一九五八年，由於受“左”傾思想的影響，商業基建工作中行之有效的製度被廢除。反映在建設計劃上，不顧比例關係，重點搞了石油庫、冷藏庫建設，忽視了通用商品庫的建設；在建設規模上，不考慮人力、物力和財力的可能，一再大上，使項目失去控製；在工程管理上，大搞所謂群眾運動，不按科學規律辦事，致使許多工程質量不合格，浪費很大。這種狀況一直延續到一九六○年。
一九六一年，中共中央、國務院頒發的《關於嚴格執行基本建設程序的通知》和商業部先後發出的《關於編製和審批基本建設任務書的規定》、《關於基本建設文件編製和審批辦法的幾項規定》和《關於加強基本建設計劃管理的幾項規定》等文件，重申了基本建設項目必須按基建程序辦事的規定。為了執行上述規定，商業部對本係統的基建工作作了調整和加強，從而使商業基建工作得以順利進行。
“文化大革命”使基建工作再次受到衝擊，工程項目任意上馬，又任意下馬；工程投資實行實報實銷，由國家直接撥款，因而造成了敞口花錢、“吃大鍋飯”、工期無限拖長、工程質量嚴重下降等惡果。為了糾正基建工作中的混亂現象，一九七八年六月，商業部依據國家計委、國家建委等部門有關規定，重新修訂了《商業基本建設暫行管理辦法》，強調了按計劃和基建程序辦事。此後，基建工作又逐步得到加強。
中共十一屆三中全會以後，商業基建工作進行了一些改進。首先，在一九八○年對冷藏庫的主體工程試行了包工期和提前竣工獎勵的辦法，取得了一定的經濟效益。但整個工期長的問題仍未解決。加之，國家分配的“三材”（鋼材、木材、水泥）萬元定額一再降低，議價建材一再漲價，以致工程決算超概算問題相當突出。因此，於一九八一年開始，對冷藏庫工程實行“三保三包”的管理辦法，即在建設單位工程施工過程中保建設規模、能力，保工程質量、安全施工，保建設工期；包建設資金，包“三材”，包工完料清。由商業部與有關商業廳（局）簽訂協議，商業部保證按進度撥款並供應“三材”，工程超支由地方負責，節餘由地方用於建設生活福利設施。這一辦法調動了各方麵的積極性，湧現出一批好典型。工期有所縮短，一座容量萬噸的冷藏庫一年半左右即建成，容量5,000噸的冷庫一年左右即建成，建設速度達到曆史最好水平。由於工程質量有所提高，一九八二年至一九八四年先後有18座冷庫被當地建委評為全優工程。四川省重慶、綿陽，上海市薛家浜、吳涇，山東省萊陽，河南省洛陽等冷庫，先後被評為國家優質工程，獲銀質獎章。投資額有了控製，到一九八三年底，已報決算的60座冷藏庫中有27座有節餘，共節餘867萬元，占批準投資額的5.22%。一九八四年開始試行工程招標，已初見成效。從一九八五年起，所有基建項目中的國家撥款改為向建設銀行貸款。一九八五年三月，將經過試行並加以修訂的《商業部直屬直供項目基本建設管理暫行辦法》、《商業部直屬直供建設項目投資包幹責任製暫行辦法》、《商業部直屬直供基建項目工程施工招標投標暫行辦法》印發各地執行。所有這些措施，都是圍繞以工期短、質量憂、造價低、效益高為中心進行的。
商品通用儲存設施的建設
商品通用儲存設施，指的是除石油庫、冷藏庫以外的各類商品倉庫。因為它儲存商品的範圍很廣，而各類商品對儲存條件的要求又各不相同，所以建設倉庫的類型較多。其中，有儲存五金、百貨等商品的無特殊要求的綜合性倉庫；有儲存糖、煙、茶、儀表等商品的防潮、降溫、防汙染倉庫；有儲存農藥、化工原料的危險品倉庫。
