法庭在審判期間還聽取了幸存者的證詞，放映了記錄集中營慘狀的紀錄片。有組織的、殘忍的殺戮令人震驚，法庭中有的人落淚了。隨後，傑克遜法官宣讀了希特勒1939年5月23日的一段講話內容：“這是向東擴大我們的生存空間的問題，因此要並吞波蘭。不管這個理由是否站得住腳，畢竟，強者永遠是對的，我們要野蠻地達到我們的目的。”傑克遜用顫抖的聲音說：“人類文明的聲音在呼喊，麵對這樣大規模的犯罪之時，現有的法律係統顯得多麼的滯後和無助！”
1945年10月18日，國際軍事法庭第一次審判在柏林舉行，自1945年11月20日移至德國紐倫堡城。經過216次開庭，於1946年10月1日結束。法庭對24名被告中的22人作了宣判。12人被判處絞刑。赫爾曼·威廉·戈林，納粹德國政權第2號人物，空軍總參謀長，國家元帥（處決前自殺）。約阿希姆·馮·裏賓特洛甫，第二任外交部長。威廉·凱特爾，陸海空三軍總參謀長，陸軍元帥。恩斯特·卡爾滕布魯納，第二任中央安全局局長。阿爾弗雷德·羅森堡，納粹黨思想領袖，東方占領區事務部長。漢斯·弗蘭克，納粹黨司法領袖，波蘭占領區總督。威廉·弗利克，納粹黨立法領袖，內政部長。尤利烏斯·施特萊歇爾，反猶刊物《前鋒報》主編。阿爾弗雷德·約德爾，陸軍總參謀長，陸軍上將。弗裏茨·紹克爾，衝鋒隊和黨衛軍將軍，勞工事務全權負責人。賽斯·英誇特，奧地利總督，荷蘭占領區總督，希特勒死後任外交部長。馬丁·鮑曼，希特勒秘書，希特勒死後任納粹黨黨務書記（缺席的審判，很多資料都說他1945年就已經死了）。
3人被判處無期徒刑。魯道夫·沃爾特·理查德·赫斯，國防委員會成員，納粹黨書記處負責人，希特勒第二繼承人。埃裏希·雷德爾，第一任海軍總司令，國防委員會成員，海軍名義總監。瓦爾特·馮克，政府新聞總署和宣傳部負責人，德國經濟部長，戰爭經濟全權委員會負責人，德國國家銀行總裁。4人判處有期徒刑，巴爾杜·馮·席臘赫，全德青年領導人，駐維也納總督。阿爾伯特·施佩爾，軍備、軍需及軍火部部長。康斯坦丁·馮·紐賴特，第一任德國外交部部長，國防委員會委員，駐波希米亞—摩拉維亞“保護長官”。卡爾·鄧尼茨，潛水艇艦隊司令，第二任海軍總司令。希特勒臨死前指定的繼承人，希特勒死後任德國總統兼武裝部隊最高統帥。3人被宣布無罪釋放，弗蘭茨·巴本，第一任德國總理，內閣副總理，駐奧地利、土耳其使節。耶馬爾·沙赫特，國家銀行總裁，戰爭經濟全權委員會成員。漢斯·弗裏切，宣傳部國內新聞司司長。3個組織被宣判有罪，分別是德國政治領袖集團；秘密警察和保安勤務處；黨衛隊。
此後所舉行的12輪審判廣義上也可以納入紐倫堡審判的範疇。它們全部由美國文職法官主持，起訴的主要是為第三帝國提供戰爭資源的人，如工業家、軍事人員、集中營看守和一些不太著名的戰犯。在後續的法庭審判中，超過5000人被控有罪，800餘人被判死刑，不過最終隻有469名戰犯被執行。為了關押這些特殊的犯人，同盟國決定在西柏林建立一個專門的由軍隊管理的施潘道盟國軍事監獄，蘇美英法四國各指派一名監獄長進行管理，四國各派30名衛兵進行看守，相關經費全部由新成立的德意誌聯邦共和國政府承擔。這是世界上關押成本最高的一所監獄，因為看守的數量遠遠超過犯人，從1960年10月到1987年，聯邦德國納稅人為此共付出2650餘萬德國馬克。
隨著歲月的流逝，監獄犯人因為去世或刑滿釋放日益減少。到1965年，能容納600名犯人的施潘道盟國軍事監獄隻剩下了被判處無期徒刑的魯道夫·赫斯一人，看守他的則有4名監獄長、1個監獄牧師、17名文職人員、20名軍官、33名士兵和4名醫生，關押費用一天約一萬德國馬克。魯道夫·赫斯由此成為世界上享受待遇最高也是最孤獨的犯人。1987年8月17日，赫斯在施潘道監獄中自殺身亡。他的死，是個謎。赫斯死後，施潘道盟國軍事監獄立即被拆毀了。有關赫斯的絕密檔案存放在大不列顛反間諜機關的檔案館裏，編號為“密－5”。據說，這些檔案等到2017年才能解密。