允祥的第一件事是領導清查虧空。雍正在即位前查辦京倉的時候便已知悉朝廷的財政其實都是數字遊戲，多年的虧欠已使朝廷財政危如累卵，於是他派允祥親自出馬，加以嚴查。允祥接手這個事情後，毫無容情，就算是皇親國戚，也決不姑息。比如他追索十二阿哥允祹在內務府上的虧欠，逼得這個兄弟把自己家裏的家具器皿都拿到街上去賣，以此來償還虧空。十阿哥允礻我也被追索了幾萬兩銀子，最後連家都被抄了。
總的來說，允祥的才幹還是很突出的，在這幾年裏，他整頓和完善戶部的管理製度、總理京畿的水利營田事務、經辦兩淮鹽務、督辦工部圓明園事務等諸多事務。另外，允祥還負責了宗室內部的事務，“凡宮中府中，事無巨細，皆其一人籌劃料理，無不精詳妥協”，基本就相當於現在的總理了。在處理雍正臨時加派的任務時，允祥也能讓雍正感到滿意。雍正七年(1729年)設立軍機處後，允祥出任了首席軍機大臣，可謂是如日中天，權傾一時。
在雍正即位後的前幾年裏，允禩成為他的左膀右臂，經常代雍正傳旨發令，代表雍正辦理各種事務，雍正對他信任有加，大加讚賞。三年服製期滿後，雍正召集群臣討論四位總理事務大臣的功過，結果允禩被評為無功有過，允祥則是無過有功，雍正還賞賜給允祥一個郡王的爵位，讓他隨便挑個兒子去承襲。但允祥堅決推辭，雍正沒辦法，隻好給他加了一萬兩的俸銀。
雍正四年（1726年）七月，由於允祥政績卓然，雍正親自寫了一個匾送給他（雍正似乎有送匾的癖好，不過匾也分好壞），上麵寫了八個字：“忠敬誠直勤慎廉明”，這八個字的評價不可謂不高。也就在這一年，雍正把所有的對手都基本收拾幹淨，他的心情大概非常之好。由於允祥被封為怡親王後，一直沒有舉行正式的封王慶典，於是在當年十一月的時候，雍正決定給允祥風風光光的搞一次慶典，也借機慶祝他們的勝利。當日慶典非常隆重，大學士馬齊為冊封正使，其弟領侍衛內大臣馬武為副使，文武百官群集祝賀，雍正親自宣讀表揚信，場麵熱鬧非凡，允祥幾乎已經到了人臣榮耀的極致。
麵對雍正的恩寵和賞賜的時候，允祥卻總是表現得無比的謙抑，比如補給他二十六萬銀子，他死活不收，最後隻收了一半；給他一個郡王的名額，這樣的好事，一般人本是求之不得，但允祥卻有功不居，有獎不受，一再推辭。允祥的謙抑和清醒，恐怕和兩方麵因素有關，一是他自幼對雍正的性格作風極其了解，他深知雍正是個好表現的人，決不容許別人搶自己的權力和風頭；其次可能也是康熙四十七年的廢太子事件對他的打擊太大了，由此允祥也謹言慎行，敬恪有加，終其一生。
雍正七年（1729年）的時候，允祥又立下大功。當時雍正在挑選自己的陵墓位置的時候，本是選擇了河北遵化東陵的九鳳朝陽山，但雍正後來認為這裏“穴中之土有砂石”，將之廢棄不用，而選擇了與東陵相距三百多裏的河北易縣泰寧山（即後來的清西陵）。但這樣的話，離父親的陵墓太遠，雍正又覺得有點說不過去，很是為難。這時，允祥摸透了雍正的心思，他上奏說：“曆代帝王營建之地，遠或千餘裏，近亦二三百裏”，他舉出漢唐時期帝王的陵墓也是散布在陝西各地，有的也相距甚遠。允祥的話，等於是為雍正另辟陵墓提供了理論依據。這樣，清代的陵墓便分為東陵和西陵兩個陵墓區，其後代子孫也隻能隔代分別在兩地安葬。
在挑定了自己的陵地後，雍正很高興，便打算把西陵旁邊的一塊候補的“中吉之地”（雍正那塊陵地是“上吉之地”）賞給允祥做陵地，想讓允祥死後也能陪伴自己身邊。不知為何，允祥是死活也不肯答應，後來他自己在離西陵六十裏外的淶水縣水東村挑了一塊“平善之地”，作為自己的安息之地。雍正聽後，未置可否。
由於政務過於繁重，允祥在輔佐了雍正七年多後，終於在雍正八年（1730年）的春天一病不起，雍正得知後十分著急，他不但親自過問允祥的治療情況，還經常為之祈禱。後來，允祥自知餘日無多，他唯恐自己會被埋入雍正替他選好的那塊“中吉之地”，便再次請求將自己的陵墓確定在淶水縣的那塊“平善之地”，雍正沉吟再三，終於同意。允祥怕雍正反悔，便立刻命手下人去那裏取一塊土給他，並吞食下去，作為確定陵地的標誌。
當年五月初四，允祥病情惡化，雍正得到消息後，急忙趕往怡親王府看望。還沒有等到雍正到達，允祥便永遠的閉上眼睛，走完了他短暫而榮耀的一生，終年四十五歲。按允祥的年紀，本應該是政治家最黃金的時期，可惜的是，允祥卻就此倒下了。這個每日“殫竭心思”的雍正朝總理或許就是累死的。
允祥死後，雍正傷心不已。在允祥去世的第二天，雍正親自到允祥的靈前祭奠，並宣布輟朝三日，並為之素服一月。這種哀榮是從來沒有先例的，這也說明雍正和允祥之間已經超越了一般的君臣和兄弟關係。允祥走了，正如雍正在祭文中說的，“既抱終天之恨，更增同氣之悲，含酸茹歎，何能自已？”雍正失去了一個最知心的兄弟和最得力的助手，他也感到了從沒有過的孤獨和落寞，也許他的一首詩最能體現他當時的心情：
“對酒吟詩花勸飲，花前得句自推敲；
九重三殿誰為友，皓月清風作契交。（雍正：《花下偶成》）
在這數年間，雍正戰勝了他所有的對手並建設了日漸強大的大清王朝，但是，他的事業再成功，再輝煌，沒有人和他分享與交心，雍正也隻能和清風明月說話了。如此看來，這雍正朝的盛世年華，看起來又多少有點蒼涼。
在清朝兩百多座王爺園寢中，允祥的園寢是規模最大、最壯觀的，其園寢的神道有3裏多，這在親王的園寢裏是極為罕見的。從現在的話來說，這是超標準的豪華版。事實上，允祥生前一再交代家人按普通親王的規製建造，千萬不得逾越，不然自己心裏不安。但是，允祥死後，園寢的事情由雍正親自來負責，他為了表示自己對十三弟的哀悼，將其規模大大擴大，遠遠超過了其他親王級別的陵寢。
從規製來看，允祥的園寢最前方是龍首龜趺神道碑，碑刻“忠敬誠直勤慎廉明怡賢親王神道碑”十五個大字，接著是三門四柱的石製火焰牌坊，隨後是一座五孔橋和三門四柱七樓的超大石牌坊，牌坊以西有一對華表，後麵是刻有雍正禦製碑文神道碑亭（後毀），再後是規模宏偉的大殿，大殿之後則是允祥的圓形寶頂（棺柩所在地）。可惜的是，此園寢近代被盜，後來又在戰爭中毀壞，建國後，除了三裏長的神道牌坊保存下來外，其他的地上建築已蕩然無存。