然而李鴻章沒有想到是，“長崎事件”不僅過早的暴露了清國的海軍實力，而且竟還深深地刺激了日人的民族心理。1887年2月，“長崎事件”剛處理完畢，3月，日本天皇就下令從內庫，也就是從自己的日常開支和生活費中撥款30萬元作為海防補助經費，日人全國的貴族和富豪無不為天皇資助海軍建設的行為而感動，也都竟相為海防捐款。日本拚命發展海軍的狂熱情緒由此被煽動起來，到了本年9月底，其捐款數量就達103.83萬元，這些資金全部被用作擴允海軍軍備，為後來的“甲午海戰”埋下了一個不小的“伏筆”。此乃後事，書歸正傳。
李鴻章接到袁世凱第六封電報後，心裏頗犯躊躇，這是袁世凱第二次向他提出“興兵廢王”了。李鴻章認為“興兵廢王”絕非一般兒戲，它不僅將要動蕩朝鮮國本政體，搞不好還會造成朝鮮士民們的慌亂和不安。同時一旦“興兵廢王”在國際上也必然會引起強烈反應，俄、日兩國又會作出如何反應？所有這些李鴻章都不得不慎重思考，周密籌措。經過再三思慮，李鴻章決定先派陳允頤率500精兵，仍以查看電線為名到朝鮮，密與袁世凱及大院君李昰應籌議。如果大院君李昰應有誅亂之力，即囑其誅除群小，是否廢掉李熙，則視情形而定。接著，李鴻章電令駐俄公使劉瑞芬，命其直接探詢俄政府密約文憑一事；又電令駐日公使徐承祖，摸底一下日人在這件事情上持何種態度。
到了還是朝中有人好做官，袁保齡及時將以上情況告知袁世凱，並在信中指點說：眼下要義，以撇開俄人一麵為主。細詢魯軒，知現在所得者文憑之存本，並未向俄人破臉，甚好。朝之君臣既不認帳，此時此事即可宕迭下去，一字不必提，專心做捕亂召變文字，便使韓民有變，石老（作者注：李昰應字石破）可藉此出頭，中國可借發兵，乃為上上文字。陸軍即到，國已易主，俄雖暴，不能向我無端尋釁，俄雖強，又無如韓人舉國上下一心，不服他何也。
可是，袁世凱並沒有聽從叔父袁保齡的建議，他而是找到此時賦閑在家的金允植，一起密與大院君商議，廢掉李熙而另立其長孫李埈鎔為君。單等陳允頤率500精兵一到，立即發動。但是由於大院君李昰應在與人說話中不慎走漏了消息，（大院老頭是無意還是有意，這就不好說了），嚇得李熙褲子都尿濕了，閔妃更被驚得六神無主，整個王宮慌亂一團。經過連夜商議，大家一致認為：這都是文憑惹的禍，決定由外署督辦徐相雨以正式文書——照會方式，再一次向袁世凱表明國王和政府的立場，文憑之事實是無端生有，希望能以此緩和袁世凱之盛怒。
照會如下：
朝鮮署理督辦交涉通商事務徐為密行照會事：照得本衙門昨聞有奸細之類捏造政府公文送交俄國公使求其保護之情。查此事實係國王及政府漠然不知，才聞驚愕，方寸失守。即向俄國公使請繳文憑，據稱該公使一辭詫異，全沒形跡，鈞核無術，曷任焦灼。竊敝邦偏蒙皇上字小之恩，視國內及，殊典特遇與天罔涯。自年來尤被再造之恩，環東土含生之倫，莫非天朝餘庇，孰不感戴？孰不銘篆？不意流言構誣於白地，衷情易阻於青天。思之及此，骨顫膽掉。所謂文憑，初無把捉。言之自歸虛妄，不容更辨。而國王自聞是說，深懼受厚誣而未獲暴衷於天朝，諭敝政府既告情實，再諭本衙門申行密告貴總理詳核洞悉諒並祁轉達總署諸王公大人北洋大臣鑒燭情原，俾敝邦得其昭誣伸枉。鐫骨之感倘複如何？理合備文密行照會，請貴總理查照。須至照會者。
