第三，東塾學派注重注疏與經文的結合，而九江學派強調經與史結合。許衍董總編：《廣東文征續編》（第1冊），香港：廣東文征編印委員會，1986年版，第101頁。陳澧指出：“讀注疏既明其說，複讀經文者，經學也。”錢穆：《中國近三百年學術史》下冊，北京：商務印書館1997年版，第682頁。因為漢、唐儒的注疏更接近經學原典，故受陳澧的重視。但他不太重視史學，故在《漢儒通義》自著條例中說：“凡所錄皆經部書，史、子、集皆不錄。”從其現存的論著來說，也很少有史學方麵的成就。朱次琦主張史可證經，經可佐史；因古人“已然之跡”（經學），一一可求證於史實。他說：“史之於經，猶醫案也”廣東省南海市政協文史和學習委員會編：《南海文史資料》（第27輯），1995年版，第97頁。，“以史通經，則經術行”同上書，第93頁。。即是說，“經”是治國之大法，“史”是治國之案例。“經”與“史”乃是互為體用之學，故學者宜經史兼習，方可收“學以致用”之效。“掌故之學”一定意義上也屬於史學範圍，它是朱次琦所提倡的“五學”之一。故吳道鎔說：“其教人以掌故之學，與經史性理並列。”許衍董總編：《廣東文征續編》（第1冊），香港：廣東文征編印委員會，1986年版，第101頁。康有為治學，以“史學”為用，就深受其師的影響。簡朝亮也將“史學”作為“五學”之一。他認為，“經學”求其“不可易於今者”，“史學”求其“可鑒於今者”，“性理之學”求其“可箴於今者”，“辭章之學”求其“可法於今者”簡朝亮：《朱九江先生講學記書後》，《讀書堂集》卷1。。
第四，東塾學派注重經學與西學的結合，而九江學派早期對西學持排斥態度。陳澧和鄒伯奇都注重漢學與西學的關係。鄒伯奇精通天文曆算，“能薈萃中西之說而貫通之”《清史稿·鄒伯奇傳》。，並取得了不少科學成果。陳澧與鄒伯奇關係密切，據他自己說：“昔餘未識特夫，見所作《戈戟考》，知其精通算術，乃定交焉。”黃國聲主編：《陳澧集》（一），上海：上海古籍出版社2008年版，第120頁。陳澧對鄒氏的《格術補》一書大加讚賞，稱其為“今世算家之奇書”同上書，第122頁。。陳澧也很愛好自然科學，在涉及自然科學的經學考證中，也常和西方自然科學知識相印證。如恒星大小明暗動靜問題，陳澧將西洋人之新說與中國古天文學家之說相比較，發現了兩者的一致性。同上書，第84頁。弟子桂文燦不僅認為“泰西算法固傳自中土”，而且還希望郭嵩燾出使英國時，能夠使“聖人之道”西行，萬國群起而效之，從而使其“盡舍所謂天主之教，而改從聖人之教”桂文燦：《送郭筠仙侍郎出使英國序》，《潛心堂集》。。弟子馮焌光直接參與了洋務運動，並組織譯書。陳澧稱他“在上海設書院，分六堂，各延山長教士，曰經學，曰史學，曰算學，曰輿地之學，曰掌故之學，曰辭章之學。又刊譯外國之書數十種。嚐欲乘所造輪船繞地球一周，以覽各國形勢、風俗。其誌氣雄邁如此”陳澧：《誥授資政大夫二品頂戴江蘇蘇鬆太兵備道監督江南海關馮君神道碑銘》，冼劍民，陳鴻鈞編：《廣州碑刻集》，廣州：廣東高等教育出版社2006年版，第704頁。。而朱次琦對西學多持排斥態度。他說：“泰西水法而不必自泰西為之也，我用泰西也，非泰西而不必可為之者。泰西機器也，漏卮也，泰西用我。”廣東省南海市政協文史和學習委員會編：《南海文史資料》（第27輯），1995年版，第105頁。他雖主張引進泰西水法，但反對學習西方的機器，認為中國抗擊侵略不是靠機器，而是靠“上下軍民聯為一體”的凝聚力。簡朝亮引用崔與之的“無以學術殺天下後世”這一名言來形容西學的危害，指出：“由斯以推，而知今之西學，其蠱人也中於微，其禍天下也趨於大”簡朝亮：《朱九江先生講學記書後》，《讀書堂集》卷1。。他反對“師夷”，始終對洋人持懷疑和否定的態度，以為既然“夷”是我們的敵人，那麼“以敵為師，而欲製敵者，不危且殆乎？”簡朝亮：《再寄梁星海言兵書》，《讀書堂集》卷2。
概而言之，東塾學派與九江學派在治經方麵都提倡經治致用的學風，都反對門戶之見，主張漢宋兼容。但東塾學派偏向於學術，試圖以經學造就人才；九江學派偏向於經世，注重以經術指導政治。東塾學派納宋學於漢學之中，通過訓詁以求微言大義，並以明理敦行為目的。朱次琦納漢學於宋學之中，注重明道濟世，實現內聖外王之理想。東塾學派注重“以經證經”，九江學派講求經史結合。東塾學派在治經中吸取了西學的內容，九江學派早期對西學持排斥態度。