宋朝製度，財賦官與行政官分立。元朝的財賦官與行政官則時合時分。中間經過多次變動，中統三年（公元1262年），在中書省之外，另設領中書左右部，總管財賦，由阿合馬統領。中統五年（公元1264年）罷廢領中書左右部，並入中書省，阿合馬為平章尚書省事。至元三年（公元1266年），又立製國用使司，管理財富，阿合馬為製國用使。至元七年（公元1270年）罷製國用使司，立尚書省，這段史實，《元史·世祖紀》記載甚詳，茲引如下：
至元七年春正月，立尚書省，罷製國用使司，以平章政事忽都答兒為中書左丞相，國子祭酒許衡為中書左丞，製國用使阿合馬平章尚書省事，同知製國用使司事張易同平章尚書省事，製國用使司副使張惠、僉製國用使司事李堯谘、麥術丁並參知尚書省事……。二月甲申，置尚書省署。
從這段記載可知，尚書省隻置平章政事、同平章政事、參知政事等官，而無左右丞相。可見尚書省乃製國用使司罷廢之後為代行其職而建立起來的官署：製國用使司為掌管財賦的機構，代行而置的尚書省，自然也是掌管財賦的官署。尚書省在有元一代時置時廢，與中書並立前後共三次，其變動情況大致如下：
當阿合馬領中書左右部，總理財政事務時，凡事不關白中書省而直奏皇帝，獨攬財權，中書省諸官無可奈何。不久，阿合馬又設製國用使司，自任該司之長官，成為一個相對獨立的財政機構，以便於更自由行權。但是，這個機構的地位畢竟是在中書省之下，行動尚諸多不便。所以，就在至元七年（公元1270年）升製國用使司為一省，名為尚書省，想以此脫離中書省的控製而獨立。在兩省並立之後，世祖定製：“凡銓選名官，吏部擬定資品，呈尚書省，由尚書谘中書聞奏”。這個規定雖然把權力的重心移到尚書省，但是仍不能排脫中書省的製約。當時阿合馬任平章尚書省事之職，以一省長官自居而渺視中書省，選官任人，既不經吏部也不谘中書。中書右丞相安童多次在世祖麵前責備他。但阿合馬固爭不已，安童隻好讓步。於是，中書之權完全移到尚書省了。至元九年（公元1272年），世祖發現中書、尚書並立，弊端百出，便合兩省為一，廢尚書省，恢複中書一省之舊製。以阿合馬與張易為中書平章政事，以張惠為左丞，李堯谘、麥術丁為參知政事。這樣一來，機構雖然複舊，但掌握實權的仍然是原尚書省的一幫官員。加以至元十三年（公元1276年）以後，不置右丞相，十五年（公元1278年）以後，左丞相也成虛位。事實上，阿合馬成為中書省的長官，更加專橫跋扈。因而至元十九年（公元1282年）便被殺掉。
至元二十四年（公元1287年），諸大臣中多主張恢複尚書省，世祖許之，就於是年閏二月再置尚書省，並改天下之行中書省為行尚書省，改中書六部為尚書六部。中書省仍存在，以安童為中書右丞相，平章政事以下設官如舊，但隻占虛位，並無實際職掌。十月，任命尚書平章政事桑哥為尚書右丞相。桑哥剛愎自用，任右丞相以後，更加專斷，至元二十八年（公元1291年）正月被罷，同年五月廢尚書省，再次恢複中書省總攬政柄的舊製。
元武宗之世，因濫賜諸王大臣，大興土木而造成財政貧乏，鈔法紊亂。為救財政困難之計，便於至大二年（公元1309年）八月特立尚書省，以皇太子為尚書令，發行至大銀鈔，並鑄造銅錢，但終未能挽救經濟窮困之僵局。至大四年（公元1311年）武宗死，仁宗立，又再廢尚書省。
總之，元代三次設立尚書省，與中書並立，皆因互相爭權，弊害百出，終被廢除，而恢複中書一省之舊製。
宣政院
忽必烈在漢地立國建都後，仍然十分注意保持和發展蒙古民族的語言和文化。中統元年（公元1260年）十二月，忽必烈封吐蕃薩迦的八思巴為“國師”，命八思巴率領一些吐蕃語言文學者重新創製蒙古文字。至元六年（公元1269年）二月，新字製成，由忽必烈正式頒行，並加八思巴為“帝師”、“大寶法王”，統領全國佛教。朝廷立總製院，管領佛教僧徒及吐蕃境內事務，仍以“帝師”八思巴統領之。《元史·百官誌三》載：“至元二十五年（公元1288年），因唐製吐蕃來朝見於宣政殿之故，更名宣政院。置院使二員，同知二員，副使二員，經曆二員，都事四員，管勾一員，照磨一員”。院使由朝廷命官任領。吐蕃有事，另設分院往治。宣政院的官員，僧俗並用，是元朝設立的一個特殊機構。它既是管理全國佛教的事務機關，又是直接統領吐蕃的政務和軍事。元明宗天曆二年（公元1329年），罷功德使司歸宣政院。設置院使10員，從一品，同知2員，正二品，副使2員，從二品。