袁世凱看到照會裏朝鮮政府誠惶誠恐，卑詞屈禮的辨白，也覺得挺納悶兒？因為按照以往國王李熙和朝鮮政府行事慣例來講，真有密約文憑，他們是不敢硬撐著膽子一再加以否認。袁世凱心想，會不會是閔泳翊有什麼問題？可仔細一想，沒道理呀，閔泳翊自打美國考察學習回到朝鮮，一直深得李熙和閔妃寵信，而且官至一品，不可能恩將仇報栽禍他們呀？何況其又與我袁某人交情非淺，難道還會誑哄我不成？
袁世凱決心要把這件事查個水落石出，於是立即派人去請閔泳翊過來公署，再進行一次詳細查問。不料派去的人回來說，閔泳翊找不見了，聽其家人說話意思，好像逃跑了。這讓袁世凱不免大吃一驚，沒了證人就等於手中失去了底牌，這往下去可該怎麼個玩法呢？
就在這時，陳允頤帶人來到了漢城。袁世凱就將這裏的一切情況告知了陳允頤，還說另有一份朝鮮外署照會和自己寫給李中堂的信，已讓駐仁川的北洋水師用兵艦送往天津督署。陳允頤此次帶人前來是“相機行事”的，按照這個情況，往下也沒什麼好“相機行事”的了，在漢城停留了兩天後，便回天津複命去了。
在李鴻章接到袁世凱的密函和朝鮮外署的照會的同時，也分別收到了駐俄公使劉瑞芬和駐日公使徐承祖的來電，日人對於此事很不以為然；俄外交大臣則聲稱：“未聞朝有求保護之事。”李鴻章即日複電劉瑞芬，要俄外交部公開聲明；如有此事，即作廢紙。並警告俄國尤不可派兵赴韓。
李鴻章見俄國人矢口否認文憑一事，廢黜李熙一事也胎死腹中，就連唯一的證人閔泳翊也逃得沒了影兒，覺得再搞下去也沒什麼意思了，遂密示袁世凱稍稍收斂些手段，賊娘，別再往大裏搞了。但必須令朝鮮政府追回文憑，這一點決不含乎。
袁世凱得了李鴻章指示，又不依不饒地逼著朝鮮政府往俄使韋貝那兒索要文憑，並且軟硬兼施地借機迫使其重新啟用金允植。重新啟用金允植的事朝鮮政府一口應承下來，可朝俄使索要文憑這件事卻辦得很不理想，俄使韋貝雖但拒不承認有過文憑，而且還以武力相嚇。為了一張莫名其妙的“破紙”，袁世凱幾乎快把朝鮮人給逼瘋了。
這時金允植已重新履任朝鮮外署督辦，金允植也覺得文憑一事太過撲朔迷離，於是奉國王和政府之命，又以朝鮮外署名義向袁世凱發了如下照會：
朝鮮督辦交涉通商事務金為密行照會事：照得本國不安分之人往往虛造謠言，偽作文憑，摹拓國寶，誑騙外人。本督早為是慮，前年照會各國公館；內有嗣後外國人與朝鮮人立約無論公私，如無本衙門蓋印，視同私約等語。刻已刊布遠近。今有人自日本傳；金玉鈞帶有國家文憑。設法鉤取，本督辦會同政府公共閱視確係膺造，當即稟明國王，我國王深為痛恨。仍思此等奸弊尚不絕於暗昧之中，特命本督辦再行聲明，為此備文照會，請煩貴總理查照前後，如有此等不明之文憑並無本衙門蓋印者均作為廢紙可也。
看來朝鮮政府真的沒招了，照會竟搞笑似將此事張冠李戴地嫁禍到金玉鈞頭上了。袁世凱看罷照會僅隻輕描淡寫地回複了幾句，依舊強令朝鮮政府派出謝罪使赴清國辨誣謝罪，並由朝鮮外署照會各國，聲明有小人摹拓國寶，假造文憑，誑騙外國，若無外署蓋印，均作為廢紙。既然文憑之事查不出結果，證人也跑了，這樣處理還算妥當。就連遠在天津的李鴻章得到袁世凱的報告，也表現得非常滿意。
1886年9月16日，朝鮮統署督辦徐相雨攜國王李熙致直隸總督兼北洋大臣李鴻章的信到天津辨誣。當月23日朝鮮專使李應浚向清國禮部呈遞國王李熙正式谘文，其節略如下：
