“姑娘，叫什麼名字？”漢密爾頓為了鎮定她的情緒，故意找個話題來轉移她的注意力。
“我叫瑪麗。”“啊，瑪麗，多麼好聽的名字！”漢密爾頓說。“姑娘，你把嘴張開，給你喝點酒。”
助手給瑪麗喝了些酒，漢密爾頓趁機向學生提問：“請注意這塊紅腫的部位，誰能說出我是根據什麼診斷出她患了骨髓炎?福克訥，你回答！”
“肉眼可見的炎症，裏麵可能還有膿液，體溫也很高。”福克訥站起來回答。
坐在福克訥旁邊的達爾文看到這次手術又不用麻藥，隻是喝幾口酒就算麻醉了，於是上一次做腹部手術的慘狀又浮現在眼前，他的臉上露出十分緊張的表情。
漢密爾頓憑經驗斷定達爾文思想不集中，為了引起他的注意，就向他提問：“查理，你回答，我應該在什麼地方做第一個切口呢？”
“最紅的，或者是最軟的地方……”達爾文顫聲地回答。
瑪麗眼淚汪汪地苦苦哀求說：“醫生，我怕疼，我不開刀，我要回家！”
“好姑娘，勇敢些，”漢密爾頓揮著手術刀，若無其事地說，“為了保住你的生命，就不能怕疼。”他轉過臉去吩咐他的助手：“珍妮，再給瑪麗喝口酒，準備好紗布！”
瑪麗又喝了一口酒，她的嘴裏被塞進了一團紗布。漢密爾頓沒有用麻藥就開始做手術了，他在瑪麗的腿上切了一刀。瑪麗被人按住四肢，再也動彈不得，鼻子裏發出淒慘的單音，豆大的汗珠布滿了她那可愛而又可憐的小臉蛋。
平時，達爾文在製作動物標本的時候，哪怕是一隻昆蟲，在弄死以前，也要先用自己發明的月桂樹和夾竹桃葉子的汁液進行“麻醉”，讓它沒有痛苦地死去，決不忍心看到它痛苦掙紮的情景。現在，一個活潑可愛的小姑娘竟在沒有麻醉的情況下就做手術，這種慘景，他怎麼忍心看下去呢！他不顧一切，推開眾人，衝出外科手術示範教室，奔下樓梯，他決心永遠不再進那可怕的手術室了。
達爾文鼓起勇氣，把自己的看法和要求寫信告訴父親，希望掌握著他命運的父親能夠寬恕他，允許他另選專業。
課堂上學習的乏味，使達爾文的目光移向了學校的圖書館。在這知識的海洋裏達爾又貪婪地吮吸著他感興趣的各種知識，他跑圖書館借書的次數在同學中是最多的。
同時，達爾文在業餘愛好方麵已嶄露頭角。他和另外兩個同學情趣相投，常在一起研究生物，共同去海邊采集標本，進行解剖，向漁民請教、討論切磋。達爾文童年時代對生物的熱情複活了。
在愛丁堡大學學習了兩年後，父親已經清楚地意識到，要兒子在醫學上有所作為的希望已經無法實現，他擔心如果達爾文再這樣繼續下去，就可能變成一個懶懶散散，遊戲人生的人。於是，就與達爾文做了一次嚴肅的談話，並且提議讓他去當牧師。由於達爾文對教會的事了解甚少，而且對英國教會的信條一直抱著懷疑的態度，所以他請求父親允許他考慮一些時候再做答複。此後，達爾文十分細心地閱讀了《皮亞遜的信條論》和其他幾本有關神學的書籍。
英國教會的教義也是確切的真理，自己實在沒有拒絕的理由，於是接受了父親的提議。要成為一名牧師，就必須獲得大學神學係的文憑。可是，達爾文從離開別特列爾學校後就不曾翻過一本古典的書。所以，經過一段補習後，才正式進入劍橋大學神學係，那年是1828年。
在劍橋大學也和在愛丁堡大學一樣，達爾文也沒有認認真真地去學神學，仍然熱衷於收集昆蟲，隻不過他這時年齡稍大一些，能夠約束自己的行為，盡量不讓父親生氣。他不是循序漸進地進行學習，而是長期不上神學課、語文課和數學課。特別是對於古典文學的科目，他隻選兩三門必修課去上，而且上課也隻是一種形式，做做樣子，下了課他就丟下書本不肯再摸一次。每到考試臨近時，他隻好迫不得已地把甲蟲的事放到一邊，開始臨陣磨槍，著手溫習功課，應付考試。考試及格了，他會像小孩子一樣歡呼雀躍，並在整張紙上寫滿“及格”這個令人愉快的字眼。他寫信告訴他的朋友們，再沒比考試過關後的心情讓人舒暢和愉悅了。然而，考試一結束，達爾文便又暫時扔下必修課的學習，全神貫注地轉到他那些心馳神往的興趣上來，精心設計收集和製作昆蟲標本。