此外，中樞機構中還有一些設置有異於前代，必須提及的：
元代特別重視宗教，對於佛寺大加保護，特設總管機構“大禧宗禋院”，有院使、副使等官。所屬各大寺院設總管府（如“南鎮國寺”，設龍禧總管府；大“護國仁王寺”，設會福總管府；“大承天護聖寺”，設龍祥總管府等）。此外還設有田賦提舉司、營田提舉司、財用所、民佃提領所、香戶提舉司、營繕司等。在這方麵幾乎政教不分，而以正式官署管理寺院事務也是前代所未有的。
曆代掌管宮廷器用之製作多為少府監所屬官署。而將作監則掌管公用之建築。元代升將作監為將作院，專司宮廷器用及衣冠服飾之製作。其所轄各種工藝品的作場也是非常繁多的，依其種類分設三個總管府掌管：一、諸路金玉人匠總管府。所屬有玉局提舉司、金銀器盒提舉司、瑪瑙提舉司、金絲子局、帶斜皮局、瓘玉局、浮梁磁局、畫局、裝釘局、大小雕木局、溫犀玳瑁局、漆紗冠冕局等。二、異樣局總管府。所屬有異樣紋繡提舉司、異樣織染提舉司、紗羅提舉司等。三、大都等路民匠總管府。所屬有備章總院、尚衣局、禦衣局、織佛像提舉司等。
關於宮廷的職事，專供皇後的有中政院，所屬有中瑞司、內正司、正翊司等。專供太後的有徽政院；供應太子的有儲政院。總之，元代的皇後、太後、太子諸王都可以有領地，有丁口，國官與宮官交錯設置，政令分歧，是曆史上所僅見的奇特現象。
元代所設各院，與傳統比較接近的是：太常禮儀院、典瑞院、太史院、太醫院（其所屬有惠民局及醫學提舉司，是有關醫療事業與醫學教育的）。
元末設置的奎章閣及藝文監，專掌書畫鑒定及刊布圖籍之事，也是前所未有的特設機構。
元代的驛站製度特別發達，因此而特設通政院以管理全國驛站之事，而於各路置脫脫禾孫一官以辨奸偽。
元代設官有以下幾個特點：
第一，除最高機構外，一般中外軍民官署皆在主官之外設一達魯花赤，主要由蒙古人擔任，特別是外官，自總管府以至府、州、縣行政實權皆操在達魯花赤之手。
第二，自仁宗始，開科取士，分蒙古人、色目人與漢人、南人為兩榜。雖已稍變初期專用蒙古人擔任要職的做法，但南榜進士最多做到禦史台及六部尚書為止，最高職位仍限於蒙古族人。
第三，事務官及吏員比較充實，其地位也有所提高，例如都事及令史等，往往都有發言任事之權。這是由於蒙古高級官吏對情況不夠熟悉，能力薄弱，不得不假手於這些低級職員。
第四，工藝技術官司之設置十分繁瑣，這是由於元代手工業發達，有匠戶組織的緣故。
元代的地方官製
行省的設置
金朝尚書省臣到地方直接統領軍政，稱“行尚書省事”。蒙古滅金過程中，曾派達魯花赤駐燕京，負責中原的刑名和財賦等事。漢人官員沿襲金製，稱燕京行尚書省事。元朝建國以後，在中央立中書省，為了處理中央和地方事務，忽必烈相繼在首都開平，燕京以及京兆，平陽等地建立“中書省”和“行中書省”的機構。這一時期的“行省”大都屬於中書省的臨時派出機構，在地方主持政治、經濟、軍事事務，因事而設，事已則罷，沒有相對穩定的治所和轄區。如“陝西等處行中書省”從公元1260年到1273年，先後在京兆、利州、興元三地往返遷易治所，其管理地區有時包括四川、甘肅，有時則各自分出別立“行省”。
公元1273年，元軍大舉南下，不久滅宋。南宋舊疆盡歸元朝版圖，據《元史·地理誌》說，當時元朝統轄疆域，“北逾陰山，西極流沙，東盡遼左，南越海表”。如此遼闊的地域，僅靠首都的中央機構及地方臨時性行政機構來治理，便顯得相當困難了。所以，“行省”開始演變為地方行政區域固定的官府名稱。忽必烈滅宋前後，陸續設立河南、江浙、江西、湖廣、陝西、四川、遼陽、甘肅、雲南、征東等十個“行省”。元成宗大德十一年（公元1307年），又以原中央直轄的蒙古本部置“和林行省”。元仁宗皇慶元年（公元1312年），“和林行省”改名為“嶺北行省”。至此，元代十一“行省”建製得以確定，經久不變。十一個“行省”及其首府，轄境如下：