河南、江北等處行中書省，治汴梁，統河南等12路7府1州。
江浙等處行中書省，治杭州，統杭州等30路1府2州。
江西等處行中書省，治龍興府、統龍興等18路9州。
湖廣等處行中書省，治鄂州，統鄂州等30路3府15安撫司3軍13州。
陝西等處行中書省，治京兆，統京兆等4路5府27州。
四川等處行中書省，治成都，統成都等9路3府。
遼陽等處行中書省，治遼陽路，統遼陽等7路1府。
甘肅等處行中書省，治甘州，統甘州等7路2州。
雲南等處行中書省，治中慶路，統中慶等37路5府。
征東等處行中書省，治王京，統耽羅等2府1司、慶尚等5道。
嶺北等處行中書省，治和寧路，統北邊等處。
以上十一個“行省”管轄著元王朝60％以上的國土。此外，鄰近首都部分，包括大都等29路8州（即黃河以北，太行山以東、以西之地）稱為“腹裏”，直屬中書省管轄；吐蕃、畏兀兒地區，則分別歸宣政院、大都護府統理。
“行省”的官員設置，名稱、品銜大都同中書省。據《元史·百官誌七》說：“每省置丞相一員，從一品；平章二員，從一品；右丞一員，左丞一員，正二品；參知政事二員，從二品，甘肅、嶺北二省各減一員；郎中二員，從五品，員外郎二員，從六品，都事二員，從七品；掾史、蒙古必闍赤、回回令史、通事、知印、宣使，各省設員有差。”其後怕地方權重，各“行省”多不設丞相。
在十一個“行省”中唯有“征東等處行中書省”的建製較為奇特，它的權限由兩部分組成：一是依附於元王朝之“屬藩”高麗國；一是直接在元中央統治下的2府1司5道。其行省的丞相，元英宗至治元年（公元1321年）以後，例由高麗王兼領，並可自行選擇官屬。其下屬行政機構與其他行省一致。
“行省”的權力相當大，它負責處理境內政治、經濟，諸如刑律訴訟，官吏遷轉，賦稅征收，甚至還包括帶有軍事性質的屯田、驛舗等。不少行省因轄境過大，元王朝隻好又在離“行省”首府偏遠地區以及邊境地區設置“宣慰司”、“宣撫司”等官府。宣慰司、宣撫司是介於“行省”與“路、府、州”之間，起上傳下達作用。《元史·百官誌七》說：“宣慰司，掌軍民之務，分道以總郡縣，行省有政令則布於下，郡縣有請則為達於省，有邊陲軍旅之事，則兼都元帥府，其次則止為元帥府。其在遠服，又有招討、安撫、宣撫等使”。有時，它還可以代表“行省”，單獨處理軍政事務。
元代“行省”界限的劃分，並沒有認真考慮過地理因素。例如歸州，地處四川、河南二“行省”之間，卻隸於並不與之連界的湖廣“行省”；同是處於漢水上遊漢中盆地的興元路和沔州，卻分屬四川、陝西二“行省”。這樣，就使後代在行政區劃分方麵不得不作很大的調整。所以，盡管明、清兩代乃至於現代的“省”最早起源於元代的行省，但各省的界限卻很少是元代的舊貌。
至正十一年（公元1351年）以後，農民起義的烽火遍及大江南北。元順帝為挽救其搖搖欲墜的統治，派出大量官員到地方主持軍政。為了便於鎮壓農民起義軍，元王朝陸續把原有的“行省”進行分置，如分河南行省，別置“淮南江北等處行中書省”；分湖廣行省，別置“廣西等處行中書省”等等。但是，這些“行省”、“分省”的設立對於延續元王朝的政權已無濟於事，在農民軍的沉重打擊下，“雄都巨鎮，諸侯王之所封，藩臣臬司之所治；高城浚隍，長戟強弩之所守，環輒碎之，鮮有固其國者”。
與此同時，在農民起義軍建立的政權裏，“行省”也是地方最高的權力機構。如“漢”政權建立過江南、汴梁、隴蜀、江西四個行省；“宋”政權建立過江南、益都、淮安、遼陽、曹州五個行省。
各行省的屬官，據《元史·百官誌七》載：其中有檢校所檢校、照磨所照磨、架閣庫管勾、理問所理問、都鎮撫司都鎮撫。而蒙古提舉學校官，各行省有的設置有的未置。此外，在兩淮、兩浙、福建等處設都轉運鹽使司，四川設茶鹽轉運司，廣東設鹽課提舉司、市舶提舉司。
