不僅僅是潛艇的外部，潛艇內也遭到了一定程度的改造，按特派員帶來了他的修改班子，魚雷艙裏塞進了一個圓形的減壓艙。這個減壓艙占據了一根魚雷管，同時堵住了一側的武器艙門，間接妨礙了同側另3根魚雷管再次裝填；這樣這艘攻擊潛艇損失了百分之六十的偵聽範圍之後，又損失了百分之五十的武器；加上這個不可示人的任務有很強的保密性，造成了艇上大量人員的削減，409號的攻擊能力也已經所剩無幾了。
特派員帶來的這次任務不允許潛艇浮出水麵，所以潛水員不光得從魚雷管進入深海，還需要從魚雷管回到潛艇，潛水員的減壓的工作必須在艇內完成。這種情況以往聞所未聞；鄭強深知這對潛水員而言非常的危險，沒有水麵的母船作保障，甚至沒有一根潛水信號繩索傳遞信息，潛水員在漆黑一片的深海，一旦找不到海底的潛艇就會有生命危險，即使潛水員自行浮到海麵，也會因為無法減壓而導致死亡，艇上的政委周黎聲就是因為一次很小的減壓事故，導致了輕微的耳聾，造成那次事故的水深不過30米，而這次任務區域的平均水深超過200米。
“也許特派員是對的，”鄭強心裏嘀咕著，“這樣的任務需要有經驗的老家夥來完成。”
“不過，”老鄭心裏一個轉念，“這次的任務一定比特派員嘴裏說的更危險，那個家夥看著很不老實，一定還隱瞞了很多事情，隻能走著瞧了。”
鄭強對這個剛到了48小時的隨艦特派員王延秋並不買賬，不過他們一起研究海圖時，鄭強發現這個情報參謀非常精通南海的水文地理，對核潛艇也算了解。鄭強曾經想給這個情報軍官在艇上設置一些禁區，給他看了一張用不同顏色標注的各艙室輻射劑量示意圖，然後故意暗示他如果擔心過量輻射可以在比較靠前的艙室呆著，但是王延秋告訴鄭強，他是海軍內部論文：《海洋環境早期輻射殺傷效應估算模型與研究》的作者之一，所以他對核武器以及反應堆都有一定的了解，因此他並不擔心在反應堆艙或者輪機艙裏走幾趟就會因此落下什麼病。