大順軍撤入山西以後，清軍停止了追擊。返回北京休息整頓，所占地方不過是京師附近一帶，李自成卻同劉宗敏等高級文官武將率領主力繼續西撤，於六月初渡過黃河返回西安，盡管他在固關留下了大將馬重禧，在大同、陽和留下了製將軍張天琳，在晉東南長治留下了大將劉忠，路過太原時留下薑瑄、薑有光守禦，在晉西北保德留下了降將唐通，晉南臨汾又有綿侯袁宗第統兵八萬人屯於掛甲莊。
田承嗣是四月初四日得到北京城失陷的正式消息，於是派人通知了朱媺娖，隻是沒有告訴她父皇已經在煤山吊死了，本來北京城回的來探子，也沒有得到崇禎皇帝死了的消息，所以算不上是對朱媺娖的欺騙。
四月初八日，田承嗣才得到崇禎皇帝已死的消息，由於朱媺娖起病倒了，田承嗣沒敢這個消息告訴她，不過北京城被大順軍攻陷，錦衣衛也就不用急著北上勤王了，現在最重要是怎麼才能夠掌控江南半壁江山。
四月初十日，曹州紅娘子傳來消息：搶劫田府財物的土匪，就是劉澤清的拜弟齊威，在巨鹿被曹州錦衣衛圍剿，殲滅和殺俘一千二百多人，齊威兵敗不能脫身，最後隻得自殺身死，錦衣衛一共取回來了一百萬兩銀子的財物，還有三百多萬兩銀子的財物被藏匿，或被別的土匪分走了，初三日，在巨鹿北麵的韓家寨附近，遭遇大順軍劉芳亮部數萬兵馬，曹州錦衣衛放棄繼續北上，全軍向南退回了曹州府。
隨著曹州錦衣衛的南撤，搜索四皇子朱慈照和袁承誌的計劃落空，田承嗣暗歎人算不如天算，自己一直打四皇子朱慈照的主意，到頭來還是竹籃打水一場空，田承嗣把目光盯在了朱媺娖身上，崇禎皇帝的三個兒子都不在的時候，讓朱媺娖以公主身份監國，應該跟一個可行的辦法吧！
而金陵城得到大順軍的攻克北京消息，是四月初八日，淮安巡撫路振飛根據塘報，向當地官紳宣布了京師失守的重大變故，並於初九日把這個塘報傳到金陵城，這個消息在金陵百姓中震動很大，南京六部等高級官員，.當大順軍向北京進軍時，部分官員知道京師難保，已經作了從海路迎接太子朱慈烺來南京監國的準備。
南京（金陵城）六部等高級官員雖然得到了北京陷落的消息，卻由於對崇禎皇帝和他三個兒子的下落不明，他們不敢輕舉妄動於是嚴密封鎖消息，金陵城在明朝初年是帝國的首都，永樂年間遷都北京以後，南京作為留都一直保留了六部、都察院等一整套與北京相對應的中央機構.這種兩京製度的特點是：皇帝和內閣大學士等決策人物都在北京，北京的六部等衙門是名副其實的中央權力機構，南京各衙門多為虛銜，公務清閑任職官員被稱為“吏隱”，但地位一般不低於北京相對應的衙門官員，在留都握有實權的是南京參讚機務兵部尚書、南京守備太監和提督南京軍務勳臣。
四月十七日，從北京逃出來的原大學士魏炤乘證實，北京朝廷已全部覆亡，作為留都的南京很自然地成了明朝的政治中心，這讓當政和在籍的大臣如雷轟頂，頓時亂成一團，對於他們來說當務之急是立君，而崇禎皇帝的三個兒子，有兩個被大順軍俘獲，隻有四皇子朱慈照下落不明，這樣朱慈照就是大明皇帝最夠資格的繼承人。
就在所有的人把目光放在朱慈照的身上，期待著朱慈照出現在江南時，四月十九日，淮安巡撫路振飛有傳來消息：據跟隨錦衣衛指揮使安建清南下的錦衣衛證實，隨安指揮使南下的四皇子朱慈照被大順軍俘虜；這樣崇禎皇帝三個皇子都未能逃出北京，在沒有直係皇位繼承人的情況下，南京及其附近地方的大臣、勳貴、太監、將帥們，對擁立哪一位藩王的問題上展開了一場勾心鬥角的鬥爭。