忽必烈改訂官製以後，中書省成為最高的行政中心，原有的斷事官機構則改成大宗正府，這時斷事官的品秩雖然不低，但實權已大為削減。《元史·百官誌三》說：
大宗正府，秩從一品。國初未有官製，首置斷事官，曰劄魯忽赤，會決庶務。凡諸王駙馬投下蒙古、色目人等，應犯一切公事，及漢人奸盜詐偽、蠱毒厭魅，誘掠逃驅，輕重罪囚，及邊遠出征官吏，每歲從駕分司上都存留住冬諸事，悉掌之。至元二年（公元1266年），置十員。三年（公元1267年）置八員。九年（公元1273年）降從一品銀印，止理蒙古公事。
這裏所說的“會決庶務”是指過去大斷事官的職掌，“凡諸王駙馬投下蒙古、色目人等，應犯一切公事，及漢人奸盜詐偽蠱毒厭魅，誘掠逃驅、輕重罪囚”等，才是指宗正府的職掌。可見大斷事官的職權，已從掌管全國的刑政，縮小到隻管諸王駙馬分地內的詞訟。至於分地及上都、大都以外之路、府、州、縣的刑獄，則劃歸中書省所屬的刑部處理了。
（四）成吉思汗時的必闍赤。必闍赤，或譯作必徹徹，彭大雅《黑韃事略》載：“必徹徹者，漢語令史也，使之主行文書耳”。必闍赤由於為天子掌管文書，因而得以參預國家機務，其地位日益重要，最後發展為早期的中書省。《元史·也先不花傳》載：
也先不花，蒙古怯烈氏，祖曰昔剌斡忽勒……後兄弟四人皆率部屬來歸，太祖以舊好，遇之特異他族，命為必闍赤長，朝會燕饗，使居上列。
既名為必闍赤長，可見其下還有若幹必闍赤。在朝會燕饗之時，“使居上列”，可見其地位之尊崇。
當時不僅大汗設有必闍赤，諸王也大多有自己的必闍赤。從當時必闍赤的民族成分看，除昔剌斡忽勒是蒙古人外，其他幾乎都是外族人，有的是外國歸附的貴族。《元史·粘合重山傳》說：
粘合重山，金源貴族也，國初為質子。知金將亡，遂委質焉。太祖賜畜馬四百匹，使為宿衛官必闍赤。粘金重山在太宗時為中書省長官之一，據《黑韃事略》說，他的職務乃是與耶律楚材“共理漢事”，可推知他在太祖時擔任的必闍赤可能是掌管漢文文書的。因為蒙古汗國初期所行的文書是用畏兀文和漢文寫的。他既然能理漢事，便可證他在必闍赤任內是掌漢文文書的。
蒙古統治者之所以采用文書，主要是為了對已歸附蒙古的西夏、畏兀兒等發布命令及與全國交涉往來之用。有了文書，自然要有主管文書的人，因而設立了必闍赤，並且吸收了許多外族人擔任此職。可見，必闍赤的出現，乃是蒙古向外擴充，征服了一批先進民族的初步結果。
（五）蒙古前期的中書省。中書省設於太宗三年（公元1231年），《聖武親征錄》載：
辛卯……八月二十四日，上至西京，執事之人各執各位，兀都撒罕中書令、粘合重山右丞相、鎮海左丞相。《元史·太宗紀》也說：
三年辛卯秋八月，幸雲中，始立中書省，改侍從官名，以耶律楚材為中書令，粘合重山為左丞相，鎮海為右丞相。
從最早被任為中書省長官的耶律楚材和粘合重山兩人看，在中書省設立以前的職務都是必闍赤，可見中書省是在必闍赤的基礎上發展起來的。《元史·粘合重山傳》更明確地說：
太祖……使為宿衛官必闍赤……立中書省，以重山有積勳，授左丞相。
所以中書省的職權與必闍赤差不多，不過是掌文書及宣布政令而已。後來，中書省逐漸從執事官中分化出來，成為獨立的政務機構，除管理漢文書之外，又承擔了征收賦稅的新任務。
（六）燕京行尚書省。燕京行省之稱，由來已久，從燕京被攻占以後，蒙古大汗即以石抹明安父子世守其地。《元史·石抹明安傳》載：
中都既下（公元1215年），加太傅邵國公，兼管蒙古漢軍兵馬都元帥，丙子（公元1216年）以疾卒於燕城……子二人，長鹹得不，襲職為燕京行省，次忽篤華，太宗時為金紫光祿大夫、燕京等處行尚書省事，兼蒙古漢軍兵馬都元帥。
