有了這樣良好心態，袁世凱心情釋然了許多，但他仍不忘告戒自己，工作慎著點，把剩下的幾個月晃悠過去，一切都會好的。
事情往結不以人們的意誌為轉移，接下來發生的事讓袁世凱怎麼也“晃悠”不得了。
袁世凱本以為“樸定陽事件”可以暫時告一段落，隻等再行處理。可英國《倫敦時報》不知出於何種目的，將“樸定陽事件”的事實經過作了一次詳細報道，接著，俄羅斯、美國、日人等好多家報紙也相繼進行了報道和轉載。這令清廷十分憤怒。而袁世凱作為清廷駐朝方麵大員，自是深感責任重大，決定主動出手對“樸定陽事件”展開全麵調查，調查的突破口就選在樸定陽所言“未奉明文”開始。
1888年7月16日，袁世凱向朝鮮外署莊嚴地發出照會，在照會中袁世凱詳細陳述了對於限製朝鮮駐外使節的“三端”議定過程，“三端”傳達到朝鮮的經過，國王李熙對“三端”態度，樸定陽出國前對“三端”的認識，並附上所有與此相關的奏折、上諭、朝鮮國王谘文，往來照會，以及樸定陽在美國與駐美公使張蔭桓的交談與樸與袁世凱本人交談的全部記錄。最後得出的結論是：樸定陽出國前後已完全知曉“三端”，其所謂“未奉明文”完全是“辭托狡展，必由韓廷授意。”袁世凱責令朝鮮政府回答：“該使官究於何月何日奉到外署明文，仰即具複。”
7月20日，朝鮮外署兩次照會袁世凱，其大意是； 樸使在美言行確有相矛盾之處，至於樸定陽為什麼這樣做，“本督辦誠難懸揣臆對，俟詰明該使，再行詳複，實合情理。”在有關樸定陽何時起程的問題上，朝鮮外署使用模棱兩可的語言，但又不失其策略性。照會說：至起行日期，或因該使主動辭朝而言，貴總理所報，以其開船為據，致有此不符歟！意思是說，你將樸定陽乘船離開那天，當作了其赴美上任的日期，而樸則將“辭朝”的那天視為赴美啟程的日期。正是由於對起程日期的理解不同，才引起了雙方歧意的發生。至此，袁大“總理”對“樸定陽事件”的調查問責，再次無果而返。
自從袁世凱1885年11月18日以“總理交涉通商事宜”身份駐朝鮮以來，由於這近3年裏發生了太多的事，致使袁世凱與國王李熙和閔妃及閔氏集團的關係逐漸產生了裂痕，到了第二次“朝俄密約”事件，兩者的關係便開始變得惡化起來，曾一度幾乎到了不可調和的地步；尤為此次“樸定陽事件”的發生，李熙和閔妃兩人更是被袁世凱搞得寢食難安，恨之入骨。視袁世凱為邪惡的象征。而袁世凱也覺得朝鮮的情勢江河日下，叛離之心，日趨嚴重，補救乏術。本被視為自己雄飛之地的朝鮮，如今形同一塊“嚼之無味”之雞肋。於是，就有了袁世凱三年屆滿之時，調離回國的想法，他還專門寫信將自己的這一想法告訴給保齡叔。袁保齡自然體會侄兒之苦衷，激流勇退未嚐不是件好事，並回信告訴侄兒，到時他會在李中堂那裏極力周旋，或在北洋海軍曆練，也是可能的。
當然，這隻是袁世凱個人想法，至於到時候會是個什麼樣情況，一時誰也無法說得準。
可是，竟還有人比袁世凱的“個人想法”更超前更積極的呢？
如前所述，由於袁世凱與閔氏集團的關係和矛盾，幾乎到了雙方相互敵視的地步，閔氏集團便想借著袁世凱即將三年屆滿這麼機會，將袁世凱弄出朝鮮，永不再見。如果說那年德尼自告奮勇一個人“單獨活動”赴天津竭見李鴻章，要求撤回袁世凱算作第一次“倒袁”行動的話，那麼這第二次“倒袁”相比第一次可就顯得陣容與規格大多了，甚至還有點聯縱“組團倒袁”的意思。當然這當中仍少不了那個美國人德尼。