在劍橋讀書時，達爾文最熱心做的仍然是收集各種甲蟲。當他給自己收集甲蟲的工作起一個十分時髦的名字——“為科學服務”。假期中，他吸引赫伯特加入了“為科學服務”的行列，他們每天或乘船去旅行，或到山林裏去遊玩。在平緩的山坡上，達爾文經常收集昆蟲，特別是收集甲蟲。他交給赫伯特一個裝有酒精的瓶子，要赫伯特幫他收集各種他認為是罕見的甲蟲。熱心腸的赫伯特十分認真地去做，可是當他把所收集的一些“罕見的甲蟲”拿給達爾文時，達爾文卻毫不客氣的全都扔掉，並且說：“你收集的這些甲蟲都不是新奇的，全都沒用。”赫伯特從不生氣，仍然繼續幫助達爾文收集甲蟲。達爾文對昆蟲學孜孜不倦的鑽研精神，極大地感染著赫伯特，在以後的日子裏，他時常幫助達爾文收集捕獲各種昆蟲，其中還發現了一些特別罕見的昆蟲類型。達爾文十分感謝他的這位朋友。
達爾文一直把收集昆蟲當作最大的樂趣。為了捕捉到更多更新的昆蟲品種，他想出了許多收集昆蟲的好辦法。他專門雇用一個人給他從老樹上刮蘚苔，把刮下來的蘚苔裝進一隻口袋裏，或者是把運蘆葦的駁船船底上的垃圾掃在一起。然後，由他一點一點地細心查找，從中發現新品種。有一次，他剝開了一塊樹皮，看到兩隻罕見的甲蟲，於是兩手各捉了一隻。就在這時，他又瞧見了第三隻新品種的甲蟲，腹部帶有大十字的花紋，他不忍心把它放走，急忙把右手抓住的甲蟲放進嘴裏用牙輕輕咬住，騰出右手準備去抓第三隻甲蟲。可是被咬在嘴裏的那隻甲蟲本能地分泌出一種極其難聞的液體，使他感到一陣嘔心，他大叫一聲把這隻甲蟲吐了出來。這樣一來，第三隻甲蟲也乘機溜掉了，結果隻捉到一隻甲蟲。每談到這件事，達爾文都為溜掉了那隻腹部帶大十字花紋的甲蟲而感到非常遺憾。
3.艱辛的環球考察
1831年8月，亨斯洛教授收到劍橋天文學教授皮克的一封信。信中說：
“菲茨·羅伊艦長要為測量火地島的南岸運河做一次旅行，然後將訪問南海中的許多島嶼，再經印度群島返航。所乘的軍艦特別適於進行與測量有關的科學研究工作，因此這次航行將為一個博物學家提供難得的機會……不過現在還沒有一位理想的博物學家，您能否熱心推薦一位呢?他應當是一個不辜負於您的推薦的人，請考慮一下這個問題，如果失此良機，那對自然科學將是一種嚴重的損失。”
接到信後，立刻想到了達爾文，認為達爾文具有充分的條件可以去收集、觀察和注意自然史方麵一切值得注意的事。所以他向皮克教授推薦了達爾文。皮克教授聽了漢斯羅對達爾文的介紹後，非常讚賞這個年青人，並且很快向達爾文發出了聘請書。達爾文讀了聘請書後，馬上表示接受聘請。但這一旅行計劃遭到了父親的堅決反對。他認為到南美洲去是一件不幸的事，航行將要擔任牧師的達爾文不僅沒有多大的幫助，而且有生命危險。達爾文與父親爭執好長時間，最後在舅舅的幫助下才說服了父親，同意達爾文去南美洲旅行。聽到這個消息，達爾文激動得幾乎一夜未睡，第二天一大早便奔赴劍橋。他找到亨斯洛教授告訴了他結果。
達爾文帶著恩師教授他的知識和給予他的鼓勵去倫敦見菲茨羅伊船長。
菲茨羅伊船長是個瘦高個兒。他黑色的卷發向前梳著、留著長長的冀角，穿著—雙漂殼的皮鞋，顯露出貴族的身份。他的耳朵緊貼著腦袋，黑色的劍眉下，一雙黑眼睛炯炯有神。他留著漂亮的小胡子，身穿眼下最時鼉的衣服，不過看得出來，他是個閱曆豐富很有威嚴的人。
