“暈船的痛苦遠遠超過了我原來的想象。人們說，暈船是一星期裏就能夠痊愈的小毛病，可為什麼直到現在我還不能適應呢？”
是的，達爾文從登上貝格爾艦以後就時常感到暈眩，不舒服。他記得貝格爾艦準備駛出德文港的時候，一陣暴風忽然從西南方吹來，貝格爾艦好象彎腰鞠躬一樣前俯後仰地顛簸起來，狂風的呼嘯聲，海濤的咆哮聲，軍官們嘶啞的命令聲和水手們的叫喊聲，把他這個第一次參加遠航的人嚇得魂不附體。後來貝格爾艦被迫改變了航期，可是暈船的痛苦卻一直在折磨著他。
威克姆為了安慰這個初次參加遠航的青年，勸他說：“不要緊，每個新參加航海的人都會感到不舒服的，有些人還暈得象爛醉如泥的醉漢一樣。就是我們這些經常參加航海的人，也不會象坐在家裏的沙發上那樣舒服啊！”
“我不是想舒服，主要是暈船使我精疲力盡了，稍微動一下就象要昏死過去那樣。”
“那麼您就回去躺一躺吧!”
“不！讓我把這一網小動物取上來再回去。”
達爾文繼續忙碌著。這時候，貝格爾艦離開錫利群島已經有一百海裏，掉頭駛向變幻莫測的比斯開灣了。忽然天空開始陰沉下來，狂風驟起，海麵上巨浪翻滾，貝格爾艦劇烈地顛簸起來。達爾文漸漸覺得遠方島嶼的輪廓在視野中模糊了，頓時感到天旋地轉，再也站不住了，接著他就一個勁兒地嘔吐起來。
有個水手擔心地說：“航行才開始不久……”
不等那個水手的話說完，達爾文堅定地回答說：“放心吧，我一定會戰勝……”說到這裏，“哇——”地一聲又吐開了。
大家急忙把他扶進艙房，讓他躺在吊床上休息。達爾文看到水手們為他擔心的樣子，再次表示決心說：“請放心吧，我這次航行決不半途而廢。否則，將來我在墳墓裏也不會安息的！”
達爾文咬緊牙關忍受著吃不下、睡不著，暈眩、幹嘔的痛苦，減輕痛苦的唯一辦法就是躺在吊床上看書。洪堡關於熱帶風景的描寫，對於安慰他這個暈船人的心是最適合的了。
貝格爾艦不停地向前行駛。
“達爾文先生，達爾文先生，艦長問您能不能到甲板上去一下？”一個水手跑進艙房來說，“在甲板的一個角落裏發現了一堆灰塵，艦長想請您上去看一看。”
“好，我一會兒就到！”達爾文說著，就起身向甲板上走去。
“您能站起來了，我很高興，達爾文先生，”菲茨羅伊說，“聽說您還沒有吃東西，是嗎?”
“沒有什麼，艦長，”達爾文回答說，“謝謝您托人給我送去了白蘭地和水，可是我不能喝，剛喝一口就吐出來了。”
“等到了南美洲海岸，您的胃口就會象海軍上將一樣了，”艦長一麵說一麵用手指著那堆灰塵，“您看這是什麼?”
“啊，這是熔岩灰，可惜太少了，”達爾文捏起一小撮灰塵放在手心裏說，“要是能夠再多一些，就太好了。”
“前檣的桅帆頂上落滿了這種灰塵。我是早晨爬上去的時候看到的，”斯托克斯插嘴說。
“您能再爬上去給我多弄些下來嗎?”
