.以血統親近而言，崇禎皇帝的祖父神宗朱翊鈞的子、孫還有福王朱由崧、惠王朱常潤、桂王朱常瀛，神宗兄弟的兒子則有潞王朱常淓，按照封建倫序觀念，自然應該首先考慮福王、桂王、惠王，而在福、桂、惠三王中朱由崧又處於優先地位，淮安巡撫路振飛更是遺書南京兵部尚書史可法，謂倫序當在福王宜早定社稷主。
田承嗣也坐不住了，為了讓朱媺娖監國，先後給老師史可法、南京司禮監兼守備太監韓讚周、鳳陽總督馬士英、兵部侍郎呂大器、南京戶部尚書高弘圖、右都禦史張慎言、詹事府詹事薑曰廣等通氣，除了司禮監兼守備太監韓讚周、鳳陽總督馬士英回信敷衍田承嗣，其他的人理都不理他，史可法更是嚴詞斥責田承嗣貪戀權力，並說大明決不允許出現女人主政的局麵。
朱媺娖也病得很重，而且對監國一事並不很積極，田承嗣在朝廷裏就是一個孤家寡人，連阮大铖都躲著不願意見麵，這次田承嗣要麵對不僅僅是東林黨，而是整江南的官僚士紳，誰叫田承嗣要逆天而行呢！
江南士紳中有部分東林黨人，因為朱由崧的祖母是備受神宗寵愛的鄭貴妃，從萬曆到天啟朝廷上圍繞著儲君問題展開的“妖書”、“梃擊”、“移宮”等鬥爭，使得神宗和鄭貴妃希望立福王朱常洵(即朱由崧的父親)為太子的圖謀才化為泡影，他們擔心一旦朱由崧登上帝位重翻舊，自己在政治上將會失勢，強烈反對由福藩繼統。
在籍禮部侍郎錢謙益被視為東林黨魁他兩次從原籍常熟趕往南京以“立賢”為名到處遊說，提議迎立潞王朱常淓，支持錢謙益的有南京兵部侍郎呂大器、南京戶部尚書高弘圖、右都禦史張慎言、詹事府詹事薑曰廣等人，具有舉足輕重的南京兵部尚書史可法也傾向於東林黨的人物，他內心裏對擁立福王有所顧忌，但又認為應該按倫序迎立神宗的子孫。
關鍵時候福王府舊人，鳳陽監軍太監盧九德，說服鳳陽總督馬士英和高傑、劉良佐、黃得功、邱磊四總兵支持，馬士英立即以鳳陽總督和四鎮的名義，正式致書田承嗣和南京守備太監韓讚周宣布擁立福王朱由崧。
當南京各大臣被韓讚周邀請到家中傳閱馬士英的書信時，雖然不少人感到震驚，但是他們既無兵權，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，這些人又不願意借助田承嗣的力量，隻好違心地表示同意，擁立潞王朱常淓的主要策劃人物錢謙益也態度軟化，東林黨魁的態度如此，其他原先追隨擁潞的人也可想而知了，福王繼統已成定局。
馬士英給田承嗣許了封侯和繼續總督河南、山西、山東三省，要田承嗣息了長公主朱媺娖監國的念頭，韓讚周受盧九德所托，說隻要田承嗣願意擁立福王朱由菘，福王登基後給田承嗣封萬戶侯加武官一品。
田承嗣是嗤之以鼻，也沒給馬士英、韓讚周回信，而是給在鳳陽府附近的蔣尚武、蔡大山密令，要蔣尚武、蔡大山在鳳陽府搞出點動靜來，四月二十七日，蔣尚武、蔡大山對一旁監視錦衣衛的鳳陽官軍發起了攻擊，一舉打垮了錦衣衛當麵之敵，監視錦衣衛的山東邱磊部傷亡三千多人，被俘虜四千多人，而邱磊被錦衣衛火銃打倒，被馬群踩成了肉泥。
錦衣衛和鳳陽駐軍發生衝突，震驚了整個江南，使得江南的官僚士紳百姓，不得不正視田承嗣的存在，忽視田承嗣的錦衣衛，會帶來不可想象的後果，田承嗣把這次行動，說成是錦衣衛和鳳陽駐軍長期摩擦造成的惡果，驚呆了的南京官員們，第一次沒有使出文人的大吵大鬧，而是一起抱團商量怎麼對付田承嗣。