德尼每天除了衙門事務，便是日思夜想地著摸著如何將袁世凱從朝鮮弄出去，有時甚至都想得快要發瘋了。當聽說袁世凱任期將滿，就又開始到國王李熙和閔妃那兒鼓搗起來。由於這些年的長期壓抑和驚嚇，小李國王一直患有嚴重的“怯袁”症，他實在是被袁世凱“強奸”怕了，尤其有了前年“第一次倒袁”的教訓，李熙生怕這次再搞砸了，反而招來袁世凱更加強硬的製裁。但一向軟耳根子的小李國王，終歸還是架不住德尼的一再煽乎，有所心動。之後又一想象，覺得還是怕怕地，便派人叫來閔妃。小李國王先是說了自己的擔心，之後問老婆姐這事該咋辦好。豈料閔妃雙眉一擰，倆眼一瞪，說：這有嘛好怕，他換屆，咱要求換人，沒啥不妥嗎！李熙擔心地說，要是換的那個人還不如袁“總理”順意呢？閔妃迷了下眼睛，說：“這個嗎……兀地，閔妃一下睜大了眼睛，說，有了，叫大清派那個叫馬建常的來，那人很能“建言”。說到這兒，閔妃微迷起眼睛，似乎是在懷念當初與馬“神父”在一起“說橫論縱”的日子。
李熙看閔妃那一付沉醉的樣子，小著聲音地問：那咱該派誰去天津說說呢？
閔妃猛地睜大兩眼，說：“派誰，派……”剛說到這兒，閔妃拿眼盯起了德尼。
德尼一見閔妃盯上了自己，連忙搖手說：不行，不行。德尼有了上回那次驚嚇，打死這次也不敢去了。
李熙說：還是讓駐天津的成岐遠去吧。
德尼一聽沒自己什麼事了，連忙獻言道：“最好再聯絡些國際勢道支持，如俄國人、日本人，最好是我們美國人。”德尼稍稍頓了下又說：我這就去找丹士謨公使，叫他在李鴻章那找點袁世凱岔兒，擾亂下李鴻章的注意力。
閔妃好像一下子也來了勁頭，說：好，就這麼地。另外，過些天又是本王妃生日了，德尼你到時再給袁世凱弄點好瞧的，殺其威風且又挫其銳氣。
當天，德尼就去了美國駐朝使館，等他將來意說明後，丹士謨說這事政府不一定讓搞，我試試看。接著，德尼又馬不停蹄地去了俄使韋貝那裏遊說。韋貝打心眼裏就討厭這種小人，何況還是個美國人，便婉拒了他。弄得德尼灰頭土臉，大為尷尬。德尼連連受挫，情緒一落千丈，隻好灰不溜秋地回去了。
這天，又是閔妃一年一度的生日，袁世凱應邀出席閔妃壽宴。在內署門內落轎下來後，袁世凱便向著署內走去，到了客廳，賓客之間，相互施禮寒喧。惟有德尼見了袁世凱傲不為禮，且怒目注視。袁世凱這次毫不客氣，立刻請內署督辦沈舜澤派人將其轟了出去。德尼氣哼哼地走出內署，正在有氣沒處撒時，突然看見袁世凱所乘轎子停在內署院內，便指使人將轎子移到別處，袁世凱的差弁根本不理他這一套，雙方發生著爭吵。正在客廳坐著喝茶的袁世凱聽到外麵有吵鬧聲，忽地起身來到門外，隻見德尼正嗬斥自己的差弁，堅持要差弁將轎子移走。袁世凱見此情形，怒不可遏，大聲吼道：有誰敢將轎子挪動半寸，你們立刻將他給我扔到門外去！
德尼見對方人多勢眾，狠狠剜了袁世凱一眼，憤而離去。
10月31日，朝鮮國王李熙擬了一個谘文，一式兩份，命駐天津的成岐運分別呈遞總理衙門和北洋大臣，谘文是：
竊小國深荷皇帝撫字之恩，貴王大臣周旋之德，曆年感憂，非意能宣。總理駐紮朝鮮通商事宜三品銜升用道袁世凱，駐東祭酒(即久)，終難相濟。已將任滿三年，亟望貴王大臣，顧念東事緊要，商令北洋大臣，必擇安詳公平之員，更奏派替任前來，以維時局。在貴王大臣始終之惠，必能量察非得已之情。
成岐運在呈遞北洋大臣谘文時，還不忘閔妃所囑，推薦馬建常一把。
總理衙門認為袁世凱在朝鮮是有功的，駁回了國王李熙的谘文；李鴻章則告訴成岐運，早有致函貴國王，要求撤換德尼，這個人心地陰暗與袁世凱矛盾很深。今不見撤德尼而撤袁守，是何用意？至於你們所推薦那個“安詳公平之員”馬建常，這會兒不知跑去哪兒“建言”去了。
第二次精心蓄謀策劃的“倒袁”活動，就這樣地被清政府總理衙門和李鴻章給輕輕撫滅了。