建國初期，由於舊中國遺留下來的商品倉庫數量很少，質量又差，很不適應商品流通的需要。為了盡快改變這種狀況，在“一五”計劃時期，商業基建把批發機構的倉庫作為投資重點，投資額約占當年商業基建投資總額的25—30%，五年共建成各種倉庫580多萬平方米，主要分布在大城市、港口和交通樞紐地區。如北京市儲運公司的17.4萬平方米倉庫，天津市儲運公司的10萬平方米倉庫，就是在這一時期建成的。
一九五八年後，隨著商品流通的擴大，要求商品倉庫的建設有更大規模的發展。但由於國家財政困難，不能滿足商業基建投資的需要，同時也由於商業基建將大部分投資用於石油庫和冷藏庫，致使普通商品倉庫的投資減少。尤其是在一九六○年後，大約有三年時間，基本上沒安排預算內商品倉庫的建設，各地隻是用自籌資金建設了一些臨時性簡易倉棚。到一九六二年底，全國倉庫麵積總共隻有1,400萬多平方米（其中簡易倉棚即占518萬平方米），按當時應當入庫的商品量計算，尚差倉庫麵積710萬平方米。由於倉庫嚴重不足，商品大量露天存放，有的積存在車站、碼頭或工廠場地，不僅造成商品黴爛殘損，而且影響商品流通和工廠生產的正常進行。
隨著經濟建設的發展和國家財政狀況的好轉，商品倉庫建設日益引起重視。一九六三年，商業部確定在三年調整時期將全國二級站和縣公司的倉庫作為建設重點。這一規劃隻實施了兩年，到一九六五年即因基建管理權限的下放而停止。這兩年共建成各種倉庫220萬平方米，比一九六二年底增加15.7%。基建權限下放後，各地因地製宜地建設了一些小型倉庫。至於為全國儲存、中轉服務的大、中型倉庫，因投資有限，建設甚少。
一九六五年，為適應戰備的需要，商業部對倉庫建設方針作了新的規定，即：將過去把商業倉庫大部分建在交通方便的沿海和大、中城市的作法，改為在內地和中部地區建設有足夠能力的後方庫，作到平時可以周轉，戰時可以保證軍需、穩定市場；內地建庫要注意分散、隱蔽；在一個大城市中，不集中在一個地段建大庫，每處建庫不超過1萬平方米；在有條件的地區還可以挖些土窯洞或建山洞倉庫，既隱蔽又能就地取材，不占耕地。按照上述方針，商業基建先後在17個省、自治區建設了100多個部直屬儲備性倉庫，投資8,000多萬元。
一九七四年，為配合港口建設的發展，商業基建在國家統一計劃下，先後在上海、湛江、連雲港等港口建設了23處、25萬平方米的二線倉庫（二線倉庫是對港口倉庫而言，它的任務是及時疏散到港物資）。這些倉庫對減少壓港、壓船現象，及時中轉商品，起了很好的作用。
一九七八年，商業部將一級站倉庫收回，作為部直屬項目安排，並將為全國儲存、中轉服務的地方倉庫建設項目劃為部直供項目。此後，這兩部分倉庫的建設速度又開始加快。一九七九年，部直屬、直供倉庫建設投資2,360萬元，建築麵積39萬平方米。一九八○年後，倉庫建設規模有所縮小，但仍在商業基建計劃中占有重要地位。
到一九八五年底，共建普通商品倉庫3,358萬平方米，是建國時300萬平方米的10倍多。這些倉庫中擁有載重2噸以上的運貨汽車6.8萬輛，大部分倉庫備有鐵路專用線或碼頭以及相應的起重設備。
石油接卸儲存設施的建設
石油接卸儲存設施（簡稱石油庫）的建設，是隨著石油生產和經營的發展而發展起來的。
建國初期，由於帝國主義的封鎖禁運，石油進口口岸由建國前的東南沿海轉到東北地區。而舊社會遺留下來的設備，絕大部分在東南沿海。因此，必須在東北地區盡快建成相應的設施。但是，如果在東北全部新建油庫，一是沿海油庫閑置無用，二是當時國家也拿不出那麼多鋼材和設備。所以，從一九五一至一九五六年，商業基建的任務主要是將上海、天津等地的10萬多立方米油庫遷往東北，從而保證了接運進口石油的需要。
