1994年11月15日，在印度尼西亞雅加達附近的茂物宮舉行了APEC成員首腦的第二次非正式會晤。按照預定計劃，這次首腦會議重點討論了實現貿易和投資自由化的目標和時間表問題。經由APEC18個成員經濟領導人討論，於會後發表了一份《共同決心宣言》，決心要在“亞太地區實行自由和開放貿易與投資的長遠目標”，各成員“將通過進一步減少貿易投資壁壘和促進商品、服務和資本的自由流動來迅速實現這個目標”。同時，茂物宣言還根據APEC成員的經濟發展水平的不同，製訂出一個發達成員和發展中成員分別不遲於2010和2020年實現上述目標的時間表。茂物宣言中，各國首腦還強調了要以同關貿總協定一致的方式實現上述目標，並保證堅決不把APEC建成背離全球自由貿易的“內向型貿易集團”，保持其“開放的地區主義”特征。不僅如此，首腦們還就開展地區經濟技術合作達成基本一致。總之，茂物宣言的發表，標誌著APEC貿易投資自由化進程的正式開始，盡管它所確定的貿易自由化目標隻是意向性的，而且其時間表尚有相當大的靈活性，但它表明APEC成員能在相互尊重、協商一致基礎上達成共同意願，推動APEC在貿易自由化道路上邁出關鍵的一步，開創了APEC發展的新階段。
茂物會議之後，APEC的任務是製訂實現茂物宣言目標與時間表的行動計劃。這一任務最後由1995年11月19日在日本大阪召開的APEC年會和第三次非正式首腦會議來完成。大阪會議的中心任務是貫徹《茂物宣言》，為把貿易投資自由化的目標落實到行動上而製訂具體的行動議程；此外，還有一個任務是討論開展成員間經濟技術合作的問題。參加大阪會議的有APEC18個成員的經濟領導人，其中美國總統克林頓因國內預算案問題與國會爭執不下而取消出席，派出其副總統戈爾代表出席。大阪會議雖因克林頓取消出席而受到衝擊，但仍按原計劃通過了日本方麵主持製訂的實現《茂物宣言》之大阪行動議程，並發表了《大阪宣言》。大阪行動議程規定了指導貿易自由化行動的9項基本原則，即全麵性、與世界貿易組織的一致性、可比性、非歧視性、透明性、維持現狀、同時啟動、靈活性與合作；提出了在2020年以前各成員陸續實現貿易自由化的行動措施，商定在下屆會議之前在15個具體領域采取的100餘項措施。在宣布上述集體行動的有關原則和方式的同時，各成員在首腦會議上還分別宣布了自己在未來一年裏將要采取的削減關稅和其它非關稅貿易壁壘的“單邊行動”措施，有力地推動了APEC的貿易投資自由化進程。盡管APEC大阪首腦會議在實現貿易自由化的速度、貿易自由化的範圍、非歧視性原則的運用等許多問題上尚存在分歧，但由於各成員能夠按照注重“協商一致”的“亞洲方式相互做出妥協，尤其是中國、東盟等亞洲成員的積極推動，使得這次會議進展順利，也使APEC在實現亞太地區貿易投資自由化方麵開始由構想階段步入行動階段。大阪首腦會議的另一個成就是強調了開展經濟技術合作與實現貿易投資自由化的同樣重要性，重申了促進亞太地區共同繁榮的目標。
1996年11月，在菲律賓首都馬尼拉召開的第八次APEC年會和第四次APEC領導人非正式會議（在蘇比克灣），則繼續就貿易自由化問題進行商談，在茂物會議和大阪會議的基礎上，進一步把APEC的貿易投資自由化和便利化的目標推向實施階段。馬尼拉會議的主要成果是：通過了領導人共同宣言，即“從憧憬到行動宣言”，提出了實現貿易投資自由化和便利化的單邊行動計劃與集體行動計劃，統稱《馬尼拉行動計劃》，從1997年1月1日起實施，以實踐大阪會議行動綱領。馬尼拉會議還就經濟技術合作達成共識，通過了《亞太經合組織經濟技術合作原則框架宣言》，就經濟技術合作的概念、內容、方式等基本問題取得了一致的新見解。在APEC曆史上，這是首次單獨通過一項有關經濟技術合作的文件，從而使經濟技術合作得到了應有的重視，這不僅對APEC本身具有重要意義，而且對全球的南北合作都將產生深遠影響。
