元朝在江南各地，委派蒙古、色目官員會進行統治。這些官員隻知貪求財富，不知江南民情，因而往往被南人富豪所操縱。《元典章·刑部十九》收載大德十一年（公元1307年）杭州路呈文說：
把持官府之人，處處有之。其把持者，杭州為最。每遇官員到任，百計鑽刺，或求其親識引薦，或略其左右吹噓，既得進具，即中其奸。始以口味相遺，繼以追賀饋送。窺其所好，漸以苞苴。愛聲音者獻以美婦，貪財利者賄之玉帛，好奇異者與之玩器。日漸一日，交結已深，不問其賢不肖，序齒為兄弟……貪官汙吏，吞其釣餌，唯命是聽，欲行則行，欲止則止。
另一個公文說：
富豪兼並之家，威福自專，豪強難製，侮弄省官，有同兒戲。
蒙古、色目官員辦理公務，自征榷海運至錢穀簿書，都須依靠漢人司吏。而這些司吏又多與當地地主相交結，或者即是土豪之家，買囑承充。上下交通，表裏為奸。路府州縣，各級官府大都為當地富豪所把持。
江南大地主既得以操縱官府，便可以肆無忌憚地擴大土地占有。田多的地主，每年收租至二、三十萬石，佃戶多至二、三千戶。各地的田地絕大部分集中在少數人手中。富豪地主，獨據一方，確是“無爵邑而有封君之貴，無印節而有官府之權”。
元統治階級內部各派係為了爭奪權力，經常發生矛盾衝突。蒙古、色目貴族官僚與漢族地主之間，北方漢族地主與南方漢族地主之間，蒙古貴族各支係之間，都處於不斷的勾心鬥角之中。特別是蒙古貴族各支係之間，為了攫取最高統治權，不時爆發宮廷政變。從武宗海山（1308—1311年）起，到順帝即位止，20餘年間，換了8個皇帝；發生重大政變3次，皇帝被殺者2人。泰定帝死時（公元1328年），一派貴族在上都擁立泰定帝之子；另一派貴族在大都擁立文宗圖帖睦爾，雙方展開了大規模的武裝衝突，戰火遍及黃河兩岸，使人民生命財產遭受到嚴重損失。皇帝接連更迭，政局長期動蕩，因而貪官汙吏更為囂張，人民所受剝削壓迫日益加深。
“天高皇帝遠，民少相公多；一日三遍打，不反待如何！”這就是廣大人民對元朝政權的回答。在號稱“全盛”的忽必烈統治時期，各族人民的反抗鬥爭就沒有停止過，在元朝統一全國後僅70年，就爆發了席卷全國的階級鬥爭風暴。龐大而不可一世的大元皇朝，終於在農民戰爭的烈火中化為灰燼。
蒙古汗國的官製
元朝建國以後，蒙古原有的斡（wo音臥）耳朵宮帳製、怯薛製以及投下封邑製等都繼續保存。這裏先將這幾個製度作一介紹。
（一）斡耳朵宮帳製。斡耳朵宮製是成吉思汗時建置的，設大斡耳朵及第二、第三、第四等斡耳朵。據說成吉思汗有妻妾近五百人。四斡耳朵分別由成吉思汗的正妻孛兒帖、次妻忽蘭（蔑兒乞部長女）、也遂及妹也速幹（塔塔兒部女）等管領，其餘妾妃統屬於四大斡耳朵。大汗的私人財富，分屬四斡耳朵。大汗死後，由四斡耳朵分別繼承。《元史·後妃表序》說：“然其居則有四（原作曰，誤）斡耳朵之分；沒，複有繼承守宮之法。”
忽必烈建立元朝以後，在大都城內修築宮闕，但仍保留斡耳朵的名稱，並且沿襲成吉思汗舊製，也設四斡耳朵，分別屬於帖古倫大皇後（早卒，守大斡耳朵），察必皇後及妹南必後（第二斡耳朵），塔剌海後（第三斡耳朵）和伯要兀真後（第四斡耳朵）。各斡耳朵都有自己的封邑。元朝每年還以“歲賜”的名義，給予各斡耳朵的繼承者以大批財富。成宗以後，諸帝的後妃都另設專門機構，主管斡耳朵屬下的戶口、錢糧、營繕等事。如長慶寺（掌成宗斡耳朵），長秋寺（掌武宗斡耳朵），延徽寺（掌寧宗斡耳朵）等。
