而日人政府既然聽從了李經方的建議，通過袁世凱幫忙調停，於是特派外務省參事官鬆崗鬱之進赴朝。鬆崗到了漢城，向大石傳述了日政府指示，大石隻好與鬆崗鬱之進一起前往拜見袁世凱。然袁世凱盡管接到了李經方請其從中協調的致函，但並未完全照辦，認為按照“閔梶協定”結案，已是作了很大讓步。而對大石提出的要求鹹鏡與黃海兩案並商的新方案，並不以為然，就連朝鮮官員亦不予回應。
大石對袁世凱的調停甚為失望，看來靠袁世凱的協調怕是很難解決問題，遂向日人政府再提“四月二日提案”。日人政府這時很認同大石正已的看法，認為這是朝鮮政府在敷衍袁世凱的調停，決定對其采取強硬措施。並於5月2日通過外務卿陸奧宗光建議，擬向朝方發出最後通諜：
為不至以因本案而使日朝關係決裂，獲望留一轉圜餘地，乃限期兩周內結案，並暫時擱置所謂“報複手段”。
陸奧宗光指示大石，向袁世凱說明日方采取強硬政策的正當理由，並願意再減少債額以求妥協。
大石接到指示，懷揣“最後通諜”幾次要求晉見國王李熙，均遭拒絕。恰好此時日人陸軍參謀本部次長川上操六來朝鮮考察，於是趁著國王李熙接見川上操六時，也跟隨了過去，並將“最後通諜”遞交了上去。國王李熙對大石這種唐突做法，甚為反感，看也不看地隨手將“最後通諜”擲在桌上，登時就給了大石一個難堪。
第二天，亦即5月3日，陸奧宗光又電令日人駐天津代理領事荒川已次將伊藤博文的一封英文電函轉交李鴻章，其內容詳述了日朝之間“防穀令事件”與“鹹鏡賠償案”目前陷入僵持局麵之實情，還談到為此案陸奧宗光曾專門致函過令郎君，進而希望能夠假中堂閣下之臂，而得妥協和局，最後表示，為體現日方誠意，願放棄原來的十七萬元提案而降至九萬五千元。請李鴻章協勸朝方接受。其急切之情溢於紙上，並在電函的最後還甜甜蜜蜜的諛了一句“您的好朋友伊藤”。
5月5日下午，荒川已次拜會李鴻章時轉交了伊藤博文的上述電函，李鴻章答允了伊藤博文的請求，並於當日複函伊藤博文。同一天，李鴻章電令袁世凱：
頃日相伊藤電稱：“韓禁糧索賠不允，乞飭袁道諷勸賠本免息，否則撤使絕交……”彼令提督索賠，顯布疑兵，或相機勸韓酌增，了此葛藤。
由此可見，日人政府是多麼地期盼能夠取得袁世凱的協助，甚至不惜降低賠額，以求早日結案。可是大石卻仍然堅持對朝鮮采取強硬手段。
事實上，大石正已此次來到朝鮮是專門挑事的，這裏麵隱匿著一個很大陰謀，而這個陰謀的製造者正是日人陸軍參謀本部次長川上操六。此是後話。
5月11日，陸奧宗光電令荒川已次，明確告訴他在兩周內了結“防穀令事件”及“鹹鏡賠償案”之前，仍要繼續仰仗李鴻章的調停之力，隻有他的指令袁世凱才會聽從。
5月12日，伊藤博文電致李鴻章，稱日人政府希望五天之內，亦即5月17日之前了結這樁曠時日久的懸案，否則日人駐朝公使將下旗回國，頗有借以要挾朝鮮方麵的意思。
就在“清、日、朝”三國圍繞的此案緊鑼密鼓忙於談判結案，幾乎著急到了火燒眉毛的時候，朝鮮國內卻發生一個重大事件，這年3月，數千天道教教徒麇集漢城，在景福宮門前“伏閣”上訴，並不斷舉行示威活動，要求政府為其教祖崔濟愚平反並承認天道教之合法地位，以及驅逐在朝鮮除大清之外的所有外國人。4月間，達上萬人之眾的天道教徒又在忠清道報恩郡舉行大規模遊行集會，公開揭起“斥倭洋倡義”的大旗，盡管很快被朝鮮政府以軟硬兼施的手段強製解散，但卻預示著一場大規模的起義行動已即將爆發。
為此，李鴻章極其擔心日人趁機挑唆天道教起事，於大清不利，（作者注：後來的所發生的事情證明，李鴻章的擔心並非多餘）遂電令袁世凱“與大石開誠布公商辦，相機妥與籌議。”而此時的袁世凱剛被朝廷授於浙江溫處道實缺，令其擇期回國赴任。但其卻不願歸國赴任，並向李鴻章秉明原因說，日人大石太過於囂張，我與大石不了結了這場“官司”，就這樣匆匆離去，小子還以為我怕了他呢。不把大石搞滾蛋，我心實有不甘啊！接到袁世凱的請電，李鴻章考慮朝鮮那塊地盤沒了袁世凱這樣的人，還真是不行呢。李鴻章奏準朝廷先簡授溫處道，待第三次任期屆滿視情形再飭赴本任，就這樣，袁世凱仍舊留在了朝鮮，繼續擔任清政府駐紮朝鮮總理交涉通商事宜。所以大石雖狂，袁世凱楞比他還狂，雖有李爵爺電令，袁世凱仍然不願意勸說朝鮮政府增加賠償，也不願與大石再商談什麼，將大石一時掛在了當空。
軟的不願，硬的不行，搞得欲哭無淚的大石隻好硬起頭皮去找朝方要橫，而朝鮮政府更是表示不願再和此人談判，並任命南廷哲取代趙秉稷為朝鮮外署督辦，繼而又令朝鮮駐日領事權在衡向日人政府提出改在東京談判，同時要求日人政府將大石調回。朝方的這一做法，深得袁世凱和李鴻章讚同，對於大石的糾纏和恫嚇，完全不予理采。
日人政府雖然拒絕朝方重設談判地點，但仍令大石離開漢城赴仁川駐朝領事館等候訓示。擠兌走了大石，情勢立馬急轉直上，日、韓兩方均有相互讓步的表示，袁世凱遵照李鴻章的電令，勸告朝方接受日人重新提出的十一萬賠償方案。不久，在袁世凱多種調和勸告下，朝方表示願意接受，日人也得到了賠償，這樁懸掛已久的“防穀令”案，終於有了一個圓滿了結。
而那個曾經狂妄叫囂誓與袁大腦袋血拚到底的大石，卻被袁世凱略施外交遊戲手段，便使之四麵樹敵，慘遭擠兌，實在無法再在朝鮮呆下去了，上任僅隻半年，便不得不耷拉下腦袋，铩羽而歸。