行省以下的行政區為“路”，各路一般設萬戶府、總管府，規定十萬戶以上者為上路，十萬戶以下者為下路（若是重要地區不論戶口多少，均為上路）。各路萬戶府萬戶及總管府總管以下屬官有同知、治中、判官、推官、經曆、知事、照磨、譯史、通事。其他還有儒學教授、蒙古教授、醫學教授、陰陽教授、司獄司司獄、平準行用庫提領大使、織染局局使、雜造局大使、府倉大使、惠民藥局提領、稅務提領。此外還有錄事司錄事、司候、判官以專任城中民事。在兩京，則設有警巡院。
路下有府，元代的府比較雜亂，有的屬於路，有的屬於行省，有的直屬中書省。有的管轄州縣，有的不統州縣。一般各府有同知、判官、推官、知事及提控案牘等官。沒有設路之散府則設知府或府尹。
路府之下設州，有上、中、下州之別，也是根據戶數多寡而分。各州設知州、同知等官，邊遠不設州而設軍，其建置與州同。
州下設縣，也依戶數多寡而分上、中、下縣。各縣設縣尹、縣丞、簿、尉、典史、巡檢等官。
至元二年（公元1265年），忽必烈詔“以蒙古人充各路達魯花赤，漢人充總管，回回人充同知，永為定製”。蒙古達魯花赤官早在成吉思汗時即已設置。窩闊台在各地設達魯花赤，管理行政。元朝建國後，達魯花赤在地方官中地位最高，但往往不實際管事，成為高居於地方官之上的特殊官員，因而被稱為“監臨官”。達魯花赤製的普遍實行，明顯地表現出蒙古統治階級的特權地位。
縣以下又分鄉、都，設裏正、主首，負責催辦錢糧，供應雜事。元朝政府還把五十家編為一社，社有社長，負責“教勸本社之人務勤農業”，實則是加強對人民的控製。
據《元史·地理誌》載，元代在全部版圖中，設11個行中書省，分轄185路、33府、359州、1，127縣。
行樞密院
中書省有行中書省，禦史台有行禦史台，樞密院也有行樞密院，簡稱“行院”。《元史·百官誌二》：“國初有征伐之事，則置行樞密院。大征伐，則止曰行院。為一方一事而設，則稱某處行樞密院”。意謂“行院”與“行樞密院”是兩種不同設置：為大征伐而設者，稱“行院”；為一方一事而設者，稱“行樞密院”。我們查看《世祖紀》，則知其誤。至元十一年（公元1274年），元大舉伐宋時，曾置荊湖、淮西二行院，記載中也稱為行樞密院。可知行樞密院以外無行院，行院之外無行樞密院。《元史·世祖紀二》載，中統四年（公元1263年）七月“以成都經略司隸西川行院”。而《百官誌三》則雲：“西川行樞密院，中統四年始置”，可見“行院”與“行樞密院”是同一概念的不同說法。
元代在各地設有下列行樞密院：
西川行樞密院，中統四年始置，設官2員，管西川軍民課稅交鈔，打捕鷹房人匠，及各投下應管公事，節製官吏諸色人等以及軍官遷授征進等事。置治於成都。至元十年（公元1273年），又於重慶別置東川行樞密院，設官1員。十三年（公元1276年），並為一院。不久，再分東川行院。十六年（公元1279年），罷兩川行院。二十八年（公元1291年），再立四川行院於成都。
江南行樞密院，《百官誌》中有此一條，但在敘述中卻未提及這個行院。在其條下所舉的行院是荊湖行院，淮西分院，揚州行院，嶽州行院，均不全在江南。當時元朝為了攻取江南而設，故稱江南行樞密院。
甘肅行樞密院，至大四年（公元1311年），在甘州設治所，設官四員，提調西路軍馬。後以甘肅行省丞相提調，遂罷行院。
河南行樞密院，致和元年（公元1328年）分置，專管調遣之事。天曆元年（公元1329年）廢除。
嶺北行樞密院，天曆二年置。掌邊庭軍務，凡大小事宜，悉從裁決。
順帝至元三年（公元1337年），設置四川、湖廣、江西、江浙四行院，次年即廢。此後所設立的行院，皆是為了鎮撫內亂而臨時設置的。