（二）怯薛製。怯（qie音切）薛原是斡耳朵的宿衛親軍，來源很早，當成吉思汗被推為蒙古部落的合罕時，就建立了自已的怯薛組織，並選拔一批親信，命他們分別管理營帳內的各種事務。據《元朝秘史》卷3所載，有管理家內人口的，管理飲膳的，管牧馬的，管牧羊的，管修造車輛的等等執事人員。成吉思汗做了全蒙古大汗以後，又重新宣布各種執事官的職責和分工，而所有執事官都是由怯薛擔任的。《元史·兵誌二》宿衛條載：
怯薛者，猶言番直宿衛也。凡宿衛，每三日而一更……其它預怯薛之職而居禁近者，分冠服，弓矢，食飲，文史、車馬、廬帳、府庫、醫藥、卜祝之事，悉世守之。雖以才能受任，使服官政，貴盛之極，然一日歸至內庭，則執其事如故。至於子孫無改，非甚親信，不得預也。其怯薛執事之名：則主弓矢、鷹隼之事者，曰火兒赤、昔寶赤、怯憐赤：書寫聖旨，曰劄裏赤；為天子主文書者，曰必闍（d&音都）赤；親烹飪以奉上飲食者，曰博爾赤；侍上帶刀及弓矢者，曰雲都赤、闊端赤；司閽（h&n音昏）者，曰八剌哈赤；掌酒者，曰答剌赤；典車馬者，曰兀剌赤、莫倫赤；掌內府尚供衣服者，曰速古兒赤；牧駱駝者，曰帖麥赤；牧羊者，曰火你赤；捕盜者，曰忽剌罕赤；奏樂者，曰虎兒赤……。其名類蓋不一，然皆天子左右服勞侍從執事之人。其分番更直，亦如四怯薛之製。而領於怯薛之長。以《兵誌》所載的怯薛執事官和《元朝秘史》所載的相比較，可看出其中大部分職務是相同的，隻不過《兵誌》所載的分工更為細致而已。但也有幾種是《秘史》所未提到的，如文史，醫藥，卜祝等官。這幾種執事官大約是後來增設的。
（三）蒙古前期的斷事官。斷事官，蒙古語叫做劄魯忽赤，是蒙古國家最早設置的政務官，在前期政府中有著重要的地位。《元史·百官誌一》載：
元太祖起自朔土。統有其眾，部落野處，非有城郭之製；國俗淳厚，非有庶事之繁。惟以萬戶統軍旅，以斷事官治政刑，任用者不過一二親貴重臣耳。
可見斷事官的最主要職務是執行國家的法律，懲罰一切敢於違犯統治秩序的人，對維護統治階級的利益有著重要作用，因此他能成為與萬戶並列的重要官職。最初階段，他的管轄範圍是相當廣泛的，不限於掌管刑獄。蒙古建國以後，首任大斷事官是失吉·忽禿忽。《元朝秘史》卷8記載成吉思汗曾這樣交代他：
如有盜賊詐偽的事，你懲戒著，可殺的殺，可罰的罰。百姓每分家財的事，你科斷著。凡斷了的事，可寫在青冊上，已後不許諸人更改。
《元史·百官誌三》大宗正府條下說：“國初未有官製，首置斷事官曰劄魯忽赤，會決庶務。”按“會決庶務”這四個字，通常是用來形容丞相職務的，所包含的內容很廣泛。
不僅中央有斷事官，凡是有分地的諸王、功臣，也都有自己的斷事官，以治理人民。《元史·博羅歡傳》稱：“時諸侯王及十功臣各有斷事官，博羅歡年十六，為本部斷事官。”憲宗未即位以前，任用斷事官忙哥撒兒，“使治藩邸之分民。間出遊獵則長其軍事，動如紀律。雖太後及諸嬪禦小有過失，知無不言，以故邸中人鹹敬憚之”。從這段材料看出，忙哥撒兒既治藩邸之分民，又兼軍事長官，並負有監察之責。
斷事官的權力很大，操專殺之權，如忙哥撒兒在憲宗即位以後，即從藩邸之斷事官升任為朝廷大斷事官。《元史·忙哥撒兒傳》稱：“帝（憲宗）以奉法不阿，委任益專，有當刑者，輒以法刑之，乃入奏，帝無不報可。”忙哥撒兒有這麼大的權力，不僅由於他特受憲宗的寵信，也因為斷事官本身就有專生殺之權。正由於大斷事官地位很高，權力很大，所以後人往往以宰相視之。《元史·百官誌一》在中書省斷事官下麵有這樣的記載：“斷事官，秩三品，掌刑政之屬，國初賞以相臣任之，其名甚重”。雖然蒙古前期並沒有正式設立過丞相，但這種說法，正反映了斷事官在前期政府中的重要地位。