但這些袁世凱當時是毫不知情的，他在上個月6日，還在發電報稟告李鴻章，說朝鮮政府已委派金思轍為駐美使館參讚，啟程前往美國，“聞金至美即調樸定陽回任。”
李鴻章於10月21日電令袁世凱，“照章應計期函詢。樸如何詳複。”
袁世凱接到李鴻章的回電，即向新任朝鮮外署督辦趙秉稷發出照會詰問。
趙秉稷複照說：該使非久將回任，擬麵詢事實，徹底查究，仍將縷細情形詳複貴總理。
11月1日，袁世凱複照朝鮮外署：貴函所開美使樸定陽匪久回國一語，未識該使已否由美啟行，約計何時可抵韓境。尚望明白詳複，至為禱盼。
這次朝鮮外署接照後，並沒有立即回複，似有拖延之意。袁世凱於11月6日再次照會朝鮮外署督辦趙秉稷催問：祈將該使樸定陽已否由美啟行，約計何時抵韓境，明白詳複各節，至今未見示複，殊為盼切。
到了11月9日，朝鮮外署的複照這才跚跚而來，稱：查問據美樸使來信，聞身有病，將匪久回國而已。其已否啟行，何此抵境，姑未可的對。如有確報，當即仰布，尚祈涵亮。
對於朝鮮外署複照，袁世凱極為不滿，11月10當即照會趙秉稷，對其11月9日複照內容進行了全麵駁斥，認為作為一國駐外公使，絕無不經請示未經批準，僅籍口有病便擅自回任的道理。這是多麼簡單的外交常識啊。樸定陽的歸國日期難以確定尚有可原，難道樸定陽何時從美國啟程的日期也不能確定嗎？以下為照會全文：
敬啟者：本月初六日接貴督辦複函內開：駐美樸使行期，啟行姑未可的對等因，準此。查該使樸定陽有全權使任，而貴督辦統交涉之大權；如該使行止不先請示，而貴督辦亦不與聞猶得謂之統署乎；且該使受朝鮮重任，惟貴統署之命是聽；而如不等命令而自為行亦得謂之朝鮮使臣乎？本總理將謂必是理。查貴函有雲：據樸使來信聞將有病將匪久回國等語。果有此信。必貴統署亦允其即回，確實可據，始可以此複告本總理：豈有僅據該使自稱將回，貴統署未加允否，遽而輕信，即以此複告本總理耶？況電報咫瞬息萬裏，該使啟行與否，理應隨時電達，即貴督辦既準本總理鄭重函詢，亦不難隨時電查；而貴督辦來函委為何時抵境未可的對，猶可說也；已否啟行未可的對，實未免依違之詞，非本總理之所願聞。總之，為國之道非信不立，以此論交尚此不可，況用於中韓往來要公乎？本總理深為貴督辦惜之。惟望貴督辦將該使已否啟行一節從實詳複，實為玉盼。
照文言詞，一針見血，咄咄逼人，令對方即難招架，亦無力反抗。
朝鮮內外兩署自知無可置辨，隻好稟請國王李熙下令將樸定陽立即從美國召回。國王李熙亦感詞語術窮，非含糊推諉所能了事，同意電招樸定陽從速回國。同時令內外兩署前往漢城公署拜見袁世凱，請求寬恕，撤回照會。
11月13日，朝鮮議政府領議政沈舜澤、外署督辦趙秉稷分別照會袁世凱：駐美使臣樸定陽來信，該使病甚，懇求回國。昨已發電，允其速回，諒當不日由美國啟行，來月內可抵敞境也。
從照會內容可以看出，朝鮮內外兩署是多麼虛偽與狡猾，一個“諒當不日由美啟行”作為搪塞敷衍，就是不肯回答袁世凱幾已催問的樸使歸國日期。事實上此時已距樸定陽由美啟程日期隻有6天，樸定陽不可能不向朝鮮外辦報告其確切啟程日期的，都到這個時候了，他們還在一路撒謊，一再拖延。
因為後據清國駐美公使張蔭桓奏報；樸定陽於1888年11月19日離開美國，啟程回國，書記官李夏榮代行館務，隨員薑進熙協辦。而樸定陽呢，為了瞞過張蔭桓，竟然連向清國駐美使館拜辭一下都沒有。
此後，袁“大總理”便陷入了苦苦的一場等待。但袁世凱仍卻抱定著一個主意，樸定陽不回國，其“違章”案就不能了結，此案不結，則清政府絕不會批準朝鮮再外派使節。別忘了那個“五國使”趙臣熙，此時已在香港窩了好幾個月了。清政府一日不批準，他就一日不敢挪步出使。看誰能拖到最後。