨部立即遷鄂”。隨後，國民黨湖北省黨部、漢口特別市黨部及省工會、省學聯、省婦女協會等群眾團體和第四、七軍政治部，紛紛通電，敦促國民黨中央黨部和國民政府立即遷鄂。蔣介石迫於各方麵的壓力，不得不於2月8日以南昌政治會議的名義作出“中央黨部及國民政府遷至武漢”的決定。
9日，武漢國民黨為了反對蔣介石的軍事獨裁，舉行了一次高級幹部會議。會議提出了實行民主、反對獨裁、提高黨權、扶助工農運動的方針，決定召開國民黨二屆三中全會，並推選吳玉章、鄧演達、徐謙、孫科、顧孟餘等5人組成行動委員會，開展以黨權抵製軍權的鬥爭。21日，在武漢的國民黨中央執監委員、候補執監委員和國民政府委員舉行擴大聯席會議，決定結束武漢臨時聯席會議，宣布“中央黨部及國民政府即日在武漢正式開始辦公”，並請南昌各委員即日赴鄂。但蔣仍堅持對抗態度，22日即以南昌“中央政治會議”的名義決定：“在黨部與政府未遷以前，武漢不得以中央黨部暨國民政府名義另行辦公。”並於26日決定致電第三國際，要求撤調鮑羅廷回俄。後經鄧演達等人的說理鬥爭，蔣介石才不得不決定於3月6日讓被截留的國民黨中央委員和國民政府委員赴漢。“遷都之爭”以蔣介石碰壁而結束。
自1926年12月國民政府遷都武漢，至1927年7月汪精衛叛變革命，俗稱為武漢政府時期。
武漢政府仍沿用廣州政府的體製，設政府委員28人，以汪精衛為主席(當時在法國)。下設外交、財政、交通、司法、農政、勞工、教育、實業、衛生等部，以陳友仁為外交部長，宋子文為財政部長，孫科為交通部長，徐謙為司法部長，譚平山為農政部長，蘇兆征為勞工部長，顧孟餘為教育部長，孔祥熙為實業部長，劉瑞恒為衛生部長。中國共產黨衝破“在野黨”的束縛，參加了武漢政府。
武漢政府初期，在國民黨左派和中共的共同領導下，繼續執行孫中山的三大政策，堅持反帝反軍閥的鬥爭，積極支持工農運動，並頂住了英、美、日、法公使團的外交訛詐和軍事威脅，維護了國家主權，使武漢地區呈現出一派生氣勃勃的景象。
1927年3月10日至17日，國民黨在漢口召開二屆三中全會，解決黨內及北伐戰爭發展過程中的一係列重大問題。出席這次會議的中央執、監委員(包括候補)共33人。蔣介石、張靜江等有意不參加會議，向武漢的國民黨左派和中國共產黨人示威。
這次會議是繼續堅持孫中山三大政策的會議。會議指出：要“誠意的與世界革命戰線上先進之蘇俄親密聯合”；國共兩黨對於“統一民眾運動特別是農民運動與工人運動，共同指導”，“共同擔負政治責任問題——應由共產黨派負責同誌，加入國民政府及省政府”；“國民黨要用種種方法繼續援助工人農民和城市中一般民眾的革命運動，及改良他們本身生活的爭鬥”。會議特別重視農民問題，推定鄧演達、徐謙、惲代英、毛澤東等為農民問題決議案的審查員，並通過了《對農民宣言》。《宣言》不僅充分肯定了農民運動在國民革命中的重要作用，而且明確提出在農村建立農民政權和農民武裝的問題。此外還通過了在農村實行“減租百分之二十五”等22條決議。
會議的中心內容是提高黨權，防止個人獨裁和軍事專製。大會《對全體黨員的訓令》指出：“自北伐軍興，軍事、政治、黨務之集中個人，愈使政治之設施，不能受黨的指導，而隻受軍事機關之支配。此種製度，弊害甚多，不但使黨內之昏庸老朽分子盤踞於內，官僚市儈及一切投機分子乘機而入，因此縱成個人軍事獨裁軍事專政之謬誤。妨害中央委員會在政治上之權威，形成黨內投機腐化之傾向；且也使軍事呈紛爭複雜之象，而不能收整齊統一之效。”大會決定將一切政治、軍事、外交、財政大權均集中於黨，將原先大權獨攬的國民革命軍總司令部署於國民黨中央的絕對領導之下。《統一黨的領導機關決議案》明確規定：全國代表大會閉會以後，黨的權力機關為中央執行委員會，由全體會議互選之常務委員9人組織中央執行委員會常務委員，“對於黨務、政治、軍事行使最終議決權”。常委會不再設主席。政治委員會與軍事委員會均不設主席，各設7人主席團；國民政府也不設主席，而設5人常委，實行集體領導。全會還重訂了《軍事委員會組織大綱》，宣布廢止1926年7月7日國民政府公布《國民革命軍總司令條例》。重訂後的《軍事委員會組織大綱》規定：國民革命軍總司令隻是軍事委員會委員之一，其職務由中央執行委員會通過後，交總司令執行；國民革命軍的高級軍官人選，將由軍事委員會提請中央執行委員會任免；國民革命軍總政治部不再隸屬國民革命軍總司令部，而改歸軍事委員會領導；所有的軍事院校均改校長製為委員製，並置於國民黨中央的指導之下；全會還決定裁撤中央軍人部。以上決議案的規定，實際上等於撤銷了蔣介石的中常會主席、軍事委員會主席等職(會議改選時又以汪精衛取代蔣介石擔任了中央組織部長)，並把蔣介石的國民革命軍總司令的職權限製到最小的範圍之內。
國民黨二屆三中全會不僅改變了國民黨中央及國民政府的一部分領導體製，而且改選了國民黨第二屆中央執行委員會常務委員會及國民政府，吸收中國共產黨人參加國民黨中央和國民政府。全會選舉汪精衛、譚延、蔣中正、顧孟餘、孫科、譚平山、陳公博、徐謙、吳玉章等9人為常務委員，以譚平山、吳玉章、陳公博為秘書；改選了中央執行委員會各部部長，以汪精衛為組織部長(吳玉章代)，顧孟餘為宣傳部長，鄧演達為農民部長，陳公博為工人部長，王法勤為商民部長，孫科為青年部長，何香凝為婦女部長，彭澤民為海外部長。此外，還改選了政治委員會和軍事委員會的委員，國民政府委員人數增加到28人(3月以前為24人)。委員中增補了共產黨人譚平山、吳玉章及國民黨左派宋慶齡、彭澤民，而驅逐了國民黨右派張繼、張靜江、戴季陶、伍朝樞、古應芬。全會還決定在國民政府下增設農政、勞工、教育、實業、衛生等部。
國民黨二屆三中全會在統一戰線內部爭奪領導權的鬥爭日益嚴重的時刻，高舉孫中山三大政策的旗幟，堅持了反帝反軍閥的國民革命方針，產生了有中國共產黨人參加的國民黨中央領導機關和國民政府，支持了蓬勃發展的工農運動，特別是湘、鄂、贛三省的農民運動，對蔣介石的軍事獨裁從組織上給予了一定的限製。但由於全會對蔣介石的本質缺乏深刻的認識，仍把完成北伐的希望寄托在蔣的身上，因而對蔣介石及其他右派分子采取了容忍的態度。如仍選舉蔣介石為中央執行委員會常務委員會的委員、軍事委員會主席團的成員及國民政府委員，尤其是沒有撤銷蔣介石國民革命軍總司令的職務。這就使蔣介石繼續掌握著軍隊的實權，保留著武裝叛變革命的資本。