冷戰的結束，使亞太局勢發生了巨大變化，日本與東盟根據形勢的變化，相繼調整了自己的對外戰略，從而使雙方巳有的密切關係進入了一個新階段。
一、冷戰期間日本與東南亞國家的關係
這一時期的日本與東南亞國家關係大致可分為兩個階段。
第一階段是從50年代到70年代中期。這一時期，在東西方冷戰氣候下，日本被美國納入了對蘇和社會主義遏製的軌道中，美國大力扶持日本，不僅提供經濟援助，而且還提供安全保護，此時日本沒有自己獨立的外交政策，隻能處處服從美國的戰略需要，唯美國馬首是瞻，唯一能做的就是振興本國經濟，從而實現經濟上的強大。但日本國內市場狹小、資源貧乏，而與中國的對抗失去了中國的市場，日本目標自然投向了東南亞諸國。而當時東南亞大多數國家仇視共產主義，並且急需發展經濟，以防止共產主義勢力在本國蔓延，這就為日本重返東南亞提供了有利時機。
1952年5月，日本首相帕特使緒方竹虎出訪泰國、印度尼西亞和南亞諸國，此次訪問並未改變東南亞國家對日的不信任感，相反各國提出了對日索賠要求。為了打開東南亞外交局麵，日本對於索賠要求一再表示：“政府一直在努力和東南亞建立密切關係，為解決賠款問題和文化方麵的問題做著努力。”1955年日本在其《自主外交政策》中強調：“迅速解決賠償問題，謀求與東南亞諸國正式建交並打開經濟關係”。1957年日本首相岸信介對東南亞國家進行了兩次訪問，這是戰後日首相第一次出訪東南亞。訪問目的是爭取早日解決賠款問題。在日本外交的積極努力下，從1954—1959年，日本先後同緬甸、菲律賓、印度尼西亞、越南達成了賠款協議，同柬埔寨、老撾、泰國、馬來西亞達成了帶有賠償性質的“經濟合作”協議，從而使賠款問題逐步解決。
隨著賠款問題的逐步解決，日本與東南亞的關係開始密切，特別是經濟關係有了迅速發展。整個五六十年代日本進口石油的17%；鐵釩土的30%來自印度尼西亞、馬來西亞等國，另外100%的天然橡膠、錫和大部分進口的大米、銅、木材、黃麻仍依賴從東南亞等國的輸入。可以說，賠款問題的解決為日本重返東南亞打開了大門，對東南亞市場、原料的獲得促進了日本經濟的發展。當時的日本首相吉田說過：“希望以賠款之名，首先從緬甸人手，再迅速擴及菲律賓、印度尼西亞”，“對於失去了中國市場的日本來說，找到東南亞市場是十分重要的”。日本學者信夫清三郎承認對東南亞的戰爭賠款直接推動了日本經濟的起飛。
1967年東盟成立，日本對此采取了積極態度，表示“對新近成立的東盟之發展和前途表示關切，如果東盟要求我們參加，我們準備給予認真考慮。”東盟成立後，日本與東南亞國家關係有了變化，雙方經濟關係進一步密切。到70年代初，日本成為東南亞國家的最大貿易夥伴，1970年，日本在這些國家進出口總額中所占比例達到25.4%和24.2%，大大超過了美國及歐共體所占的相應份額（15.1%和17.4%；19.0%和15.3%）。日本還加強了對東南亞國家的投資，如以“政府開發援助”名目提供給東南亞國家的金額從1967年的3.9億美元上升到1969年的4.35億美元，從1969年開始，日本政府開始鼓勵民間對東南亞進行投資，到1971年3月，這種投資額達到4.9億美元，占對外投資總額的13.6%。
第二階段是從70年代中期到冷戰結束。這一時期內，國際形勢和亞太格局發生了一係列、持續性變化。首先，美國退出越南，出台了“尼克鬆主義”，並逐步緩和了與中國的關係且最終實現了正常化；蘇聯勢力南下伸入到東南亞，但隨著蘇聯逐漸解體又逐漸退出；越南地區霸權野心膨脹，入侵柬埔寨，威脅該地區的和平與安全，但最終漸漸收縮，最終從柬埔寨撤軍，並同意柬問題的政治解決。
日本充分抓住這一時期國際形勢的變化，利用自己強大的經濟實力，漸漸擺脫美國的控製，調整了自己的對外戰略，顯示出獨立自主態勢。70年代初，田中一改多年追隨美國的外交戰略，提出了“多邊自主外交”方針；70年代末，大平又提出了“綜合安全保障”戰略，作為日本獨立的世界戰略；1983年，中曾根則提出了“邁向政治大國”的口號。隨著日本對外戰略的不斷調整，東盟在其中的地位持續上升。
形勢的變化也使東盟國家對外戰略處於調整中。東南亞國家認識到要維護自己的國家利益和地區安全必須加強地區的一體化進程，爭取在國際舞台上用一個聲音講話，借助集體的力量維護自身的安全、促進本國經濟的發展；另外，東盟國家對區域外大國如中國、日本的認識也做了調整。對於日本，東盟國家認為其擁有資金和技術優勢正是東盟經濟發展所急需的，並且認為日本擁有一定的防務能力可以對亞太力量的平衡做出貢獻。