達爾文欽佩船長那種彬彬有禮、熱情而又坦率的作風，並且很快就和艦長成為親密的朋友，他們一同討論了這次旅行的問題。菲茨·羅伊艦長把自己的書籍交給達爾文閱讀，把自己船艙裏的用具和武器供給達爾文使用。他還建議達爾文同他一起用餐，並告訴他旅途中的飲食很簡單，要準備吃苦頭，準備經受許多考驗和艱難險阻。他們的談話持續了很長時間。
因為要做遙遠的航行，達爾文認真編製了航海必需物品的清單，而且每天忙於購買和包裝這些物品。菲茨·羅伊艦長勸達爾文盡量節約開支，東西盡量少帶，隻帶最必需的衣服和其他東西，在這一方麵達爾文是完全按照艦長的勸告做的。但是另一方麵，菲茨·羅伊勸他一定要花60鎊買一箱手槍，說如果不帶手槍決不能上岸去。達爾文對這樣一筆開支很不理解，在寫給姐姐的信中說，他寧願吊死，也不想花這麼多錢買這種東西。結果他還是花了50英鎊買了一支非常好的背槍和—箱好手槍，花5英鎊買了一個望眼鏡和一個指南針。而菲茨·羅伊艦長自己在購買火器上至少花了400英鎊。同時，達爾文還寫信給姐姐，請她把自己的幾件襯衫、輕便布鞋、拖鞋、一些西班牙文的書籍、顯微鏡，以及地質學用的指南針寄來。在準備行裝的緊張忙碌之餘，達爾文還擠時間學習了如何確定地方的經度和緯度。
一切行裝準備停當後，菲茨·羅伊艦長帶達爾文參觀了將載著他們出海遠航的“貝格爾”號軍艦。這是一艘排水量為230噸的小型軍艦，外表看上去比較陳舊。艦長介紹說，這艘小小的軍艦曾不止一次地經受住了狂風暴雨的襲擊。在這艘軍艦上，除了領導勘察工作的菲茨·羅伊外，還有1名負責繪圖工作的助手，2個尉官，1名醫生，10名軍官，1名水手長，42名水兵和8名少年見習水手。此外，還有1名專門看管儀表、天文鍾和其他儀器的人，，1名美術家，1名繪圖員，1名曾去過火地島的傳教士和3名火地島人。在軍艦上，達爾文很快就同這些將要同行的人們相識了，他同他們一起閑聊，散步，一起用餐，並且幫他們做一些必要的準備工作。不久，“貝格爾”號被油漆的全然一新，所有甲板都已清掃幹淨，各種物品擺放得井然有序。總之，“貝格爾”號已經做好了啟航的準備。
好不容易盼到了貝格爾艦啟航的日子——1831年12月27日。雪後的早晨，萬道霞光映得海麵五彩繽紛，寒風推著波浪向西南方向湧去。這一天，在達爾文的生命史上揭開了新的一頁，他感到無比的美好和幸福!
英國女皇陛下的貝格爾艦在海軍部任命的菲茨羅伊艦長的率領下，它將穿過大西洋，沿著南美洲東西兩岸和附近的島嶼橫渡太平洋，順著澳大利亞南側進入印度洋，然後繞過非洲的好望角，回到大西洋，再經過南美洲東岸返回英國。
這是一次具有重要意義的航行。貝格爾艦將被稱為“光榮的小艦”載入史冊。它所以享有世界性的榮譽，並不是因為它完成了英國海軍部那些有價值的測繪任務，而是因為隨航的人中有一位將要成為十九世紀最偉大的生物學家查理·達爾文。
達爾文參加這次環球考察的原訂計劃是研究地質學和無脊椎動物學，因此參加航行不久，他就在船尾設置了一張網，捕獲各種各樣的水生動物，然後挨個地鑒定，把它們登記到冊子裏。對有的水生動物，他還作了解剖，繪成解剖圖。他整天忙個不停。可是，暈船的痛苦常常迫使他不得不暫時中斷工作。這是他參加這次遠航首先遇到的最大威脅。
“海洋的壯觀景象使我討厭了，威克姆先生，”達爾文指著無邊無際的海洋說，“這使我想起阿拉伯人的一句話，它是水的荒漠。我想，大多數水手也不見得真正喜歡海洋吧？”
“為什麼？達爾文先生，”威克姆奇怪地問。