還在東學黨這場農民起義處於萌發時，袁世凱就屢勸國王李熙“早為剪除，毋使滋蔓”以早遏亂萌。在崔時亨率領眾教赴漢城上書時，袁世凱又向國王李熙提出“格外鎮定，毋遽驚惶。為世民倡，宜速治魁首以厲其餘，並出示剴切的諭令禁止。”可是國王李熙均把袁世凱這些建言當成了耳旁風。到了崔時亨在忠清道報恩郡舉行“南北兩接”大集會時，麵對東學黨人漸成燎原之勢的動亂，朝鮮王廷這才感到了事態的嚴重，國王李熙和閔妃一時方寸大亂，遂派外署督辦趙秉稷前來與袁世凱籌商，袁世凱遂向國王李熙提出：簡派公正臣前往撫輯，將城鎮的貪官汙史和苛政分別汰除，再調各處練軍到那裏虛張聲勢，顯示將進行征討，並切實明白地吩咐其解散，倘若終不遵從，再議進剿。遺憾的是朝鮮王室和政府仍是畏葸不決。後經袁世凱一再勸說，並表示願自任督剿，朝鮮政府這才派魚允中趕往忠清道報恩郡集會場所，驅散了東學黨的集會。
另外，為將東學黨暴動剪除遏止於初時階段，早在2月15日全琫準在古阜舉行首次起義時，袁世凱就上報李鴻章，要求北洋派兵船赴朝彈壓：
東學邪教聯名訴請韓王盡數驅逐洋人，屢有揭貼榜文，沿西方人門前多端詬詈，聲稱將驅逐殺戮。在漢城的洋人都大為恐慌，凱屢勸韓國政府嚴厲緝拿懲辦，終畏怯不敢，剛才英國官員禧在明來稱，各國洋員均要求調兵船防範，已告以中國有彈壓責任、應該靜候。請求凱速調數船，以防意外，而消除各國的疑懼雲。查西方即等待中國彈壓，自然屬於好事，乞即電令水師，迅速派遣兩艘兵船來仁，以盡彈壓之責。
從字麵上來看，這實在是一份再也正常不過的電請，其動機無非是應外國駐朝使節請求，為穩定漢城局勢，杜絕列強以保護僑民的名義出兵幹預朝鮮的局勢，這與與清廷的對朝政策是一致的。遺憾的是，正是這份電請卻成了後人對袁世凱橫加指責和汙垢的鐵證。他們多把引發後來那場戰爭責任歸咎於袁世凱，認為是袁世凱錯誤估計形勢，導致李鴻章派兵赴朝事平亂，給日人造成了發動戰爭的口實。其實，無論是清政府出兵與否，日人發動戰爭已成必然。因為他們為了與清國打一場戰爭，已經足足準備了十年，這在前麵已經有過敘述。至於戰爭的借口，日人總會找到的，隻是或遲或早的問題。
5月4日，全琫準在白山大本營宣布了有名的“白山檄文”：
吾輩舉義至此，決非他故。所望拯百姓於塗炭，奠國家於磐石。當內斬貪虐之官吏，外逐橫暴之強敵。舉凡苦於兩班富豪之民眾，與夫受辱於方伯、守令之小吏，皆與吾輩同其怨恨，勿少躊躇，勿失良機，其速奮起。若失良機，追悔莫及。
這篇檄文還真有效，不到幾天功夫，全琫準的起義隊伍就一下子發展了13000多人。這支隊伍高舉著寫有“輔國安民”，“除暴安良”等漢字大旗，一路攻城掠地，連克扶安，金溝兩邑。全琫準在白山起義的消息震動了三南地區。全羅道觀察使金文鉉率250名差役和臨時招募褓負商千餘人來打全琫準。全琫準巧以伏擊戰術，於5月11日晨，在離古阜20裏黃土硯全殘官兵。當夜又乘勝前進，攻占了井邑，直逼全羅道首府——全州。
朝鮮國王李熙聽到這一消息，嚇得魂都要散了，匆忙派全羅道兵使兼壯衛營正領官洪啟薰（作者注：亦即洪在義）為兩湖招討使，率800京軍鎮壓起義軍。
