山海關一片石一戰，大順軍損失數萬人，大將劉宗敏也負了傷，李自成下令大順軍急速撤退，由於對吳三桂的勾引清兵叛變欺詐極為痛恨，行至永平府範家店時，李自成決定將吳襄處斬，四月二十七日，李自成從德勝門入東華門，又殺吳三桂家屬三十四口，唯獨舍不得殺藏在宮裏的陳圓圓。
大順軍敗回北京以後，李自成考慮過據守北京城，可大順軍將領們都想回陝西去，丞相牛金星和原明廷一些官吏急著勸進，大將劉宗敏也說：“若不正大位，即求還關中，不可得也”。李自成決定從速登基。
二十九日上午，李自成在武英殿內即皇帝位，接受群臣的朝賀，定國號大順，建元永昌，追尊七代祖妣為帝後，立妻高氏為皇後，但這個匆忙的即位典禮結束後，李自成立即率部西撤，李自成暫留幾千大順軍守城，離京前“分付闔城人民俱各出城避難”，同時下令放火焚毀大明宮殿和各門城樓，大順軍撤退時“城中扶老攜幼西奔者絡繹不絕”，明朝降官如龔鼎孳、塗必泓等人也自動隨大順軍西行。
多爾袞令關內兵民盡行剃發，吳三桂首先遵令，自請作前驅，率二萬兵馬，星夜前進直抵北京城下，卻見城上擲下一顆血淋淋的首級，接連又擲下三十多顆首級，親兵把人頭一一拾給吳三桂看，拾起一瞧，正是他父母妻子的首級，吳三桂不禁捶胸大哭，後來想到不見陳圓圓首級，故此稍稍安心。
恰好清兵亦趕到北京城下，多爾袞安撫了一下吳三桂喪父亡母之痛後，與吳三桂商議了一夜，翌日黎明，多爾袞命令多鐸、阿濟格和吳三桂等帶領精兵火速追擊西逃的大順軍，目的是進一步重創大順軍，盡量截留被大順軍運走的金銀財物。
五月初八日清軍在慶都城東追上大順軍，大順軍被清軍擊敗，接著清軍又在真定再次獲勝，大順軍拋棄甲仗無數，擁積道旁，清軍、吳三桂軍搬不勝搬，移不勝移，著實發了一回大財，吳三桂也在亂軍之中得到了陳圓圓，這兩人終於破鏡重圓，而大順軍在畿輔已無法立足，經井陘退入山西，留下大將馬重禧這一支精兵扼守固關，追擊的清軍於五月十二日返回北京。
五月二日，北京城裏的官紳士民並不清楚吳三桂已經投降清朝，紛紛傳說吳軍殺敗大順軍，奪回明太子朱慈烺，即將送回北京即位因此準備了皇帝的鹵簿法駕出城迎接，原明官吏立崇禎牌位於午門哭臨，並忙備車駕儀仗出朝陽門迎接太子，不久有數萬騎兵到來，臣民仰視，卻是清攝政王多爾袞，正在驚愕間，清兵已大隊入城，次日，故明官吏們決定改換門庭，上表勸進多爾袞為帝，勸進表雖然沒有被多爾袞接受，但多爾袞看到明官吏肯忠順清朝，於是著意籠絡和留用明朝大小官僚。
他按帝禮為崇禎發喪，諡崇禎為懷安端皇帝；地方官吏歸順者晉級，抗拒者予以嚴懲；明宗室來歸者，不奪王爵，繼續享有特權；安撫百姓，廢除明末三餉加派；凡投誠官吏軍民皆著剃發；（是為剃發令，這自然引起了漢族人民的強烈反對，二十四日，多爾袞鑒於清統治尚未穩固，宣布收回成命，允許漢人照舊束發）繼續鎮壓大順軍，派新封都平西王吳三桂、英親王阿濟格、豫親王多鐸率兵兼程追剿李自成、張獻忠，這就使剛入關的清統治者很快取得了京畿一帶官僚士紳的支持，清軍在京畿直隸站穩了腳跟。
大順軍在山海關戰敗的消息傳開以後，原大順軍控製區內的明朝官紳，認為舉事的時機已到，紛紛糾集兵力發動起義，推翻當地的大順政權，這些發動起義的官紳絕大部分是以明朝為正統的，他們旗幟大抵是“擒賊複明”。
四月二十七日，山東德州鄉紳明朝禦史盧世？、趙繼鼎、主事程先貞、大學士謝升之弟生員謝陛發動起事，推舉逃難到該地的明宗室慶藩奉國中尉、香河知縣朱帥？為盟主，假稱濟王號召遠近，山東和北直隸的許多地方官紳群起響應，不到一個月就占領了山東省德州、濟南府、東昌府、青州府、臨清州、武定州、高唐州、北直隸的河間府、大名府等州縣。