（5）檢查。
為規範管理，方便操作，係統設計時應根據臨床需要和檢查科室自身特點，把各種檢查項目進行組合，形成檢查申請單，並對申請單根據多種分類方法進行分類，在開檢查申請單時醫生挑選申請單，同時也允許醫生挑選項目。
（6）治療。
醫生把治療過程中完成的治療項目輸入電腦。
（7）電子病曆。
醫生根據病人提供的病情，錄入主訴、現病史、既往史、體檢、輔助檢查、診斷、處理、備注等信息。目前電子病曆的處理方式主要有兩種：文本處理和表格處理，文字處理方式容易實現，但實用性和信息的再利用性不高。采用表格病曆和主題標引的方式來實現則目前還有許多問題有待解決。
（8）維護。
對西藥模板、科室中藥（中成藥、西藥）庫、個人中藥（中成藥、西藥）庫、個人協定方劑、科室協定方劑、個人處方模板等進行維護。
（9）報表及查詢。
查詢全院西藥庫、個人西藥庫、科室西藥庫、中藥方劑、協定中藥方劑、個人中藥方劑、中藥庫、科室中成藥庫、個人中成藥庫、曆史處方、檢驗驗單結果、檢查報告結果等。
醫生工作量報表：統計全院醫生在規定時間內的掛號人（次）、接診人（次）、金額。
三、門診收費
根據電腦生成記賬明細進行收費，通過小屏幕向病人顯示收費金額，打印門診收費收據。查詢中西藥、檢驗、檢查、治療等項目信息，生成各種收費報表。要求係統支持未掛號收費、手寫處方、手寫檢驗檢查、手寫申請單或手寫治療單的收費，支持對有診療卡和無診療卡病人收費，能夠查詢、作廢、重打收據，能夠把收據分成多張打印，允許選擇部分項目交費。同時要求係統能夠處理手寫處方計價和未掛號病人補充掛號的收費要求。
1收費。
通過刷卡或輸入卡號或流水號獲得病人信息，如果在係統中已存在診療通知書，則係統自動把未交費的記賬明細項目顯示出來，並計算病人應自付費用和可記賬費用。如果不存在新的費用記賬則可進行收費，打印收據和記賬小條。同時係統根據中西藥房的發藥情況和醫院的特殊要求（如按科室和病人類型）分配窗口，並向病人提示窗口號。係統可根據病人或醫院的要求支持分單打印，或把不同自付比例的項目分為不同的收據。
還應根據公醫管理的規定和醫療保險的要求，計算病人的自付金額和應記賬金額，如不同藥品或項目對不同類型的病人有不同的自付比例，不同類型的病人有不同的折扣，同一病人在不同的診次中有不同計算方法、不同類型的病人不同類型的疾病藥品用量限製不同等。
付款方式可以是現金、支票或POS機等，還可采取自助付款的方式方便病人。
2退費。
當病人要求退藥、病人藥物過敏、藥品庫存不足或其他原因發生退賬時，允許作廢收據，退回費用。
3報表及查詢。
根據收費情況生成收費員日報表和科室統計報表，日報表包括日期、收據數量、人（次）數、各種費別的金額、總金額、現金金額、支票金額和退費情況，科室統計報表包括本收費處在一定期間內的所有收費情況。
允許收費員查詢收據、西藥、中成藥、中草藥、檢驗項目、檢查項目、治療項目信息。
四、藥房發藥
包括西藥、中草藥和中成藥處方的發藥。係統自動接收已交費的處方，打印發藥單（或處方），藥劑人員根據電腦接收到的門診處方進行配藥，配好藥後確認通知病人前來取藥，屏幕同時顯示應來取藥的病人信息。
發藥人員把配好的藥與病人出示的診療通知書核對，確認無誤後把藥發給病人，同時相應的病人信息在屏幕上消失。
1登錄或打開窗口。
用戶登錄後，將根據登錄人員的科室與注冊表的藥房科室是否一致，來判斷登錄人員是否必須重新設置配藥、發藥窗口。
2配藥。
在配藥窗口能夠接收收費處發送來的已經收費的處方，並按交費先後順序進行排列，在操作人員打印出電子處方後，等待配藥；藥劑師根據電子處方進行配藥，配藥完畢經確認後，等待發藥，並在大屏幕上顯示相關信息，提示病人前來拿藥。
3發藥。
在發藥窗口能夠接收已經完成配藥並等待發藥的處方的信息，按照配藥先後順序進行發藥；發藥完畢，經操作人員確認後，清除大屏幕上的相關信息。
4報表及查詢。
具有處方查詢的功能，能夠按照收據號、患者的就診卡號、病曆號、醫療證號或模糊條件進行查詢。能夠生成有關藥房科室配藥員和發藥員工作量統計的報表，如藥房統計報表，統計當天各種配藥員和發藥員的處方數；處方分類統計，統計各種類型病人和各科室的處方數；貴重藥品統計，統計各種貴重藥品的發藥情況。處方查詢要求能查詢到病人的處方明細。具有配藥、發藥窗口設置的功能。
5標本采集。
在醫生診室生成的電子驗單信息，包括申請科別、申請醫生及申請日期、診斷、檢驗科別、標本類別、標本量、檢驗明細項目及次數等，經交費確認後，在門診標本提取處將電子驗單的內容打印標簽或條形碼，然後提取患者的標本，將標簽或條形碼粘貼在標本容器上，交檢驗科室進行檢驗處理，檢驗科室讀取標本容器上的條形碼或標簽，找到與標本對應的電子驗單，對標本進行檢測、檢驗。
此外，病人在指定時間索取檢驗結果報告，門診醫生可查詢電子驗單的信息及檢驗結果。