1894年6月9日，日人以護送大島圭介返朝複任為名，由駐朝公使大鳥率400名日軍在仁川登陸，翌日抵達漢城。
在此同一天，由聶士誠、葉誌超所率領的戡亂清兵，也相繼到達了距漢城150餘裏的牙山縣。
而袁世凱也在前天接到了李鴻章奉旨出兵的電報，立時派人通知了朝鮮政府。
再說此時東學黨起義軍。全琫準拿下全州後，便積極聯合全羅道以外的其它各道的農民起義隊伍，籌劃揮師北上，直取漢城。正在這時，傳來了一個很不妙的消息，清國3000戡亂精兵已在牙山登陸。
這支起義軍本來就不是什麼訓練有索的正規作戰部隊，幾乎清一色的種地農民，聽到這一消息，頓時人心渙散，驚恐萬狀。再加農忙季節來臨，整天喊打喊殺的也不是什麼正當職業，忽拉一下，便散去了許多人。6月7至8日，全琫準的起義軍又連著吃了兩次敗仗，在情勢所迫下，小全不得不暫時放棄北上。朝鮮政府便趁機派人與全琫準講和。
6月10日，全琫準同朝鮮政府締結了“全州和議”。6月12日，東學黨起義軍全部撤出全州。
而由內田良平為首的日人“天佑俠團”，見“放火”的目的已經達到，也在幾天之前悄悄地離開東學黨起義軍，隱匿於漢城。
當6月9日大鳥率400名日軍剛剛進駐漢城日人領使館時，袁世凱就立刻找上門，當麵質問大鳥：
閣下隻是複任公使而已，用得著帶這麼多兵來朝鮮嗎？
大鳥並不生氣，而是笑笑說：眼下東學黨來勢正凶，保護領使館人員和日人在朝僑民，也是在下職責，何況隻區區400人而已嘛。
袁世凱很不客氣地說：400人？400人後麵恐怕是大部隊吧？大鳥頓時無語，談話不歡而散。
袁世凱立即將這一情況迅速電告北洋大臣李鴻章。李鴻章接到袁世凱的電報，即刻電飭駐日公使汪鳳藻照會日人政府，質詢日人私下單方麵派兵一事。
此時日人經過十年“退嬰”後，已不再是個乖巧可愛的“嬰兒”，而是一夜之間，突然變成了一個凶狠殘暴的禽獸，開口便說：日本政府從不承認朝鮮為中國之屬邦。同時，日人外相陸奧宗光還急電駐清公使小村壽太郎，命其照會清國總理衙門：朝鮮現在發生重大暴亂，我國認為有派兵必要，帝國政府擬派兵若幹，前往朝鮮。
6月10日，日人一支約7000餘人的混成旅團開始在仁川登陸。而聶士誠、葉誌超所率領的3000名清軍仍依然停留牙山原地待命。
袁世凱得到消息，急電報告李鴻章，並立即會晤大島圭介，會商雙方撤兵之事。根據袁世凱發給李鴻章的電報，兩人會談情況如下：
袁世凱說：韓國亂事漸平，我國擬定早日撤兵。日人如果繼續增兵，我國自然也要增兵，雙方防備，必生嫌隙。如西方人藉機播弄，韓國危急，清日亦必有損。清日和睦，亞洲大局可保。倘互生嫌隙，徒然自害。我輩奉使，應統籌全局以利國家，宣可效武夫應來多事？我深知必無利，故尚未調一兵來漢城。
大島圭介說：我之見解與您一致。我國因把韓亂看待太重，才派來軍隊。我年過六十，豈願生事？我們二人就此約定：我國留八百士兵，除外盡力阻止增兵，你也發電阻止貴國增兵，我們推誠相辦。
大鳥雖然自稱年愈六旬之人，但卻老而彌辣。表麵上說的十分動聽，實際上是在虛與委蛇，因為日人自感眼下在朝鮮的兵力尚嫌不足。大鳥之所與袁世凱口頭相約，為的是麻痹清國，延緩清國的增兵速度，為本國爭取增兵時間，占據軍事上的先機。
6月16日，日人混成旅7600名士兵全部完成登陸，其中先期登陸的5000名士兵已集中漢城一帶，抓緊構築工事，準備作戰。
袁世凱見日人非但絲毫無有撤兵之意，反而仍在繼續增兵漢城，心中大為驚恐！根據已往的經驗和判斷，日人並非來者不善這麼簡單，怕是要有大的軍事行動了！袁世凱不敢怠慢，即請朝鮮政府向日人政府提出抗議。朝鮮外署也多次照會日人駐朝公使大島圭介，要求撤兵，但大鳥卻一味搪塞，仍不打算撤兵。無耐之下，袁世凱隻好又向各國駐朝公使發出請求，向日人施壓。然而，此時各國的態度表現得十分微妙，他們本著各自的利益，隻是向大鳥發發抗議而已，似乎難以起到實質性的作用。朝鮮的局勢已充滿了危機，隨時可能發生不可預見的事情。於是，袁世凱不容自己再多想下去。立即急電李鴻章：
前與大鳥約訂，華不加兵，日續到兵，稍息即回。今卸完船兵將久駐。且韓餘匪以數百兵可除，何須五千久駐？韓人迭以公法各約駁詰，各國官員亦迭詰，均不理，惟稱護館，自屬狡辯。各洋人亦謂華應預備，未可信日。乞籌備。但日知今年慈聖慶典，華必忍讓。倘見我將大舉，或易結束。否則非有所得不能卻也。然前言俱食，後言何可信。況日廷意在協韓，鳥自不能主，且日本圖韓蓄謀已久，恐非口舌能了。似應先調南北水師迅來嚴備，事機已迫，乞憲度迅賜施行。
李鴻章接到袁世凱來電，深知朝鮮情勢急迫，很多情事已不是袁世凱一個人所能交涉得了的了。正在這時，日人政府自信日軍已在朝鮮立穩了腳跟，按照早已擬定好的計劃，由日人外相陸奧宗光於6月18日，向清政府發來了共管朝鮮的三條建議：一、日、清共同會剿東學黨；二、日、清共同改革朝鮮內政和稅務；三，日、清共同訓練朝鮮軍隊。除此還在附件裏聲稱：無論清國同意與否，日人都不會撤兵；清國不同意共同改革朝鮮內政，就由日人獨立進行。