本書一開始，提到我們是從物理學走向化學、走向生物學，然後走向曆史學。而無論是物理作用、化學反應，或是生物的自然選擇，都對智人和其他一切生物一視同仁、殊無二致。雖然說在自然選擇這一塊，智人的發揮空間似乎遠大於其他生物，但畢竟仍然有限。換句話說，不論智人付出了多少努力，有了多少成就，還是沒辦法打破生物因素的限製。
然而，就在21世紀曙光乍現之時，情況已經有所改變：智人開始超越了這些界限。自然選擇的法則開始被打破，而由智慧設計（intelligent design）法則取而代之。
在將近40億年的時間裏，地球上每一種生物的演化都是依循著自然選擇的法則。沒有任何一種是由某個具有智慧的創造者所設計的。以長頸鹿為例，它的長頸是因為遠古時代長頸鹿原型之間的競爭，而不是因為有某個具有超級智慧的生物所操控。在長頸鹿原型之間，脖子較長的就能夠得到更多食物，相較於脖子短的，也就產下較多後代。沒有人（肯定也沒有長頸鹿）曾經說過：“如果有比較長的脖子，就能讓長頸鹿吃到樹頂上更多葉子。所以我們就讓脖子變長吧！”達爾文理論美妙的地方，就是並不需要有某位智慧過人的設計者來解釋為什麼長頸鹿會有長脖子。
數十億年來，因為我們根本沒有足以設計生物的智能水平，所以智能設計甚至從來都不是選項之一。一直到相對不久之前，微生物都是地球上唯一的生物，而且能夠完成某些神奇的任務。屬於某個物種的微生物，可以從完全不同的物種中取得基因碼、加入自己的細胞中，從而取得新的能力，例如對抗生素產生抗藥性。然而，至少就我們所知，微生物並沒有意識，它們沒有生活目標，也不會未雨綢繆、為將來做準備。
演化到某個階段之後，像是長頸鹿、海豚、黑猩猩和尼安德特人都已經有了意識，也有了為將來做準備的能力。然而，就算尼安德特人曾經有過這個夢想，希望雞可以長得肥一些，動得慢一點，好讓他餓的時候抓起來方便，他也無法把夢想化為現實。他還是隻能乖乖去打獵，獵捕那些經過物競天擇發展成現在這個樣子的鳥類。
大約1萬年前，因為出現了農業革命，讓古老的係統首次有了突破。那些還是希望雞能夠又肥又慢的智人，發現如果找出長得最肥的母雞，再把它與動得最慢的公雞交配，生出來的後代就會又肥又慢。這些生下來的後代再繼續互相交配，後代的雞就都具有又肥又慢的特點。這是一種原本不存在於自然界的雞，之所以經過這樣的智慧設計而出現，是因為人而不是神。
不過，與所謂全能的神相比，智人的設計技術還差得遠了。雖然智人可以通過選擇育種（selective breeding）來走快捷方式，加速自然選擇的進程，但如果想要加入的特性並不存在於野生雞的基因庫裏，就仍然無能為力。在某種程度上，智人與雞之間的關係，就和一般常見而自然的共生關係十分相似。智人等於是對雞施予了特定的選擇壓力，讓又肥又慢的雞特別能夠繁衍下來；就像是蜜蜂采蜜授粉的時候也是對植物施予了選擇壓力，讓花朵色彩鮮豔的品種更能生生不息。
時至今日，這個40億歲的自然選擇係統卻麵臨了一項完全不同的挑戰。在全球各地的實驗室裏，科學家正在改造各種生物。他們打破自然選擇的法則而絲毫未受懲罰，就連生物最基本的原始特征也完全不看在眼裏。巴西生物藝術家愛德華多·卡茨（Eduardo Kac）就在2000年推出了一項新藝術作品：一隻發著熒光綠的兔子。卡茨找上法國的一間實驗室，付費請求依他的要求改造出一隻會發光的兔子。法國科學家於是拿了一個普通的兔子胚胎，再植入由綠色熒光水母取得的DNA。當當當當！綠色熒光兔隆重登場。卡茨將這隻兔子命名為阿巴（Alba）。
如果隻有自然選擇，阿巴根本不可能存在。她就是智能設計下的產物。同時，她也可說是一個預兆。阿巴的出現其實代表著一股潛力，如果這股潛力完全發揮（而且人類沒有因此滅亡），科學革命很可能就遠遠不隻是曆史學上的一場革命而已。這很可能會成為地球出現以來最重要的生物學革命。經過40億年的自然選擇之後，阿巴可說是站在新時代曙光乍現的時間點，生命即將改由智能設計來操控。如果這種可能性終於成真，事後看來，到這之前為止的人類曆史就能夠有新的詮釋：這就是一個實驗和實習的過程，最後是要徹底改變生命的遊戲規則。像這樣的過程，我們不能隻看人類的幾千年，而要看整體的幾十億年。