山東總督王永吉派人偵得“建州精騎盡往征闖北直、山東一帶皆單虛”，向弘光朝廷建議：臣近聞西安已破流賊敗走漢中不勝踴躍繼又不勝憂疑也.虜乘虛擊賊所向披靡其氣必驕.向屢入內地未逢敵手今見國家新創半年以來未能出門一步其心必懈.驕與懈皆犯兵家之忌.若簡驍勁馬步一枝直走開、歸進窺曹、單防其抄襲淮陽為正兵;以驍勁馬步二枝疾趨沂、濟為奇兵電擊星馳計日而可複二城.若二城既複袞、濟、臨、德遂成破竹.軍聲一振青、齊豪傑響應土兵民馬、銃炮軍資遠近輻輳聯絡犄角攻其無備必建奇功.蓋當此內外凋敝時須破釜沉舟決一死鬥.倘欲動出萬全必勝之策實無此策.臣不勝踴躍者此也.若謂長河、長江未必直稱天塹;一番挑激彼必速來殊不知奴虜虎視中原意欲並吞天下.特與逆賊相持不暇傾巢壓境耳.今西安破陷已真虜既入陝寇複入川宣、雲、秦、晉、東豫、荊、襄胡馬進退自由前無所牽後無所掣全副精神總在江南縱不挑而激之能保其不投鞭而問渡哉!臣不勝憂疑者此也.……昔齊人有乘勢待時之說今有勢可乘無時可待過此以往事變愈多日益忙亂矣。
江西總督袁繼鹹也上疏說：“闖為虜敗，雖可喜，實可懼，虜未及謀我者闖在耳，闖滅非江南誰事？”主張趁清軍主力仍在陝西的時機，派軍北上收複失地，大學士馬士英、史可法惟恐出兵黃河流域收取山東等地，將觸怒清廷引火燒身，偏安江南坐山觀虎鬥，使他們利令智昏，幸災樂禍地按兵不動，讓清廷得以集中兵力打敗大順軍，控製整個北方地區，弘光朝廷推行的消極避戰的“借虜平寇”政策，直接導致了弘光朝廷的覆亡.。
清朝豫親王多鐸、智順王孔有德、懷順王耿仲明統領軍隊，在懷慶地區擊敗當地大順軍後，於孟津縣渡過黃河，十二月十五日進至陝州，大順軍張有曾部駐於靈寶縣城外，被清軍擊敗，多鐸部在二十二日推進到距離潼關二十裏的地方立營，駐防潼關的大順軍巫山伯馬世耀部下隻有七千餘兵馬，難以抵禦多鐸統率的清軍，李自成知道一旦潼關失守，西安就保不住了，於是他親自同劉宗敏、劉芳亮等大將帶領原擬赴陝北的大順軍主力趕往潼關。
清廷對奪取潼關非常重視，增派固山額真阿山、馬喇希等統兵經山西蒲州渡河協助，並且急調紅衣大炮供攻打潼關之用，十二月二十九日，潼關戰役開始，大順軍主將劉宗敏先戰，失利後退入潼關。
崇禎十八年(順治二年)正月初四日，劉芳亮領兵出戰，又被清軍擊敗，於是李自成親自率領馬、步兵迎戰，多鐸命令八旗兵全力會戰，大順軍再次失利，步兵損失甚多，.初五、初六兩天，大順軍連續夜襲清軍大營，都被早有準備的清軍打退，大順軍不僅沒有取得戰果，反而損失上萬將士。
正月初九日，清軍紅衣炮軍運達，十一日，清軍進逼潼關口，先用紅衣大炮轟擊，大順軍在不利的情況下仍然頑強抵抗，力圖扭轉戰局， 清軍大舉進攻，相繼攻入大順軍陣，大順軍先派騎兵反擊，又調遣部分兵馬迂回到清軍陣後突擊，都被清軍擊敗。
正在這個關鍵的時刻，北路清軍由英親王阿濟格率領，已由山西保德州渡過黃河進入陝北，盡管李過、高一功在延安、榆林英勇抵抗，阿濟格為了盡快奪取西安，隻留下薑瑄率領一批明朝降將繼續包攻榆林，並占據了米脂縣，李自成麵臨清軍兩路夾攻，大順軍主力已經調到潼關，如果繼續在潼關同多鐸部硬拚，西安必將被阿濟格部攻占，大順政權的文武官員、將士家屬以及重要物資都很難保住。
李自成同劉宗敏、劉芳亮等被迫率主力撤回西安，十二日，清護軍統領尼堪等領兵占潼關，大順潼關守將馬世耀率所部七千人投降，第二天多鐸以打獵為名，在潼關西南十裏的金盆口設下埋伏，然後謊稱舉行宴會，把馬世耀部下的馬匹器械全部解除，借口馬世耀私通李自成，一聲號令埋伏的清軍突然衝出，把馬世耀和他部下七千餘名大順軍將士全部屠殺貽盡。