美蔣協防台灣，解除了台灣當局的危亡之虞。1950年7月，蔣介石著手改造國民黨。麵對國民黨在大陸失敗這一事實，蔣介石在愁苦痛心之餘，也在不斷地反省。他承認國民黨不僅在政治、軍事、經濟上，而且在思想、文化、教育方麵都“慘重地”失敗了。他反省的結論是：“並非中共有什麼強大的力量，而是自己打敗了自己。”【李鬆林：《蔣介石晚年》，安徽人民出版社1993年版，第31頁。】他認為國民黨在大陸失敗的一個重要因素，是黨的失敗，是國民黨的“組織瓦解、紀綱廢弛、精神衰落、藩籬盡撤所招致”【苗建寅主編：《中國國民黨史》，西安交通大學出版社1990年5月版，第480頁。】。因此，為了挽救危局，把台灣建成“反共複國基地”，必須徹底改造和重整國民黨。於是公布了中國國民黨改造方案，成立了由陳誠、張其昀、蔣經國等16人組成的“中央改造委員會”，正式開始了對國民黨的“改造”。
蔣介石提出這次改造的方針是：“(1)排除派係觀念，打倒地域關係，整肅黨的紀律；(2)鏟除官僚，改變黨的作用，革新黨的組織；(3)堅持反共抗俄戰爭，恢複我中華民國領土主權的完整，建設新國家。”【李鬆林：《蔣介石晚年》，安徽人民出版社1993年版，第91頁。】為了接受國民黨在大陸失敗的教訓與借鑒中共成功的經驗，蔣介石一麵強調這次改造的重要性，認為國民黨的命運寄托在台灣省，而台灣前途的成敗利鈍，則完全看這一次改造的得失；另一方麵要國民黨員學習《辯證法》、《中共幹部教育》、《中共工作領導及黨的建設》、《中共整風運動》等4種書籍，從中借鑒中共黨建的方法，使國民黨起死回生【李鬆林：《蔣介石晚年》，安徽人民出版社1993年版，第91頁。】。國民黨當局認為，黨政關係的瓦解，造成黨政各行其是；民眾與黨的對立，使黨失去了群眾基礎。因此“改造”中采取了刷新黨政關係、開展民眾運動和加強社會調查3項重要措施。1951年2月，國民黨中央通過《反共抗俄總動員綱領》，在建設“反共複國基地”的口號下，推行所謂的經濟、社會、政治、文化四大改造運動。
1952年10月，國民黨在台北召開“七大”，宣布改造工作結束。兩年多的改造運動，對蔣介石來說，取得了兩項最重要的成果：一是重新整頓了國民黨的各級組織，二是削弱了國民黨內非蔣派別的政治力量，起用了一批親蔣的新人。國民黨“七大”上，蔣介石連任總裁，陳誠、張其昀、蔣經國等10人為中央常委。隻有12年黨齡的蔣經國進入中央決策機構，並擔任了“國防部”總政治部主任等要職，格外引人注目。而對於國民黨元老和著名將領如閻錫山、何應欽、陳果夫、陳立夫、於右任、白崇禧等人，蔣介石則安排他們擔任新設置的“中央評議委員”、“總統府戰略顧問”、“國策顧問”等閑職，從而失去了昔日的權勢。與此同時，國民黨的成分構成也發生了變化。據統計，國民黨中農工分子占49.31%，高中以上知識分子占29.77%，25歲以下青年占35.29%【秦考儀主編《革命文獻》第77輯，台北中央文物供應社1978年版，第119頁。】。通過這次改造運動，蔣介石完成了國民黨組織的重建和上層權力的再分配，重新控製了國民黨。50年代初，美蔣協防和對國民黨的改造，使退台之初的國民黨偏安政權穩住了陣腳，島內混亂局勢有所緩和。
四、極權統治的加強
蔣介石在台灣，依然實行極權統治，主要表現為：
