多鐸部清軍占領潼關後，休兵二日，正月十六日，由潼關進發，正月十八日，多鐸部占領西安，幾天後，阿濟格部也到達西安，清攝政王多爾袞命多鐸部按原定計劃往攻南京，阿濟格部負責追剿大順軍，多鐸在西安休整兵馬一個月，二月十四日，率領清軍出潼關，隨即招降了駐守河南府的大順軍平南伯劉忠，三月初五日，清軍取道歸德府，向南進攻南明弘光政權。
大順軍和清軍在潼關激戰了十三天，這是決定大順政權能不能保住西北地區的關鍵一戰，大順軍最後以失敗告終，十三日，大順軍到達西安，李自成當天就帶領部分文職官員、家屬和財物，經藍田、商洛向河南撤退。
隨李自成撤退的有汝侯劉宗敏、澤侯田見秀、磁侯劉芳亮、綿侯袁宗第、義侯張鼐、丞相牛金星、軍師宋獻策等，還有包括皇後高氏在內的眷屬，兵員約為十三萬，由陝西商洛經河南到達湖北襄陽，會合駐守當地的白旺部，兵力增強到二十多萬，大順軍繼續東下武昌等地；防守陝北的李過、高一功部，在清軍占領西安以後，無法直接南撤河南、湖廣，而向西轉移會合其他駐守西北的大順軍，取道陝西漢中南入四川，然後順江到達湖北荊州地區，大順軍由於南撤的路線不同形成了東、西兩大集團。
田承嗣在崇明島上長住，一方麵是陪水笙和兒子，給兒子取名田世雄，有水笙、桂香、顧秦、雲秀蓮（雲秀蓮一切從簡跟田承嗣圓了房）侍候，田承嗣的日子美滋滋的；另一方麵是監督火槍營和水軍的訓練，到十一月底，錦衣衛火槍營有槍官兵達到了五千人，這使得錦衣衛火槍兵達到了規模作戰，而水軍每艘戰艦也配備了一定的火炮，並具有了相當水平的海上航行和戰鬥能力。
這天田承嗣接到塘報：十一月十六日，張獻忠在成都建國稱帝，國號大西，建元大順，改成都為西京。他還采用了明初官製，任命左右丞相；設內閣六部，任命六尚書；封養子孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇四人為王；立軍都督府以統率全軍。
原來張獻忠率部在萬縣留屯三月後，接著連克梁山、忠州、涪州、瀘州，擊敗大明總兵曹英，攻破重慶府的佛圖關，明朝四川總兵秦良玉率兵來戰，亦被張獻忠部擊敗，六月二十日占領川北重鎮重慶；張獻忠處死了從漢中逃來的瑞王朱常浩、巡撫陳士奇、兵備副使陳纁、知府王行儉等一批明朝宗室和官僚。
七月初四日，張獻忠命劉廷舉守重慶，他親自率三十萬大軍，分三路向四川首府成都挺進，沿路州縣望風投降，四川巡撫龍文光由順慶馳援成都，又調總兵劉鎮藩和附近土兵守城，張獻忠使其眾偽為援兵混入城中，龍文光不能辨，八月初七日，張獻忠部從四麵同時攻城，混入的賊兵裏應外合，八月初九日，張獻忠部攻克成都，明藩成都王朱至澍、太平王朱至淥自殺，四川巡撫龍文光、巡按禦史劉之渤、按察副使張繼孟等明朝派駐四川的主要官員因拒不投降，均被農民軍處死。
九月，張獻忠派艾能奇往攻，李自成部將馬科據守綿州，艾能奇一時之間不能取勝，張獻忠親自率軍攻打綿州，馬科不支敗走漢中，十月，李定國攻克保寧；孫可望下龍安，使王運行守之，又率兵攻茂州克之。接著艾能奇攻克雅州，除遵義府、石砫、黎明土司外，四川省境已盡屬張獻忠所有，張獻忠在成都稱帝建國是順理成章的事情。
田承嗣心說張獻忠入川，四川人可就倒大黴了，可是自己對張獻忠是鞭長莫及，根本阻止不了這個殺人惡魔的暴行，歎了一會氣之後，由拿起了其他的塘報看起來：順治建立起八旗常備兵製，仍嚴格實行按民族分別編製的原則，則滿州、蒙古、漢軍各為八旗，兵額總數約為二十二萬餘人；八旗兵以滿州八旗為基幹，采取世襲兵製，在年十六歲以上的八旗子弟中挑補旗兵。滿、蒙、漢八旗，每旗各設都統（固山額真）一人，副都統（梅勒章京）二人；所屬驍騎參領（甲喇章京），滿洲、漢軍每旗各五人，蒙古每旗二人。鑲黃、正黃、正白為上三旗，其兵丁負責保衛宮廷；鑲白、正紅、鑲紅、正藍、鑲黃為下五旗。行軍巡狩以上三旗和正藍共四旗居左為左翼，其餘四旗居右為右翼。