“當然可以！”斯托克斯搶著回答。
艦長說：“不行，隻有為了完成比搜集熔岩灰更重要的任務，才能讓我的軍官冒這樣大的風險去爬前桅杆。您想過沒有，這樣大的風，稍一疏忽人就完啦，達爾文先生。”
“那麼，您能允許我自己爬上去嗎?艦長。”
菲茨羅伊還在猶豫，達爾文已經向桅杆上爬去。水手們個個都為他捏一把汗，驚訝地仰望著他。
“斯托克斯，快點跟上去，眼看他就需要幫助了，”艦長不放心地說，“達爾文先生，小心點。”
達爾文的行動，完全出乎艦長的意料。這時候，菲茨羅伊內心不得不承認，當初自己根據達爾文鼻子的形狀斷定他不具備參加這次遠航的足夠的信心和精力，是錯誤的。
達爾文和斯托克斯很順利地弄到了許多熔岩灰。艦長和他倆一道來到艙房。達爾文在顯微鏡下仔細尋找熔岩灰裏的小生物。
嘴裏不住地說道：“你來看啊，有許多小動物呢!是南美洲吹來的……”他的一隻手還在緊緊地按住胃部。
艦長閉上一隻眼睛，湊進顯微鏡，隻見顯微鏡下呈現出好幾種栩栩如生的小動物。他用欽佩的眼光掃視了達爾文一眼說：“怪不得你那樣不要命地爬到桅杆頂上去呢!”艦長又說道，“我們很快要到特納裏夫島了。上岸後，你會采集到大量的化石標本，還有植物、昆蟲……”
“要做的事情確實很多，不但要采集標本，還要對它們進行整理，編目錄、貼標簽。”達爾文興致勃勃地說著。一談起他心愛的工作，他又把病痛忘得一幹二淨了。
艦長想達爾文是個有出息的年輕人，他有決心、有毅力，對工作認真有熱情。這次帶他出海沒有錯，他肯定會有一番作為的。
“貝格爾”號經過十天的航行第一次停泊在了一座被船長稱為“大西洋之顛”的熱帶小島，風景如畫，但是他們沒被批準上岸，說是英國正在流行霍亂，怕船上的人把瘟疫傳到小島上。於是，“貝格爾”號繼續向南，駛向聖地亞哥。在那十天路程裏，達爾文一直在不停地工作。他請船上的縫帆匠、木匠和製繩匠為他製成了一個四英尺深的大口網兜，以及三根二十五英尺長的繩子，並把繩子的一端係在網兜上，另一端拴在船尾。達爾文以及一些看熱鬧的船員一起站在船尾，他把網兜用力一甩，網兜就慢慢地沉入水中，三根繩子一拉，網兜就成了直狀開口浸在水下幾英尺深的地方，被船拖著以每小時八海裏的速度在大西洋裏前進，沒多久網兜裏就兜滿了各種各樣的東西。達爾文接連撈了三次，每次拉上來都把撈到的東西倒在一塊舊帆布上，很快就堆了一堆。
達爾文把撈到的東西分了類，最多的海洋動物是水母，屬於無脊椎動物類群。
達爾文把分好類的動物一一放進小玻璃瓶裏，倒上他自己配製的防腐劑。他在每一個瓶子上都貼上標簽，標簽上寫明發現地點和所處的緯度。然後再把每個瓶子編上號碼，把存放物品的名稱和日期都填在“浸入酒精液的動物目錄”裏。
達爾文一絲不苟地做著這一切，根本沒有察覺到周圍水手們欽佩的目光。
說完，他又走向船尾，去打撈新的海洋動物。船身還有些顛簸，但他的注意力都集中在工作上了，暈船惡心的感覺居然消失了。他整天都做著打撈、分類、儲存的工作，臨睡前又拿出海洋生物學筆記本，記下這一天當中給他印象最深的動物和這些動物的特征。在後來的航海中，達爾文始終都這樣做著。
“貝格爾”號乘風破浪地向佛得角群島駛去，把達爾文帶向一個他渴望已久的嶄新世界，揭開了這位堅韌不拔的年輕博物學家科學考察的序幕。
1832年1月上旬，“貝格爾”號開足馬力，向南美洲大陸駛去。
1月16日，“貝格爾”號駛進佛得角群島聖地亞哥島的普拉亞港，在那裏停泊了二十三天。從海上向港口望去，達爾文覺得這裏十分荒涼，不免有些失望。他發現在黑色熔岩的大塊地層之間，有了條水平的白色夾石出現在海邊峭壁的表麵上，不由地覺得很奇怪，不知道是什麼原因。而上岸之後，越向島中走地勢越是高起來，逐漸出出一些圓錐形小山，地平線遠遠地聳立著一連串參差不齊的高峰。