1.“法統”依舊。退台後的蔣介石，為了維護其統治的“合法性”，仍然堅持“中華民國”的稱號，沿用在大陸時的政治體製與獨裁統治形式，維持著一整套自上而下、疊床架屋式的政權機構，並通過種種手段以加強國民黨所謂的“法統”地位。蔣介石複職後，既是國民黨總裁，又是中華民國“總統”，他借口台灣處於非常時期，把“臨時條款”(1948年4月“國民大會”製定的《動員戡亂時期臨時條款》)的法律效力淩架於“中華民國憲法”之上，無限製地擴大“總統”即他本人的職權。按“憲法”規定，任期六年的第一屆“國民大會代表”和“總統”，到1954年均已屆滿，應予改選。但國民黨當局以處於非常時期，大陸選民無法行使選舉權為由，提出在第二屆“國大代表”尚未選出之前，由第一屆“國大代表”繼續行使職權。蔣介石根據“臨時條款”的授權，予以批準，從而使第一屆“國大代表”成為“萬年國代”。相應地，到1951年屆滿的第一屆“立法委員”和“監察委員”也成為事實上的“終身委員”。1953年9月，蔣介石苦心策劃，經過遞補，使第一屆“國大代表”人數勉強湊足半數。1954年2月，在台北召開了“國民大會”一屆三次會議，“選舉”蔣介石連任“總統”，陳誠為“副總統”。1957年國民黨“八大”又推舉蔣介石連任總裁，陳誠為副總裁。為點綴極權統治，掩人耳目，台灣當局仍讓已受到嚴重滲透與分化的民社黨和青年黨“合法”存在。並於1950年和1951年在台灣推行地方自治，選舉了縣市長和地方議員。為控製青年和軍隊，特意重建了由蔣經國專門負責的特務組織。1949年8月，在台北圓山成立了“政治行動委員會”，1950年改為“總統府資料室”；後又成立了“台灣情報工作委員會”(簡稱“台情會”)，統管各種情治機構。50年代初，蔣經國手下的特工人員多達5萬多人，遍布台灣各個角落。為控製青年，1950年4月成立了“中國青年反共抗俄聯合會”，並開始在北投訓練青年幹部。1952年10月，又成立了“中國青年反共救國團”，蔣介石兼任團長，實際由主任蔣經國具體負責。當時在台灣，黨權高於一切，而蔣經國主管的特務機構卻能指揮國民黨，正所謂“親權高於黨權”。1954年10月，蔣經國的特務機構改為“國家安全局”，隸屬“國家安全會議”，成為監督和協調台灣各情治機構業務的最高機關。
2.集兵保台，整軍建製。1950年3月，人民解放軍解放海南島後，蔣介石感到國民黨僅有的兵力過於分散，便決定棄守舟山群島、萬山群島、東山島等靠近大陸沿海的島嶼，加強台灣及其附近島嶼的防衛，集兵保台。5月中旬，舟山群島12萬守軍秘密撤到台灣。隨後蔣介石還向台灣軍民開出了一張永遠也無法兌現的政治支票：一年準備，二年反攻，三年掃蕩，五年成功。為確保台灣，加強防守，蔣介石決定整軍建製。第一，整編軍隊。由陳誠主持的3次整編，統一了編製，減少了指揮機構，裁汰了數萬名“老弱無能”的軍官，撤銷了軍隊中60多個番號。整編後，陳誠自我吹噓說：“一個軍可以打敗共匪三個軍。”【何定藩編：《〈陳誠先生傳〉資料輯錄》(台灣)。】第二，重建軍事體製和首腦機關，集最高軍權於“總統”一人之手。“總統”之下分設“軍政係統”(“國防部”轄人事、人力、物力、軍法、法規、戰略計劃研究、軍事工程等4室5局5委員會)，主管軍事行政；“軍令係統”(“參謀總部”轄陸軍、海軍、空軍、聯勤、警備諸總司令部和憲兵司令部，還直轄澎湖、金門、馬祖防衛司令部)，主要執行“總統”的軍令，指揮三軍；政工係統(“總政治作戰部”轄人事、黨務、保防等9處4室1委員會和5個總隊，隸屬“國防部”)，職能是掌理軍隊政治作戰政策、軍事新聞、心理作戰、組織訓練、政教、文宣、康樂、官兵福利等業務。