1997年12月，於加拿大西部城市溫哥華舉行了APEC的第五次領導人非正式會議。此次會議取得了三項成果：一是在貿易投資自由化方麵，在9個部門（環保技術和服務、能源、醫療器械、玩具、珠寶、首飾、化工產品、漁業、林業和電業）提前自由化。所謂提前自由化是針對《茂物宣言》確定的貿易投資自由化總目標在2010年和2020年實現而言，即力爭在1999~2005年實現上述9個部門的自由化；二是在經濟技術合作方麵，將其行動議程提到了議事日程，有了明確的目標、原則、框架和措施，決定設立經濟技術合作分委會，具體指導和協調有關活動，使經濟技術合作在機製上得到保障，並擬定了《走向21世紀的科技產業合作議程》，為技術合作的實施奠定了良好基礎；三是接納了俄羅斯、越南和秘魯3個新成員，這不僅使APEC成員由18個擴展到21個，更重要的是使APEC在全球經濟生活中的作用更加舉足輕重，特別由於俄羅斯的加入，使得該組織囊括了除歐盟以外的全球主要力量，成為世界其他區域組織無法相比的超級組織。
1998年11月18日，APEC的領導人舉行了又一次例行的非正式會議，地點是在馬來西亞的吉隆坡。這次比前幾次都更加不同尋常，因為這次會議是在經濟全球化趨勢加快發展、東亞金融危機仍在擴大和深化的背景下召開的。所以也決定了這次會議的主題是：加強國際合作，製止危機蔓延，改革和完善國際金融體製，恢複經濟增長，進一步推進地區貿易投資自由化和加強經濟技術合作。這次會議的成果可以概括為以下幾個方麵：一是會議就東亞金融危機進行了深人討論，克服危機、加強合作、重振東亞經濟成為此次領導人會議討論的重要議題之一；二是在貿易投資自由化問題上，經過廣泛磋商，在尊重各成員實際情況和相互間差別的基礎上，會議批準了首批9個部門自願提前自由化的安排。決定從下一年起，各成員在自願基礎上履行各自做出的承諾；三是加強經濟技術合作巳進一步成為亞太經合組織成員的共識，會議通過了中國國家主席江澤民於上屆會議上倡議並已經擬定的《走向21世紀亞太經合組織科技產業合作議程》，同時還通過了《吉隆坡技能開發行動計劃》，從而為APEC開展科技和人力資源合作提出了目標和任務。會議最後通過了《吉隆坡宣言》。
APEC成立以來，始終貫徹“開放的地區主義”這一經濟合作原則，堅持務實協商的態度，以建立亞太經濟共同體（mii-nity）為最高理想，優先選擇貿易投資自由化和經濟技術合作兩大領域開展官方磋商合作。APEC所倡導的這種經濟合作具有很大的靈活性、務實性，它尊重本地區多樣性、多元化的政治經濟現實，走的是漸進機製化的道路，這條經濟合作道路模式打破了傳統的以歐共體及其後的歐盟為代表的一體化模式，體現了亞太經濟合作組織形式的鮮明特色和持久活力。
當然，APEC畢竟還是一個“新生兒”。就其實現經濟一體化的程度來講，APEC的經濟合作尚處於較低水平，APEC的存在，“政治意義大於經濟意義”。由於APEC成員地域分布上的廣泛性和成員間經濟發展水平、國家體製、民族特性、文化背景等方麵存在的巨大差異，導致APEC內部還有許多暫時難以彌合的分歧，突出表現在以下問題的爭論上：
1.關於APEC的組織性質和原則問題。
在這個問題上，美國與其他國家特別是發展中國家存在明顯的分歧。美國等發達國家一直主張亞太經合組織應實現製度化、組織化，美國在西雅圖首腦會議上就正式提出建立“新太平洋共同體”。這一共同體不隻限於經濟領域，而且包括政治和安全，美國的目的在於主導整個亞太地區，使APEC變成貫徹其意誌和利益的工具。西雅圖會議之後，在美國的主導下，APEC正在明顯地向製度化方向發展，政治色彩越來越濃，其決議也越來越具有約束力。美國的這種意圖和做法使發展中成員均存有戒心。他們擔心導致主權的出讓和經濟的非自主化。大阪會議期間美國國防部長佩裏巳公開提出在APEC中討論地區安全問題，結果遭到太多數成員的冷遇。正如路透社所說：地區安全仍是亞太經合組織“忌諱”的話題。較易為各成員所接受的說法是：亞太經合組織應是“鬆散的進行經濟問題協商的區域性組織”。所謂鬆散”即指亞太經合組織應保持非約束和自主性質；“經濟協商”即保持經合組織非政治和安全性質。