走進這些熱帶叢林的懷抱，達爾文聽到了一些不熟悉的鳥兒在啼叫，看見許多新奇的昆蟲圍繞著不知名的花兒在飛舞。太好了!他夢想的一切就在眼前。陶醉之餘，他並沒有忘記自己的職責，先研究起那條四十五英尺高的水平白色夾石。它是由石灰質構成的，其中嵌著無數貝殼，白色夾五下麵是古老的火山岩。
在“貝格爾”號停泊在這裏的這段時間裏，天氣異常炎熱。達爾文總是早出晚歸，進行科學考察，回到船上的時候總是口幹舌燥，滿身灰塵。但他並不感到怎麼累，總是滿載而歸，帶回各種標本，口中直嚷著：“大豐收了!”每天晚上，達爾文都對這些岩石、植物和海洋生物進行檢查、歸類、包裝、儲藏。
在聖地亞哥島停泊的最後一天上午，達爾文考察了島上的地質構造，意識到這裏不可能像傳統的地質學家所描述的那樣是在一次災難性劇變中發生的。那道白岩石地層絲毫無損，嵌在地層中的脆弱的貝殼和珊瑚也沒有損壞。這個島嶼一定是經過一連中的火山運動才得以形成——每次運動都將這道地層推得離海麵再高些，而又不使它受到損壞。看到自己琢磨出了那白色夾石成因，他的腦海裏突然閃過一個念頭——自己可以寫一本書論述所到之地的地質情況。不過立刻又覺得自己初出茅廬，這個想法太可笑了。但是他已經開始向傳統的地質學提出質疑。
“貝格爾”號又啟程了，繼續向南行駛。達爾文給父親寫了一封報告平安的信，告訴父親：“這裏的日子快活極了!我忙得很。我真的感到在船上(當我不暈船的時候)差不多和在家裏一樣舒適……”
在這次漫長又艱辛的旅途中，達爾文親眼目睹了許多美麗奇異的自然景觀，觀察了火山和若幹原始部落，經曆過地震，發現了大量的動植物化石，觀察了種類繁多的動植物生長及生活情況。更為重要的是，他對此作了大量的航海日記，把自己的所見所聞一一詳細記錄。這些經曆奠定了他以後研究的基礎。
1836年6月18日，“貝格爾”號駛離西蒙斯灣，準備向西橫越南大西洋，到達麵美洲的東海岸，然後再從那裏向北穿越北大西洋，返回英國。
1836年10月2日，“貝格爾”艦靠岸了。
離開家已經5年了，達爾文無時無刻不在思念著家鄉。他思念年邁的父親，為家操勞的姐姐妹妹，還有他的好朋友亨斯羅教授。
考察的時候，達爾文總不忘寄上幾封家書，告訴親人們他很好，有哪些收獲，哪些發現。而每每收到親人的來信時，他也高興萬分。現在，經過5年的考察，“貝格爾”艦已經返航了，達爾文的思鄉之情也更濃了。
達爾文的歸來，使大家感到格外高興。父親詢問兒子今後有何打算，妹妹則纏著他要讓講海上航行的趣事。
而達爾文心中又有了新的打算，那就是實現他獻身科學的心願。現在他要做的事情很多，他要對環球考察采集的大量標本分類、整理，要在已有日記的基礎上撰寫出“比格爾”艦環球考察記，還要把大量地質資料寫成論文。
現在的父親已經能夠理解兒子了。達爾文航海期間就曾寫過論文寄回倫敦發表，得到過專家的好評。父親為兒子取得小小的成就而自豪。父親決心支持兒子的事業，讓他在科學道路上取得應有的成就。
父親的話裏有很多是正確的。五年的旅行生活使達爾文大大變了樣。不但改變了他的人生觀與生活習性，而且決定了他未來的人生旅途應起的方向。在航海期間，達爾文所做的專門性研究成果非凡，但他覺得最重要的是，在這期間養成了一種非常好的習慣，那就是盡心盡力、孜孜以求的鑽研精神。在研究問題上，不做實際考察，決不以書本和主觀推論隨便定論，這種習慣使他獲益良多。航海最初幾年，他仍舊不改昔日喜愛射擊的毛病，每次到野外狩獵或采集時，總要隨身帶一把槍，以便射小鳥和野獸。後來，他發現射擊會影響研究工作，就斷然地放棄了這個愛好。在旅行中，每到一個新地點，第二天就登上山頂，觀察新地方，並著手搜集材料，漸漸地，他對科學的喜愛與日俱增。每日的奔波忙碌，也使他逐步放棄了一些與科學無關的嗜好。這種良好的心理修養，為他今後的成長奠定了堅實的基礎。