全世界的生物學家現在都正在與智能設計這場風潮相對抗。智慧設計反對所有我們在學校裏學到的達爾文演化論，而且認為既然生物如此複雜各異，想必是有某個創造者，從一開始就想好了所有的生物細節。生物學家說對了過去，但諷刺的是，講到未來，有可能智能設計才是對的。
本書寫到這裏的時候，有三種方式可能讓智慧設計取代自然選擇：生物工程（biological engineering）、仿生工程（cyborg engineering）與無機生命（inorganic life）工程。
老鼠和人
所謂生物工程，指的是人類刻意在生物層次進行的幹預行為（例如植入基因），目的在於改變生物體的外形、能力、需求或欲望，以實現某些預設的文化概念（例如愛德華多·卡茨心中的那種藝術）。
到目前為止，生物工程本身並不算是什麼新的概念。人們數千年來一直使用生物工程來重新塑造自己和其他生物。一個簡單的例子是閹割。在英文裏，未閹割的公牛稱為“bull”，閹割後的稱為“ox”，這種將牛閹割的做法已經有大約一萬年之久，閹割後的牛比較不具侵略性，也就比較容易訓練拉犁。此外，也有一些年輕男性被閹割，好培養出可唱出女高音優美聲調的假聲男高音，或是能夠協助宮廷事務的太監。
然而，人類最近對生物體運作的研究有長足進展，已經達到細胞、細胞核的水平，也出現了許多過去難以想象的可能性。舉例來說，我們現在不隻能夠將男性閹割，甚至還能通過外科手術和注射荷爾蒙，完全改變他們的性別。這還隻是開始。
在1996年，下麵這張照片出現在報紙和電視上，各方反應不一，有人驚喜，有人惡心，有人完全嚇傻了。
這並不是改圖修圖的假照片，而是千真萬確的一隻真的老鼠，背上被科學家植入牛軟骨細胞。因為科學家能夠控製新組織生長，就能讓它長出人類耳朵的形狀。也許在不久之後，科學家就能用這種方式製造出能植入人體的人工耳。{115}
此外，基因工程更是能做到一些幾近奇跡的事，也因此引發了一係列的倫理、政治和意識形態議題。而且，並不是隻有虔誠的一神教信徒指責人類不該搶了上帝的角色。對於科學家這種幹預自然事務的做法，有許多堅定的無神論者也同樣大感震驚。動物權利保護團體譴責這種基因工程實驗，認為這不但造成實驗動物的痛苦，而且改造時也完全無視家禽家畜的需求和欲望。人權保護團體也擔心，基因工程可能被用來創造某種超人類，結果就是其他人都成了他的奴隸。另外也早有人預期將會出現生物獨裁統治的末日場景，用複製的方式製造出不懂得恐懼為何物的士兵，不知道反抗是什麼概念的工人。許多人都認為，現在人類太快看到太多的機會，手中已經握有基因修改能力，卻還無法做出明智、有遠見的決定。
結果就是，我們現在隻發揮了基因工程一小部分的能力。現在改造的大多數生物，都是那些最沒有政治利害關係的物種，像是植物、真菌、細菌、昆蟲等等。舉例來說，大腸杆菌是一種共生在人體腸道裏的細菌，隻有在它跑出了腸道、造成致命感染的時候，大家才會在報紙上看到它們造成的消息。而現在大腸杆菌就經過基因工程改造，用來生產生質燃料。{116}大腸杆菌和其他幾種真菌也經過改造來生產胰島素，期望能降低糖尿病的治療費用。{117}現在我們也取出某種北極魚類的基因，植入馬鈴薯的基因，好讓馬鈴薯更耐寒。{118}
少數哺乳動物也正在接受基因工程改造。奶農業一直得要麵對乳腺炎這項大敵，每年奶牛因此無法產奶的損失高達數十億美元。科學家目前正在嚐試將奶牛基因改造，讓牛奶裏含有溶葡萄球菌酶（lysostaphin），能夠攻擊造成乳腺炎的細菌。{119}另外，最近健康意識抬頭，消費者不希望從火腿和培根吃到太多不健康脂肪，養豬業最近正在期待一種植入了蠕蟲基因的豬，這種基因能夠讓豬的脂肪酸從不健康的omega-6脂肪酸轉為健康的omega-3脂肪酸。{120}
真正走到下一代基因工程之後，這種讓豬有健康脂肪的改造就隻能算是小菜一碟罷了。現在，遺傳基因學家已經成功將蠕蟲的平均壽命延長6倍，也已經創造出某種天才老鼠，在記憶和學習能力上大有長進。{121}田鼠是一種小型、粗壯的齧齒類動物，很像老鼠，而且大多數品種的習性都是雜交。然而，卻有一種品種有忠貞的一夫一妻關係。遺傳基因學家聲稱已經找出了這種形成田鼠一夫一妻製的基因。隻要加上這個基因，就能讓田鼠從愛偷吃變成愛顧家，我們的基因改造能力就不僅能改變齧齒動物的個體能力，甚至有可能改變它們的社會結構。（而且，是不是人類也能如法炮製？）{122}