與上述問題相關，APEC以何種組織原則和方式進行，兩種不同類型成員有重大分歧。包括中國在內的發展中成員竭力倡導“APEC方式”，即：充分尊重各成員的多樣性，承認成員間發展水平和發展階段上的差異及帶來不同利益與需求，強調靈活性、漸進性和開放性，遵循平等互利、協商一致、求同存異、自主自願原則，實行單邊行動與集體行動相結合等。美國等發達成員則往往違背“APEC方式”。他們雖然口頭上讚同“APEC方式”，但實際上仍想將APEC納人其“共同體”式的發展軌道，使得APEC方式難以得到維護。美國等一些發達成員總想讓APEC按它們設想的方式運作，忽視成員的多樣性，過分強調集體行動意識，企圖以“實質多數”強行推行符合他們利益的措施。例如，在部門自由化問題上，美國等發達國家成員認為，隻要多數成員就某部門自由化達成一致意見，就應在APEC實施該部門自由化。這不能不在一定程度上損害其它成員利益。總之，亞太經合組織是按美國的意圖行事，還是按發展中成員意圖行事，是APEC麵臨的考驗和人們關注的焦點之一。
2.關於在貿易和投資自由化方麵的問題。
APEC作為經濟協商組織，其重要任務是實現貿易和投資自由化。但在如何實現貿易投資自由化問題上，成員間存在許多分歧。（1）關於“非歧視性”原則的分歧。“非歧視性”是指一方給予另一方的貿易投資優惠措施，要無條件地給予其他所有成員與非成員。美國反對在亞太經合組織內部運用這一原則，也反對運用於其他國際貿易組織。因為倘若運用這一原則，美國勢將自動給予中國永久貿易最惠國地位，不能再對中國的最惠國地位進行一年一度的審議。在大阪會議上，經過激烈較量，終於在《行動議程》中寫進了“亞太經合組織將努力在各成員之間實行非歧視原則”這句話。其表述比草稿有較大改變，但還沒有全麵反映出中國等發展中國家立場，有待完善和落實。（2）關於“全麵性”與“靈活性”原則的爭論。美國等發達國家無視成員國間發展水平的差別，堅持要以全麵性代替靈活性，實際是反對任何例外。例如：美國、澳大利亞等農產品出口國要求自由化進程無一例外地包括所有部分和領域，而日本、韓國則要求將農業等敏感部門排除在自由化進程之外。大阪會議通過的《行動議程》雖然已把靈活性作為原則之一寫了進去，但提法籠統，措辭含糊，農業及其他少數敏感部門能否靈活處理必將還有不同的爭議。（3）關於提前實現部門自由化問題。1997年溫哥華會議和1998年吉隆坡會議確定9個部門提前自由化，這遠遠超出了原擬定的時間表，這項建議原本是美國、加拿大等發達國家在1996年提出，是符合發達國家利益，而不利於發展中國家。發展中國家更加關心自主自願和發達國家對發展中國家的合作等問題。一旦各部門提前自由化，發展中國家麵臨的市場開放壓力將增大。故兩種發展水平不同的成員在部門自由化問題上出現分歧和爭執在所難免。
3.關於經濟技術合作問題。
溫哥華會議和吉隆坡會議在經濟技術合作問題上取得了重要進展。但從APEC的總體發展狀況看，經濟技術合作長期滯後於貿易投資自由化現象並沒有得到根本的改變。貿易投資自由化與經濟技術合作孰重孰輕一直是兩類不同發展水平成員爭論的焦點。以美國為代表的發達國家成員依然強調所謂亞太經合組織的主要宗旨是貿易和投資自由化，認為經濟技術合作隻是實現貿易投資自由化的一種輔助手段。美國甚至認為，發展中國家成員強調經濟技術合作的目的是想從發達國家成員處獲得資金和技術，害怕APEC變成一個發展援助機構，承擔資源義務。基於這種考慮、美國等發達國家對經濟技術合作一直不感興趣，而把興奮點一直放在貿易自由化上。發展中國家成員則堅持經濟技術合作與經濟貿易投資自由化二者應等量齊觀，它們間的關係是相輔相成，缺一不可。
4.關於建立東亞經濟核心論壇問題。
馬來西亞等發展中成員擔心美國主導APEC的活動和利用它來推行其經濟和政治霸權主義，因而馬來西亞總理馬哈蒂爾建議在東亞建立“東亞經濟核心論壇”（EAEC），並將其納入APEC的框架。這一建議得到東盟各國的大力支持，並已成為東盟國家的共同建議，中國也表示支持。但美國等被排斥的成員極力反對，理由是亞太地區已經有了APEC，何需再建立EAEG。日本則對此猶豫不定。馬來西亞等對美國在NAFTA（北美自由貿易區）和EAEC問題上采取雙重標準大為不滿。因為美國在北美建立了NAFTA並積極醞釀建立包括全部美洲國家的美洲自由區，更有甚者美國還企圖建立一個包括APEC和北美自由貿易區的亞洲太平洋自由貿易區（APFTA），或新太平洋共同體。馬來西亞等發展中國家成員對美國的霸權主義行徑十分清楚。因此，多次聲明一定要把EAEC建立起來。如果“東亞經濟核心論壇”真正成立，必將對亞太經合組織的組織結構產生重大影響，美國和東亞其他國家成員在EAEC問題上的分歧也將更加突出。
總之，APEC的合作是建立在差異性和分歧之上的合作，其組織機構也遠未完善，這決定了APEC在今後相當長時間內，不可能建成為類似歐盟或北美自由貿易區那樣機製化程度很髙的經濟一體化形式，隻能作為一個協商性的經濟合作論壇而發揮其促進亞太區域經濟合作的作用。
中國一向重視並積極參與亞太經濟合作，自1991年加入APEC後，中國派出外交部長和經貿部長（後改為外經貿部長）參加了APEC曆屆部長級會議，並積極參加高官會議和工作組的工作。1993年11月，中國國家主席江澤民出席了APEC首次非正式首腦會議，並提出“相互尊重、平等互利、彼此開放、共同繁榮”四項亞太經濟合作原則，實現了中美首腦的首次會晤，為地區關係的改善和APEC的發展做出了獨特的貢獻。在1994年11月的茂物會議上，江澤民主席又提出了亞太經濟合作的五項原則，即：“相互尊重、協商一致；循序漸進、穩步發展；相互開放、不搞排他；廣泛合作、互利互惠；縮小差距、共同繁榮”，得到了各國領導人的普遍認同，並體現到《茂物宣言》中。在茂物會議上，江澤民主席還提出了召開科技部長級會議的建議，且中國方麵於1995年10月給予具體落實，在北京主持召開了首次APEC科技合作部長級會議。在1995年11月的大阪會議上，中國方麵提出了“經濟技術合作和貿易投資自由化，是帶動亞太經濟合作向前發展的兩個車輪”的觀點，積極支持上述兩者應予以同等重視的主張，並與東盟等其他成員一道，主動宣布了我國進一步開放市場的重大舉措。在1996年的蘇比克會議上，江澤民主席又提出了建立科技工業園區網絡的主張。在1997年溫哥華會議上又是由江澤民主席提出了製定《走向21世紀的科技產業合作議程》的倡議，得到了廣泛的響應，並成為1998年的吉隆坡APEC領導人會議的一項重要成果。所有這些，表明中國正逐步顯示出作為APEC內主要角色的積極作用。中國作為亞太地區最大的發展中國家，也是本區域內經濟持續增長的關鍵方麵，其積極的參與和推動，必將給APEC的發展帶來更大的生機與活力。