第三，恢複政工製度(人稱監軍製)。這是蔣介石退台後實施軍事改革的重要步驟。為加強政治工作，蔣介石發表了《革命魂》、《軍人魂》、《民族魂》、《漢奸必亡與侵略必敗》等文章，以解決軍人“為何而戰，為誰而戰”的問題，統一思想；組建政治部，由蔣經國出任“國防部”新增設的總政治作戰部主任，一為“反共”需要，二讓小蔣抓軍權，可謂公私兼顧(小蔣掌管政工，起初幹得有聲有色，被譽為“重建國軍的第一功臣”【孫家麒：《我所知道的蔣經國》，第9頁。】)；在台北北投賽馬場創辦政工幹校，成為小蔣網羅“人才”的台灣“黃埔”；建立軍官製度：創設軍官退役製、軍校教育製和軍事主官任期製，成為蔣介石有效控製軍隊和維護在軍中最高統帥地位的重要手段。通過整軍建製，使軍隊“國家化”真正變為軍隊“蔣家化”了。
3.保密防諜，整頓社會秩序。1949年初，蔣介石把台灣確定為“反共複國”的基地，便著手鞏固台灣，建立反共戒嚴專製體製，其中心內容就是保密防諜。1949年初，台灣警備司令部開始對出入境實行管製。5月20日，台灣當局頒布“戒嚴令”，宣布台灣地區處於戰時動員狀態，實行臨時戒嚴(此令一直延續到1987年7月15日才解除)。根據戒嚴法令，1950年1月27日，台灣當局製定了《反共保民總體戰綱要》，動員人力物力，實施各種反共戰略，要求台灣民眾必須宣誓“絕不通匪，也不許容人通匪”。4月修訂了《懲治叛亂條例》，擴大了懲治範圍，加重了懲處標準，加強了軍警憲的權力。6月又頒布了《戡亂時期檢肅匪諜條例》、《戒嚴時期防止非法集會、結社、遊行、請願、罷課、罷工等規定實施辦法》、《戒嚴時期新聞報紙雜誌圖書管製辦法》等30多種法令、法規和條例，將台灣地區全麵置於戒嚴體製之下。這些規定，已完全剝奪了台灣人民的政治權利乃至人身自由(特別是嚴禁黨外人士的組黨活動)，純粹是以軍事暴力強迫人民為其獨裁統治服務。在戒嚴體製下，蔣經國控製的特務機構憑借蔣介石“保密防諜”的尚方寶劍，到處抓人殺人。僅1950年上半年，台灣治安當局處理的“匪黨地下活動案”即達300多件；《中央日報》以匪諜案為題的報道，一周內出現了好幾次。位於台北植物園的馬場町取代了南京雨花台的地位【江南：《蔣經國傳》，中國友誼出版公司1984年11月版，第232頁。】。比如“國防部”中將參謀次長吳石以“通共罪”、前“浙江省主席”陳儀以“勾結共匪罪”，均被判處死刑。還製造了“中共台灣省工委事件”，捕殺了蔡孝乾等多人。
蔣介石在台灣的獨裁統治，蔣經國的恐怖活動，引起了台灣軍政界高層人士的不滿。吳國楨和孫立人事件便是一例。退台之初，蔣介石為尋求美國的援助，特意任命早年留學美國並與美國軍政界有一定聯係的吳國楨擔任台灣省主席兼保安司令，孫立人(曾是美國國務卿馬歇爾在佛吉尼亞軍校的同學)為陸軍總司令兼保安總司令。吳、孫二人受美國民主思想影響較深，對蔣經國插手軍政的法西斯做法表示不滿並予以抵製，從而激化了與蔣經國的矛盾。隨著美台關係的好轉，蔣介石感到可以不通過他倆來討好美國，因而在吳、孫與小蔣的矛盾中，明顯偏袒蔣經國。結果，吳國楨迫於壓力，於1953年4月辭去台灣省主席一職，流亡美國；孫立人也被蔣介石於1954年6月免去了“陸軍總司令兼保安總司令”的職務，改任有名無實的“總統府參軍長”。這兩起事件，既反映了國民黨內的派係鬥爭，又揭示了蔣介石在依美求存的同時，也與美國存在某些矛盾。這些矛盾，在1957年的劉自然事件中鮮明地表露了出來。