隨著供銷企業體製下放，中國水產供銷總公司加工儲運處於一九五八年撤銷。一九六○年，中共中央農村工作部轉發中共水產部黨組《關於目前水產工作幾個問題的請示報告》。報告說：“為了促進水產業的發展和為國家掌握更多的商品魚貨，希望各地采取土洋結合的辦法，因地製宜地抓各種大、中、小型漁業基地的建設。建設項目應以魚貨的冷藏、加工、儲運等設備為主。”這年的冷藏保鮮加工投資有了增加，但隻是一小陣子。從整個第二個五年計劃看，國家水產投資總額為4.7億元，用於冷藏保鮮加工的是5320萬元，占11.3%，比第一個五年計劃的份額下降了14個半百分點。一九六○年水產部基建司一度曾設加工處，為時也不長。
一九六五年十一月，水產部科技司召開了有13個省、市水產主管部門、生產、供銷企業和科研教育等單位參加的重點地區加工座談會。會議提出發展水產品加工的基本任務是：“以食為主，以提高鹹幹品質量為主，積極做好保鮮工作，合理利用低值水產品，充分利用加工廢棄物，積極發展熟食品。”會議還建議水產部能對加工進行通盤研究，首先在部內確定統一歸口的管理單位，把加工抓起來。由於形勢變化，也未實現。總之，六十年代的水產品加工沒有多大起色，“一把刀，一把鹽”的局麵甚少改變，發展相當緩慢。
七十年代，水產品產量雖然增加，但近海主要魚類減少，捕獲的低值雜魚、小魚、幼魚多，保鮮、加工、儲運工作跟不上，很快變質，市場供應緊張。周恩來總理指示發展燈光圍網作業，李先念副總理對建設冷藏庫、冷藏船、冷藏車（簡稱“三冷”）問題作了4次指示，直接推動了冷藏製冰建設的發展，同時也促進了冷海水保鮮和微凍保鮮的研究。此時，因各種客觀因素的變化，天然冰的生產和利用趨於衰落。在水產品加工方麵，由於馬麵作為新的捕撈對象大量登場，而它又不適於鮮銷，激發了以馬麵為原料的食品和綜合利用加工，為後來水產加工的新發展打下了一些基礎。七十年代末，水產品總產量裏小雜魚和低值魚占一半以上，保鮮加工設備仍然很少，冷凍品不到總產量的5%，低質鹹幹品比重大，每年約有三、四十萬噸魚貨腐爛變質。全國水產品除工業原料、供應出口和腐爛損失的以外，可供國內人民食用的，每人平均隻有5斤多。量少質差，“吃魚難”成為城鄉人民普遍關切的問題之一。
中共十一屆三中全會後，國家把搞好保鮮加工，提高魚貨質量列為調整水產工作的三大重點之一。連續兩年每年專項撥款1000萬元基建投資扶持加工工業。國家水產總局供銷局設立專管機構加工處，各地對保鮮加工工作也開始加強領導。一九八二年，中國水產學會專門召開了低值魚類加工利用技術討論會，與會專家提出了許多為開創水產品保鮮加工新局麵的建議。專家們認為，根據水產生產的實際情況，應明確以低值魚蝦和貝藻類為加工的重點，發展多層次的保鮮加工技術，改變產品結構；以冷凍冷藏促進食品加工，以食品加工促進綜合利用。建議製定一套全麵發展水產品保鮮加工的經濟政策與技術政策。這些意見，對其後全國加工工作的部署和開展，起了很好的參考作用。從一九七九年到一九八三年，國家水產投資總額為138103萬元，其中用於冷藏加工部分為28895萬元，占20.9%。同第一個五年計劃相比，雖然份額有所下降，但絕對額卻增加了8.3倍。
