12月 29日，各省都督府代表在南京舉行臨時大總統選舉會議。到會代表十七省 45人。每省一票，孫文得 16票，當選為中華民國臨時大總統，定於公曆元旦入南京就職。孫文致電袁世凱，自己雖暫時擔任臨時大總統，“而虛位以待之心，終可大白於將來，望早定大計，以慰四萬萬人之渴望”。
孫文在答《大陸報》記者問時豪邁宣稱：“吾黨固已定期起事，然不欲如武昌之急促，廣州今前兩年曾兩次起事，故吾黨不得不乘機起義，不然恐無機會，是以有今日之現象，倘若待吾黨布置完備，依時崛起，即一呼可得廣州、武昌、南京三巨鎮，並可聯合大軍，直搗黃龍，不費戰爭，可定大局。 ”
1912年 1月 1日，上午 10時，孫文偕各省代表由上海乘滬寧線專車赴南京。下午 5時，抵達下關車站。孫文曾經說過，總統府不要華麗宮殿，如果沒有合適的房子，搭個棚子作總統府也無妨。不過，現在他們不用搭棚子了，舊兩江總督署已改為總統府。晚上 10時，在二十一響禮炮聲中，孫文就任中華民國臨時大總統，改元為中華民國元年。
亞洲第一個共和國誕生了。
消息傳來，廣州又再度沉浸在歡樂的狂潮裏。陳炯明認為，國家已到了一元複始，萬象更新之際，一切都要走上正軌。
首先要解決的是都督問題。孫文早在香港時，已表示屬意於汪精衛，陳炯明亦向臨時省議會推薦汪精衛為都督，得到臨時省議會的同意，軍團協會隨即致電汪精衛，請他速回廣東就任都督。陳炯明也親自致電汪精衛催駕。詎料，汪精衛複電軍團協會，一口回絕。他受安那其主義的影響，曾表示過這輩子都不願做官，所以隻願追隨孫文而不願到廣州當都督。 0
廣州辛亥年
孫文又提議請朱執信、馮自由、鄧澤如等人，作為候選都督。臨時省議會亦無異議，一律按名單推舉，詎料這幾個人誰都不肯接任，朱執信和廖仲愷甚至提議請大塘鄉綠林首領李福林當都督，這可把臨時省議會激怒了，堂堂廣東都督，幾個革命黨人你推我讓，完全不問廣東紳商、民間的意見與感受，簡直就是對憲政與自治的侮辱，於是強硬表示，如果汪精衛不來廣東，應該立即另行選舉。“選舉乃地方人民之權，若中央政府派人，應由憲法上規定。今憲法尚未成立，若派人來，絕不公認。 ”
1月 16日，廣東總商會致電南京臨時政府，請求孫文下令代理廣東都督陳炯明繼續留任，“因為汪精衛再次謝絕來穗，且陳炯明處理政府事務令人滿意”。
革命黨人確實還沒習慣民主政治的運作，一切仍沿用當年同盟會內的做法，幾個革命黨領袖之間，你推薦我，我推薦你。經廣東紳商反對後， 1月 25日，孫文致電陳炯明，請他勉為其難，擔任廣東都督。臨時省議會迅速推舉陳炯明為都督，並於 2月 7日，再次公舉他為廣東正都督，電請孫文取消代理都督的稱謂。但陳炯明堅持他隻能代理，不能坐正，正式省議會成立在即，正式都督應留待正式省議會選舉產生。
事實上，陳炯明也要接受輿論的監督，並不因為他與紳商關係較好而獲豁免。 1月 10日，廣州的報紙刊登了燕塘新軍即將解散的消息，這是一條假新聞。陳炯明以“事關軍政，不容捏造事實，擾亂軍心”為由，扣留了兩名發布假消息的記者，但旋即釋放了，而廣州報界公會卻窮追猛打， 17家報館連署，發表“告同胞書”，指責陳炯明