新中國建立初期，我國石油經營任務較小，石油庫建設投資也較少。“一五”計劃時期，僅占商業基建投資的10%左右。隨著工農業生產的發展，石油銷售量逐年增長，儲存能力不足的問題日漸突出。因此，一九五七年，國家經委組織石油工業部、商業部、中央軍委總後勤部、交通部、鐵道部共同對我國“二五”計劃時期，石油庫和運輸設施的建設問題進行了規劃。確定重點在農業機械化、中小型企業、交通運輸業、漁業、農村照明用油量大的地區建設油庫。
正當石油庫建設起步的時候，進入“大躍進”時期，原來的安排全被打亂。當時，一是石油儲存能力不足給人們造成的急迫感，二是受“大躍進”的影響，商業部下達了一個龐大的石油庫建設計劃，各地又層層加碼，以致石油庫建設遍地開花。許多工程在沒有設計、資金和材料設備的情況下，匆忙上馬，以致不得不半途停工。“土油庫”，是“大躍進”中群眾用磚、石、水泥、亮油紙、豬血等材料建造的一種儲油設施。當時被認為是一條不用鋼材、投資省、見效快的解決儲油能力不足問題的出路。但由於缺乏科學依據，一哄而起，造成很大損失。據統計，自一九五八至一九六二年期間，建成的33萬立方米“土油庫”中，約有三分之二不能使用。
為了探索在國家供應鋼材緊張的情況下，利用非金屬罐儲油的道路，商業部在總結過去經驗教訓的基礎上，通過改進設計和施工，此後又采用環氧樹脂、丁腈膠片、雙組份彈性聚脂等材料建了一批非金屬油罐，這對油料下伸，節約運裝費用等，起了一定作用。
一九六五年，為了加強戰備，商業部製訂了《有關建設隱蔽石油庫的幾項暫行規定》。此後，按照靠山分散、隱蔽機動、大中小結合、以中小為主的方針，開始建造地下、半地下隱蔽石油庫。同時，調整了地區間的石油庫投資比例，將石油庫建設重點由原來的沿海地區和大、中城市轉向“三線”地區。建庫規模不斷擴大，投資逐年增長。一九六五年，基建體製改變之前，全國石油庫建設投資，占到商業基建投資總額的絕大部分。到一九七○年，除小型石油庫下放由地方安排外，由部安排的大、中型石油庫（規模在5萬立方米以上的）投資，仍占部管基建投資總額的80%以上。
在這一時期，由於過分強調石油的戰備性，對石油的商品性考慮很少，以致商品流通環節石油儲存能力不足的問題仍很嚴重。為解決中轉調運和二級站油庫不足的矛盾，一九七四年九月，經國務院批準，追加了商業部石油庫建設的投資。這批建設項目，到一九八○年前後基本建成，儲油能力不足的狀況有所好轉。
建國以來，石油庫建設不但在規模上有很大發展，而且在建築技術上不斷提高。一九五八年以前，商業部門建造的石油庫都是地上金屬油罐，罐體采用拱頂圓柱型，單體容量多在5,000立方來以下。一九六五年起，開始建造複土隱蔽以及多種形式的山洞石油庫（洞體有襯砌、噴錨，罐體有貼壁、離壁等）。地上油罐單體已達到2萬立方米的容積。
一九七六年，商業部在華東某地建成第一座地下水封石油庫。它是利用油輕水重、油水不混的原理，把用以儲油的石洞開挖在地下水位以下，由於岩壁裏地下水壓力大於儲油靜壓力，油被地下水包圍在石洞裏而不致滲漏，使用效果甚好。
一九七九年以來，開始建造內浮頂油罐。它是在對接焊縫的圓柱體金屬立式油罐中加一個內浮盤，內浮盤隨液麵升降，以減少油麵氣體空間，達到降低油品蒸發損耗的目的。雖然建造工藝要求較高，投資也較大，但對企業經營將帶來較好的效益，是很有發展前途的。