在改革、開放、搞活的方針指引下，許多地方實行專業性加工和群眾性加工相結合，傳統產品與試製產品相結合，大力開拓加工工業；同時在資金、物資等方麵扶持，改善了物質條件，充實了加工業的物質基礎。一九八三年有國營加工廠240家，職工3.7萬人。其中具有一定規模的綜合性加工廠有10多家。包括群眾自行加工在內，全年加工水產品148萬噸左右，占水產品總產量的27.1%，加工產值近11億元。加工產品有冷凍、熟食、罐頭、醃幹品，以及醫藥、海藻工業製品和飼料等2000多個品種。這一時期，水產加工業生產有了明顯的變化。1.群眾集資興建冷庫，改裝漁船，改善了生產第一線的保鮮條件。廣大漁民認識到要提高產品質量，增加經濟收入，必須改善生產條件，自己擁有保鮮加工手段。僅在二、三年內，沿海地區群眾建立的小冷庫容量就有3萬多噸，比國家動用大批投資的建設速度快得多。冷藏製冰業的發展，部分實現了魚貨的冰鮮化，而且推動了漁船的改造。2.打破了漁民過去隻搞捕撈不搞加工的局麵，實現了從出售原料向出售加工製品的轉變。在搞活漁區經濟的過程中，出現了集體漁業、專業戶、聯戶大搞加工的熱潮。例如，遼寧獐子島漁工商聯合公司建成了2座小冷庫、1個罐頭車間、1個魚粉車間，還購進了2艘冷藏運輸船，形成了一個比較完整的水產品加工基地。一九八三年該公司收入4351萬元，納稅141萬元，人均收入876元。一九八三年，廣東電白縣大力發展水產品加工專業戶，僅樹仔區就有403戶，成立了150個加工聯合體，加工水產品數量占全縣加工量的70%，成為水產品加工專業村，上交國家稅金46萬元。到一九八四年底，福建省加工專業戶發展到2.3萬家，加工聯合體2000個，群眾合資興辦的加工廠、魚粉廠、冷凍廠共100多個，僅晉江縣祥漁大隊就有300個萬元戶。群眾性加工業的興起，使漁業經濟由單一的捕撈、養殖生產向漁工商綜合經營的方向發展，由傳統漁業向現代化漁業發展。3.水產加工品結構開始改善，由過去的鹹幹品、大凍塊，轉向多品種、方便化。有一部分國營水產加工企業已由粗加工變為精加工、深加工，多次增值，建立起具有一定規模的、以食品為主，包括製藥、化工、飼料等門類較多的綜合性行業。例如，浙江普陀縣水產加工廠突破多年來醃、割、曬的“加工三部曲”，實行按質投料，因材施用，使產品“脫胎換骨”，生產了凍魚、凍蟹、魚片、罐頭等各類現代包裝的40多個品種，一九八三年利潤180萬元。4.湧現出一批名、特、優產品，為水產行業增添了光彩。許多企業狠抓質量管理，創名牌，爭優質，取得了好成績。上海魚品廠的鳳尾魚罐頭，青島第二海水養殖場的海藻酸鈉，黃海海藻工業公司和連雲港製碘廠的碘，青島海洋漁業公司水產加工廠的乳白魚肝油，大連水產公司和浙江海門水產綜合加工廠的維生素A、D膠丸，大連水產養殖公司和青島第二海水養殖場的甘露醇均獲得了國家銀質獎。另有一大批水產加工品被評為省優、部優產品。各地還努力改進傳統加工工藝，有些絕跡多年的名特風味產品，如山東日照縣的烏魚蛋，上海、廣東的油浸魚，江浙一帶的糟醉魚等都恢複了生產，受到了群眾的歡迎。為適應人民生活水平的提高，增進健康，一些保健食品、嬰幼食品，如人參橙汁魚肝油、多維蛋白營養糖、兒童魚鈣粉、濃縮魚蛋白等已研製成功，投入市場。5.加工生產同科研結合，有了新的發展。大連市由水產局牽頭，將加工廠、科研所、高等院校等14個單位組織起來，成立了一個跨行業的水產食品加工科研生產聯合體，兩年研製了5大類20餘個新品種，其中官保魚丁、鮮炸貽貝、調味裙帶菜等10多個品種已投入批量生產，為廣大消費者提供了新型食品，初步取得了較好的經濟效益和社會效益。在以東海水產研究所為首的10多個單位的共同協作下，對水產品“冷鏈”的科研攻關，探索魚貨保鮮運輸的規律和方法，使從產地運往城市的魚貨鮮度達到二級以上，進行了有益的試驗，受到了國家科委、製冷學會等有關部門的關注。