“豈欲藉報館以逞威福，欲為數月前封八家報館之張鳴岐第二耶？”他們用非常尖刻的措詞說：
今日之廣東軍政府，為廣東三千萬同胞之軍政府，敝同業任監督之責，隻知竭力維持，無論何人有違共和政體不規則之行為，必起而糾正之。今詰陳都督幹涉各報之野蠻舉動，隻屬陳都督個人之事，實於軍政府無涉，吾粵無陳都督，固尚大有人在。
0
共和新起點
陳炯明沒有一走了之，也沒有像胡漢民那樣大罵報界。他派警察廳長陳景華到報界公會，聽取意見和解釋政府立場，取得了報界的諒解，事件最後“和平了結”。
陳炯明迫切需要利用有限的時間，把政治帶上正軌。共和帶給人民的，不應該是戰亂，而是建設。他首要解決民軍問題，把廣州的民軍組成北伐軍，派去支援其他地方的革命。那些扶不上牆的癩狗隊伍，則設法遣散。經過一番艱難的整頓，廣州的民軍，從原來的 14萬，減少到隻剩下兩三萬人。一直密切留意廣州局勢的美國領事，驚訝地表示：“試想陳都督手中有限的材料，他本人又從未當過管理的官職，廣州得到平靜度日，可以說是一個奇跡。 ”
陳炯明召開各界茶話會，把省港一百多來賓請來，濟濟一堂，討論維持秩序的問題。陳炯明在茶話會上，決然表示，法律秩序必須盡快恢複，民軍強買強賣、強占民房、包娼包賭固然是違法的，但強迫剪辮、聚眾毆打等，也是違法的，今後都不允許再發生了。
廣東的紳商十分讚同陳炯明所說，但懷疑政府的落實能力，目前治安混亂，土匪蜂起，“官之衛民，不如民之自衛”，他們要掌握自己的命運。於是由絲業巨商岑伯著、出口洋莊商人陳廉伯，聯同郭仙舟、盧輔臣等商人，發起組織“粵商維持公安會”，由陳廉伯讚助了五百元開辦費，在下九甫的錦綸堂正式辦公。陳炯明並不反對商人自衛，甚至鼓勵他們組織起來。
在陳炯明心中，已勾畫好一個“模範省”的藍圖了。且看他在辛亥年最後一個月份的日程表：
1912年 1月 6日，陳炯明請臨時省議會草擬整頓紙幣方法，鞏固新政府的金融信用。
1月 8日，宣布禁賭禁娼，不僅禁止公賭，一切私賭亦懸為厲禁；所有妓女一律遣返回家，包括疍民的花艇，亦不準經營。同日，陳炯明致函沙麵租界的英國領事，要求英軍立即停止在沙麵布防，函稱：“軍政府成立兩個月來，盡力安撫民心，沙麵的安全，我們是絕對有信心能保證的。貴國在沙麵增防，反而會驚動人心。我要求 0
廣州辛亥年
您馬上撤退軍隊，以表示和平共處的精神。”並將相同內容的函件送達美國領事。
1月 14日，提出要在短期內拆除廣州城牆，修築馬路，以利交通。
1月 20日，宣布劃一廣東省幣製，市場交易，一律以毫圓計算，廢除兩數。臨時省議會討論成立資本 3000萬元的廣東銀行。
1月 22日，集合北伐各軍，在燕塘舉行誓師大會，陳炯明親自宣讀誓詞。
各項市政建設，轟轟烈烈，有聲有色。當時廣州的街道，大部分隻有幾米至十幾米寬，迂回彎曲，形同迷宮。同治年間的廣州漢軍副都統杏岑果爾敏，寫過一首竹枝詞諷刺：“逼仄形容處處皆，更無一處豁胸懷。分明窄窄驢車路，硬起名兒叫大街。”但這還不是最糟糕的，近年因治安不好，各街口都築起街閘，晚上街閘一關，行人斷絕，滿城一片漆黑。這就是華南第一大都會嗎？這就是曾經號稱世界十大城市之一的廣州嗎？陳炯明誓言要改變這樣的現實。