石抹明，遼人，原為金將，公元1212年降於蒙古。1215年攻下燕京後，就受命為蒙古漢軍兵馬都元帥，留守燕京，次年死去，兩子分別承襲其職。
“行省”一詞，始於金代，為“行尚書省”或“行中書省”的簡稱。明昌五年（公元1194年），金廷征發民夫整修黃河、北清河堤防，由於河防工地距金首都很遠，中央難以遙控指揮，章宗完顏璟就命參知政事胥持國等“行尚書省事”。所謂“行尚書省事”，其意為“代表尚書省行使權力”，也就是說，“行省”是中央臨時派出的機構。
成吉思汗建國之初，官製未備，《元史·百官誌》說：“惟以萬戶統軍旅，以斷事官治刑政。”及其南攻中原，始有各種官號。《國朝文類·經世大典序錄》說：
既取中原，定四方，豪傑之來歸者，或因其舊而命官，若行省，領省，大元帥，副元帥之屬者也。或以上旨命之，或諸王大臣總兵政者承製以命之。若郡縣兵民賦稅之事，外諸侯亦得自辟用，蓋隨事創立，未有定製。
當時大漠以南分布著許多專製一方的“世侯”，一些較大的“世侯”，如東平路的嚴實，濟南路的張榮，益都路的李璮，大名府的梁仲，興平路的塔本都被授以“行省”的官號。以上這些“行省”，所轄大都僅一路或數路之地，因當時中央並沒有名為尚書省的機構，所以“行省”並非中央派出機構，隻不過是蒙古統治者用來籠絡“世侯”所假借的“名爵”罷了。窩闊台即位以後，便將蒙古以外的征服地區劃為三個大行政區，分別派遣官員治理。公元1251年蒙哥登基後，改稱這三個大行政區為“行尚書省”：即燕京等處行尚書省，治燕京，統哈剌溫山以南金、夏故土；別失八裏等處行尚書省，治別失八裏，統阿母河以東，按台山以西西遼、花剌子模故土；阿母河等處行尚書省，治徒思，統阿母河以西花剌子模、報達哈裏發故土。
燕京行尚書省乃沿金代舊稱，《耶律公神道碑》說：“貞祐甲戌（公元1214年），（金）宣宗南渡，丞相完顏承暉留守燕京，行尚書省事”。但蒙古初期的行省，與金代的行省製度是不同的。
中原是蒙古汗國中經濟最發達的地區，隨著形勢的發展，蒙古逐漸加強了對這一地區的控製。但當時的統治中心遠在和林，僅僅依靠中書省所領的十路課稅所來監督課稅和地方行政已不適應形勢，有必要在漢地設立一個權力更為集中的機構，代表中央實行對地方各級政府的監督，燕京行省就適應這種需要而不斷發展起來。後來，其管轄範圍逐漸擴大到整個中原地區。
燕京行省不僅掌管漢地的財富，同時還治理漢地的刑政。燕京行省長官的正稱為劄魯忽赤或斷事官，據《元史·世祖紀》載：
歲壬子，帝駐桓撫間，憲宗令斷事官牙魯瓦赤與不隻兒等總天下財賦於燕，視事一日，殺二十八人。其一人盜馬者，杖而釋之矣；偶有獻環刀者，遂追還所杖者，手試刀斬之。帝責之曰：“凡死罪，必詳讞而後行刑，今一日殺二十八人，必多非辜，既杖複斬，此何刑也？”不隻兒錯愕不能對。
不隻兒斷獄一日殺二十八人的事，充分暴露了斷事官的橫暴與殘忍。可見燕京行省不僅是掠奪人民財富的財政機關，同時也是鎮壓人民的司法機關，是蒙古朝廷統治漢地人民的常駐機構。
燕京行省和中書省的關係如何呢？從機構名稱看，燕京行省稱為行尚書省而不是行中書省，行省長官稱劄魯忽赤或斷事官，可見它並非中書省的派出機關，在太宗末年其權力日增，組織機構也逐漸龐大。
總而言之，燕京行省是蒙古統治階級為征調中原財用、控製中原地區而建立起來的一個專門機構，並委派親信大臣坐鎮，以代表中央領導和監督漢地行政。這與金朝初期的燕京樞密院及稍後的河南行台尚書省頗有相似之處。正因如此，當忽必烈把政治中心移到燕京，解決了中央政府遠離漢地的矛盾以後，燕京行省也就失去了存在的必要，而被並入中書省了。