衣冠雖有先朝製，東海幡然認故國。
廿年家國今何在?又報東胡設偽官。
起看漢字天子氣，橫刀大海夜漫漫。他常常寄信給國內的子孫，教誨他們：“農圃漁樵，自食其力；百工技藝，亦自不妨，惟有虜官決不為耳。”在日本講學二十多年，朱舜水栽培了眾多的有識之士，為日本文明教育作出了很大貢獻。康熙二十一年（1682）四月十七日，他病逝日本，享年82歲。日本學者私諡他為“文恭先生”，按明朝儀式為他建墳立碑，題曰“明徵君朱子之墓”，安葬於日本常崇久慈郡大田鄉的瑞龍山麓。德川光國為他立了祠堂，刻了雕像，並率諸朝士臨其葬，墳墓至今猶存。日本學術界還成立了朱舜水紀念會、朱舜水遺德顯彰會。日本人民對朱舜水十分崇敬，在他死後周年時，被譽為十七世紀關西巨儒的安東守約在祭文中哭道：“嗚呼先生，知我望我。今也既逝，學殖雲墮。有疑誰問？有過誰督？有事誰計？有懷誰告？”真誠地表達了當時日本學者和民眾的心聲。
朱舜水一生著述甚豐，且幾乎全在日本所撰。著作由其門人輯集。早在十八世紀初就有《舜水先生文集》在日本問世，以後陸續有《明朱徵君集》《朱舜水先生文集》《舜水朱氏談綺》等出版。這些著作，記錄了他在中日文化交流史上的業績，也是中日兩國人民友好往來的曆史見證。
在朱舜水逝世三百周年的1982年，日本朱舜水紀念會、日中文化交流協會經中國政府讚助，在朱舜水的故鄉——寧波餘姚龍泉山建造了“朱舜水先生紀念碑”。是年5月20日，以日本國參議員戶葉武為團長的代表團一行專程來餘姚，參加紀念碑揭幕式。碑正麵，是著名書法家沙孟海先生所題寫的“朱舜水先生紀念碑”八字行書；碑後刻著“紀念中日文化交流之先驅朱舜水先生逝世三百周年”，落款為：“日本朱舜水先生紀念會、日本文化交流協會敬立，一九八二年五月十二日。”碑後植有青鬆兩棵，碑前為日本友人所種的兩棵柏樹，象征中日友誼如同蒼鬆翠柏，萬古長青。
中國著名學者樓適夷在《朱舜水先生逝世三百周年獻辭》裏，對朱舜水生平事跡作了這樣的概述：大哉先生，吾鄉巨哲。生當季世，陽九逢厄。滿清入關，傾我社稷。
一介儒生，誌士廣結。為挽狂瀾，奮起抗擊。跨海東瀛，乞師告急。
扶桑流寓，江戶講席。交流文化，經宣聖葉。胡運不盡，終老秉節。
懿行殊勳，後世永世。三百周年，今逢祭日。兩國俊彥，勝會吾邑。
紀念前賢，顯彰遺德。忝以後學，仰止先哲。羈身北國，適感小疾。
鄉老寵召，欲行未得。舜水悠悠，龍山靄靄。遙瞻盛典，馳恩無報。
恭獻蕪言，衷表謹述。世代永好，共祝中日。朱舜水先生的家鄉餘姚的人民，始終將他作為先賢而敬重著。清朝時，即有人在餘姚城老西門外姚江邊先後為朱舜水連同其他三位先賢嚴子陵、王陽明、黃宗羲建立“先賢故裏碑亭”（後遷至龍泉山），在《徽士朱舜水故裏》碑亭上，刻有這樣的楹聯：東海蹈曾甘家老遜荒千載斯文歸後死，
南天擎獨苦臣心如水一江終古屬先生。橫額：“勝國賓師”
大哉先生!
2007年10月