一九八○年，商業第一條多種成品油單管順序輸送線建成，全長65公裏，年輸送能力75萬噸，全線設有自動控製係統，具有對發油量和油品運行自動計量，對緊急事故進行處理的多種功能。投產後，效果亦佳。
回顧建國以來的石油庫建設，雖然走過彎路，如一九五八年大搞“小土群”、“文化大革命”中大搞戰備石油庫，給國家造成了一定的損失。但成績仍然是主要的、顯著的。一九八五年底，已擁有石油庫2,822座，總容積為1,358.5萬立方米。很多油庫設有鐵路專用線，其中能裝卸“龍車”（整列鐵路油罐車）的油庫即有120處。沿江、沿海的石油庫一般都設有舶位不等的碼頭，大油庫可裝卸萬噸海洋輪，中、小型油庫亦可裝卸噸位不等的油輪、油駁。這些油庫還配備有6,000多輛油罐汽車及油輪、油駁。所有這些設施，為支援工農業生產建設，滿足人民生活用油需要，發揮著重要作用。
肉類、蛋品加工、冷藏設施的建設
舊中國遺留下來的肉類、鮮蛋加工冷藏企業為數很少，一九四九年全部冷藏容量僅有3.3萬噸。
建國以來，肉類、蛋品加工、冷藏設施有了很大發展。一九五四年一月，隨著國內肉類、蛋品市場的擴大，國家將經營任務由對外貿易部劃歸商業部。同年七月，確定在長沙、鄭州、蚌埠、集寧、海拉爾建設5座小型肉類聯合加工廠（簡稱肉聯廠）。這5個廠的建設於一九五五年先後動工，一九五六年內即建成。原由對外貿易部與蘇聯簽訂合同的漢口、重慶兩個肉聯廠的建設，也於一九五五年底開工，分別於一九五七年、一九五九年建成。
由於農牧業生產的發展和人民生活水平的提高，肉類、蛋品經營量不斷增加，加工和冷藏設施日益不足。一九五五年底，根據國務院“要研究製定冷藏網的長期發展計劃”的指示，商業部召開了全國冷藏企業建設工作座談會，會議提出在一九五六年、一九五七年建設6萬噸冷藏能力的計劃，並研究製定了冷藏企業的建設方針。會議確定：突出魚類冷藏企業的建設（魚產地的冷藏企業建設於一九五六年移交給水產部）；為保證市場供應，在大城市和工礦區重點建設一批大型冷藏企業；為組織和促進生產，在產區適當建設一些小型冷藏企業；在少數港口建設一部分冷藏企業，以保證出口任務的需要。按照上述規劃和建設方針，自一九五六年開始，在北京、太原、沈陽、杭州、濟南、南寧、西安等地安排建設了一批較大規模的冷藏企業。這些項目除一部分因投資不足拖到“二五”計劃時期繼續建設外，大部分在一九五七年底投產。至此，商業部係統的冷藏能力達到9.5萬噸，其中建國後建設的占6.2萬噸。
“二五”計劃時期，商業部原安排建設冷藏庫10萬噸。按當時的財力和技術力量而言，這一計劃已不算小。其後，為了實現冷藏企業的“大躍進”，冷藏庫的建設計劃一躍而為47萬噸（不包括跨年工程）。基建計劃下達後，建設項目的審批權限隨之下放，各地又自行安排了大批建設項目，以致建設規模失去控製。據統計，到一九五八年五月，共安排了68.31萬噸。其中，國家預算內的26.6萬噸，中央與地方合資的16.02萬噸，一九五七年跨年工程2.55萬噸，計劃外各地自行安排23.1萬噸，為了實現這個龐大的計劃，商業部通知各地，要求所有建設項目都爭取在五月份開工，於當年第三季度或第四季度初投入生產；繼而又向各地發出通知，要求在年內保證完成40萬噸、爭取完成50萬噸的奮鬥目標。這是一個脫離實際、違反科學的指標和要求。要在七個月內全麵完成建設項目的選點、定點、勘察設計、施工、投產的全部工作是根本不可能的。結果，到年底包括跨年度工程在內，勉強建成7萬多噸。