在安全領域，冷戰後日本與東盟的防務合作不多，僅限於地區安全機製的建立問題上。日本對東盟地區論壇的建立采取了支持態度，並積極參加了該論壇的所有會議，一般說來，日本對東盟在地區安全事務中發揮重要作用的努力是支持的。1991年7月，日本外相在東盟外長擴大會議上提出有必要充分運用東盟論壇會議作為亞太各國“可以消除疑慮的對話場所”。1992年7月，日首相訪美積極建議“把東盟外長擴大會議和亞太經濟合作組織當作維持本地區政治穩定的機構”。1993年1月，宮澤訪東盟時，強調當前應以東盟外長擴大會議為基礎討論整個亞太地區的安全問題。東盟地區論壇建立後，日本積極支持東盟地區論壇的安全對話和安全合作。
三、製約日本與東盟關係發展的幾項因素
首先，冷戰後日本與東盟的戰略目標存在差異。無論是冷戰後日本的亞太政治戰略、經濟戰略，還是安全戰略，其目的都是利用其經濟優勢力爭亞太事務主導權，從而為其政治大國的外交目標服務。冷戰後東盟國家則企圖通過加強區域經濟一體化，壯大自己的力量，來增加自己在亞太經濟、政治事務中的發言權，同時試圖通過東盟地區論壇，推行大國均衡外交來主導亞太安全事務。由此雙方之間的關係必然是一種既合作又競爭的關係，這不能不對雙方關係的密切產生製約作用。
其次，在具體問題上雙方也存在諸多矛盾。在經濟領域，冷戰後日本對外援助開始與政治掛鉤，企圖借經濟力量來發揮政治影響作用。1992年日本製定了官方發展援助大綱，這是日本自1978年製定第一個援助計劃以來所製定的較為全麵的綱領。該大綱確定了日政府對外援助的四項原則，即加強用於環保援助；關注受援國市場經濟進展情況以及人權狀況和民主化進程；避免將援助用於軍事目的；關注受援國的軍費開支和武器出口情況。該原則顯著特點是將援助與政治相結合，引起了東盟國家的不滿，日本害怕由此惡化與東盟關係，在有些方麵如民主、人權做的不如美國那樣過分。另外，在雙邊貿易方麵，東盟國家與日貿易存在逆差，如1992年馬來西亞逆差為49.8億美元、新加坡為114.7億美元、泰國為62.2億美元、菲律賓為18.2億美元，這引起了上述國家的不滿，它們紛紛要求日本采取措施解決逆差問題。在政治領域，冷戰後日本對過去戰爭問題遮遮掩掩乃至矯飾否認態度，特別是近年來日本國內軍國主義的複活和政府官員多次參拜靖國神社及屢次“失言”引起了東南亞國家的擔憂和不滿，使雙方關係的順利發展也受到了一定的影響。在安全領域，日本在走向政治大國的同時，正在成為軍事大國，1995年日本防衛費用高達560億美元，從1996年起的5年內日本軍費總額將達25.2萬億日元，相當於2500億美元，平均每年支出500億美元，日本已成為僅次於美國的第二軍費大國。日本正與美國加強軍事技術合作與交流，並正在共同構築戰區導彈防禦係統，從而大大加強了其軍事的現代化。日本還將以向海外派遣人員參加維和為名，逐步增強軍事遠程投放能力。日本現巳具備核武器製造能力，並在下個世紀初有可能成為世界最大的核潛在國家。冷戰後，日本拋棄了一貫堅持的專守防衛原則，通過了《聯合國維和合法法案》，從而打破了日本國和平憲法第九條規定，使之成為空文，為其向海外派兵製造了法律依據。日本還與美國簽訂了新的日美安保條約，將日美安保條約擴大到整個亞太地區。日本的上述軍事舉措和軍事動向引起了亞太國家關注和擔心，東盟更不例外。李光耀曾說過，如果日本人開始建立一支武裝部隊，那必定是最好的，所以應該讓日本人集中精力搞髙清晰度電視，而不要去磨武士劍其實，日本正在處心積慮、巧妙而盡力不讓別人發現它去實現自己的戰略目標。
當然，從目前情況來看，上述矛盾在雙方關係中是次要的。冷戰結束以後，雙方關係得到了進一步加強這是一個不爭事實，估計雙方關係還會有更大的發展。