在洪啟薰尚未出發之前，朝鮮國王李熙和閔妃商量了下，覺得國內發生了這麼大事兒，如今又要發兵招討還是商請袁世凱一下好。這個人有時是很惹人生氣，但這人還是很有詭謀。閔妃也知道袁世凱與洪啟薰關係私密，想來一定會幫忙的。於是使派趙秉稷前往漢城公署拜見袁世凱。
一見趙秉稷匆忙到來，袁世凱立刻猜到此人一定是為東學黨的事而來。趙秉稷剛一進來，袁世凱便迎麵說道：不用客套，有什麼事邊坐邊說。是不是東學黨又有新舉動了？
趙秉稷邊坐邊說：閣下英明，都快打到全州了。不知大人有何賜教。
袁世凱正了下身子，幹咳了下說：意料之中的事。是國王兩口子叫你來的吧？
趙秉稷連忙點頭說：是，是。
袁世凱短歎了下，道：東學黨人剛開始鬧事，本總理就曾三番五次進勸貴國王，早為剪除，早遏亂萌。可就是沒人聽啊！現在知道這些人的厲害了吧。不過，亡羊補牢，猶未晚也。
趙秉稷說：閣下說的對，國王已命洪啟薰為兩湖招討使，親率800名京軍前去平亂。隻是官兵都未經曆過戰陣，更別說什麼作戰經驗了。所以國王和王妃的意思，還是想請閣下拿些主意，指點一二。
袁世凱緩聲說道：拿什麼主意或指點什麼就不必了。我又沒到陣前，敵情不熟，你說我能拿什麼主意，能指點什麼？不過，既然是洪在義率兵征剿，怎麼著我也不能袖手旁觀。我挑兩名最棒的武弁，隨帶20名緝勇，前往幫助料理。你看，這樣總行了吧。
趙秉稷聽了，立刻站起，向袁世凱拱手施禮說道：多謝閣下。
袁世凱擺下手說：不必客氣。
送走趙秉稷，袁世凱立刻派人傳來徐邦傑和丁得朋兩人，先是將剛才與趙秉稷的談話內容向兩人簡述了下，然後囑咐說：你二人帶上20名緝勇，全挑精幹的，去幫助老洪一下。但別忘了多刺探軍情，及時稟報。
兩天後，洪啟薰奉王命率領800名京軍迅速南下，搶在全琫準的起義軍攻來之前，先一步進駐全州。洪啟薰所率領的壯衛營，原是袁世凱為朝鮮國王編練新軍的老班底子組成，後由美國教官訓練，使用的是洋槍洋炮，相當精良。而相對全琫準起義軍鳥槍、土炮、大糞叉，簡直不堪一比。全琫準也考慮到了這一點，於是決定暫且放棄攻打全州，先打火力薄弱的地方，順便多搞點好武器，武裝一下自己。思路決定出路，全琫準按照既定方針，很快敲掉了興德、高敞、茂長三地。東學黨起義軍愈戰愈勇，開始積極準備攻打全羅道首府全州。
這時，就要說說從東灜小島竄來的那支14人的“天佑俠團”了。
這天，日人“天佑俠團”在朝鮮海岸登陸後，又經過幾天的日夜兼程，終於達到起義大本營所在地全羅道淳昌。並且很快就和起義軍取得了聯係。
全琫準接到稟報，頗為躊躇，很不情願接見內田良平和他“天佑俠團”，因為東學黨的宗旨其中一條就是“斥倭斥洋”。但在部將慫恿下，認為日人此來若果有誠意，實為支援東學黨作戰而來，我們不妨趁機利用一下。全琫準這才改變了態度。
雙方見麵後，內田良平先是對全琫準及其義軍一番大肆吹捧，然後便言詞雄壯地說：我輩雖屬平民，然卻俠字當頭，仰慕正義之士，而將軍正是我等渴望追隨的威名人物。今日我等舍家擲產，遠離父母，置生死於不顧的來到朝鮮，就是為了襄讚將軍的正義之舉。協助貴國從清國的奴役下解脫出來，使朝鮮成為真正自主國家。
全琫準聽完內田良平的話，說“全琫準歡迎諸位俠士的到來。隻是不知內田先生是否知道我們起義的綱領？”