敝邦服事天朝，二百餘年，恪守候度，罔有閑言。去月忽有奸細文憑，若敝政府寄與俄國公使者，內有請其保護等情。驟聞驚惶，莫省攸措。……此必不逞樂禍之徒，為構間之間，雖暫售其奸宄，莫掩其詐。俄人也一辭勞卻，絕不認有。其文憑之無實，亦可知矣。雖或有小人捏造，應永遠作為廢紙。敝邦君臣自聞此事必來。舉杯粟粟，不遑寧處。刻已飭令外署照會各國公使，前後如有此等不明之文憑，並無外署蓋印，均作廢紙。仍行構核奸細，務期得實，鋤除亂萌，昭暴危衷，庶可得立於天地之間。
是月27日，清廷諭命朝鮮國王李熙今後務必“屏斥邪佞，親近賢臣。”李鴻章亦致李熙剖論中朝關係，利害大端，勿惑弄說。
1886年9月30日，袁世凱上書國王李熙《上朝鮮國王書》，誠言懇勸，剖明利害，並喻言四條，明弊十款，說“中東相依，緩急可共，兩國一心，無事不濟，”否則“外侮將生，內亂踵至。”
袁世凱唯恐國王和閔妃氣氛稍變，又將“舊病複發”，繼續與俄人勾勾搭搭，損害大清宗主國利益，便又1886年10月7日，絞盡腦汁地創作了一篇《朝鮮大局論》，其論如下：
看了李熙的回複，袁世凱輕微地搖了搖頭，覺得自己辛辛苦苦創作的佳作，似乎對這位小李國王的心靈觸動並不大，隻能寄期望於小李國王隻要是遵照聖諭和憲諭行事，對大局也可俾益一二。
關於第二次“朝俄密約”引發原因，一般說法是由於袁世凱以“總理交涉通商事宜”的身份一到朝鮮，就分別設立了釜山、仁川、元山、龍山等四個商務分署，並由清國派商務委員，加強對朝鮮通商口岸的直接管理；袁世凱又以“上國”欽命駐朝大員的身份，自由出入王宮，有著監視國王與王妃之嫌，從而引起了諸閔集團的強烈不滿；加之漢城又風傳開化黨人金玉鈞將要聯合日本浪人進攻仁川，而後進攻漢城，鬧得人心騷動不安，恰逢此時，俄國首任駐朝公使韋貝抵達漢城。朝鮮王室在朝中群小蠱惑煽動下為了尋求俄國保護，以對抗清國和日人，再次親俄引俄，從而引出了第二次“朝俄密約”。當然這樣說亦並不失客觀，但是人們卻忽去了另外一個事實，那就是英、俄阿富汗戰爭中，俄人憑地緣和騎兵優勢擊敗英軍，而英軍為扼著俄國熊南下擴張的咽喉，一舉占領了朝鮮的巨文島。俄國人多次向清國交涉，請大清以宗主國身份製止英軍對巨文島的占領，然清國態度相當曖昧。俄國人正愁沒有機會和理由軍事幹預朝鮮的時候，正好朝鮮王室為巨文島請求俄派兵艦助朝防英。俄使韋貝當時很有些猶豫，怕大清出兵幹預。然朝鮮小人卻說清軍無用，不敢用兵。韋貝還是覺得滋事非同小可，答應他們容其再三思考。後又經過雙方幾次密談，俄使韋貝提出要朝鮮出具文憑。恰好此時，為了金允植複任外署督辦一事，被袁世凱幾次相催回國的閔泳翊來到王宮，此時的閔泳翊已是朝鮮為數不多的年青重臣，又甚得閔妃喜愛和信賴，於是國王李熙和閔妃便請他決斷此事。由於“甲申政變”一事，閔泳翊早已成為諸閔中唯一堅持事大立場的人物，他早就知道王室和政府此事蓄意已久，奈何群小得勢，國王輕信，如直諫阻止，不僅會為國王和諸閔疏遠，而且恐將為群小所害，徒死無益。不如陽順從引俄之議而陰秘密通知袁世凱，藉“上國”之力盡除群小，匡正大局。當袁世凱接到閔泳翊的告密後，竟以雷霆萬鈞之勢，逮上朝鮮王室和政府一路窮追猛打，這才引發了一場聲勢浩大第二次“朝俄密約”事件。事發後，“朝俄密約”的始作俑者閔泳翊處境極為難堪，便偷偷地離開漢城，從仁川去了煙台，在煙台閔泳翊致信李鴻章尋求保護，李鴻章卻顯得很不以為然，閔泳翊一氣之上去了香港，後又由香港去了上海。