第二天，沈舜澤接到袁世凱的致函，閱後心裏一緊，拿信的手都抖動上了。不錯，王室與諸大臣的確幾番與俄使韋貝議過求俄保護之事，但並未就此簽過任何一紙半文，更何來送俄文憑一說呢？沈舜澤又往細處一想，雖然沒有簽約文憑，但引俄保護這件事終歸是事實，如今既然被袁世凱這個大魔頭撞上，絕對不會輕易善於。這怕是要橫生禍事了！
饒是沈舜澤已是須眉皆白的“老江湖”了，為這“突來橫禍”楞是生生頭疼了一天，歸了也沒想出個如何應對的萬全之策來。因為雖然“送俄文憑”純屬烏有，但事情終歸理虧，想要將事情含乎過去絕無可能，惟直接麵對，相機言事。
此時天都已經很晚了，沈舜澤還是連夜帶著右議政金弘集前往漢城公署，去拜見袁世凱。
沈舜澤雖然心虛，但依然是正襟危坐，不失風度地提筆而談：
閣下函內所言之事，敝國王不知事起何處，甚為震驚，特命老夫等前來請教。
袁世凱提起筆來，歪頭瞅了下沈舜澤，心說，都這會兒了，怎麼著，還想和我袁某人打馬糊眼嗎。袁世凱認定了“送俄文憑”一事，這老頭難逃其綹，一甩手腕，下筆揮道：貴國有人送俄使韋貝文憑，乞請俄人保護，這麼大的事，領相能說不知道嗎？
沈舜澤端了端身子，緩緩落筆書道：這等駭人之事，就連老夫都聞所未聞，閣下又是從何處得知的呢。沈舜澤筆勢雖緩，但卻柔中帶鋼，竟以攻為守反問起袁世凱。
袁世凱書道：兄弟現有證據在握，至於從何得知，礙難奉告。
沈舜澤書道：有文憑亦定係小人假造，肯定與敝國王及內署無關。
袁世凱見沈舜澤不僅左右總是一個不認帳，而且還再為國王和自己撇清幹係，就很不高興，於是速策筆端道：領相查都不查一下，就連連矢口否認，總亦一味推諉，是什麼意思啊？明白告訴你，北洋兵艦將至仁川，金州營兵亦已集結待發，隻待兄弟消息，便可朝發夕至，屆時兄弟想為貴國曲諱，怕也無能為力了。
沈舜澤瞅著袁世凱要發飆了，不由吸了一口冷氣，他再也無法沉得著氣了，知道這位“上國”駐朝的一號首長是個言出必踐的狠手，得罪不得的，筆端微顫地書道：閣下切勿動怒，老夫這就回去稟告敞國王，如何辦理，容後請教。
次日一大早，朝鮮外署督辦徐相雨前來拜見，他告知袁世凱：昨晚國王連夜聽了沈相的稟報，甚為惶恐。引俄保護確有其事，但那也隻不過是個別大臣們的閑言碎聊，不足為信，若果真確如閣下所說，國王一定下令將文憑索回，並嚴辦生事小人。
以後數日間，朝鮮領議政沈舜澤，右領議政金弘集及外署督辦徐相雨等幾人，猶如穿梭般往返於王宮與漢城公署之間，反複解釋實無此事。拒奈袁世凱依然不依不饒，非要對方索還文憑，查辦小人，搞得國王和閔妃竟然自我懷疑起來，到底有沒有這個文憑，有，在哪？沒有，這股邪風又是從哪裏吹起來的？
就在整個王室上下慌亂一團之時，8月15日，大院君李昰應突然秘密造訪袁世凱。大院老頭是心疼他那國王兒子，才來懇請袁世凱暫息雷之怒，說這一切肯定是閔妃那幫人嘀咕的。袁世凱對大院老頭曉以大義，囑咐老頭赴宮泫奏太妃，痛陳利害，一定追回文憑，查辦小人。
大院君李昰應聽了袁世凱囑咐，不敢稍有怠慢，直去王宮。大院老頭見到兒子，父子相擁而泣，大院老頭轉而又泣奏太妃，太妃也哭，見老父與太妃均哭，國王李熙又哭了起來，在場的諸大臣見老頭，老婆們哭，國王也哭，也都跟著哭上了，一時間整個宮裏哭得亂遭遭的。惟閔妃在旁側目冷笑，跟個沒事兒人似的。
朝鮮王室和政府知道引俄保護一事業已敗露，唯一彌補就是懇求袁世凱寬容可否，立刻懲辦小人，以消彌禍端。
8月16日，閔應植前來求見，他告袁世凱，國王已於今日下令將金嘉鎮、趙存鬥、金鶴羽、金養默等四位主張聯俄大臣拘捕，待事情進一步查證後，即行定罪。至於文憑一事，我們派人去向俄使韋貝索要，韋貝一口否定，拒不承認此事。
袁世凱一聽就火了，這不瞎扯嗎？他稍下又克製著怒火，說：再次索要。追不回文憑，僅是拘捕幾個人有什麼用？此事不算了結。
閔應植忙說：敝下這就回去稟報。
袁世凱望著閔應植走出的背影，心想，看來光是赤手空拳一個人單練你們是不行了，逼得袁某人非出重錘不可。袁世凱決定再發電報，徹底了結李熙和閔妃這對麻煩蛋，尤其那個刁鑽娘們兒，實在可惡。於是，袁世凱又向李鴻章發出了第六封電報：
韓王使遞文憑人蔡賢植逃，而幽害之以滅口。欲抵賴匿憑，以待俄兵。然文憑有韓王國寶，將不知從何抵賴？鬼蜮情形，殊可切齒。此時臣民交哄，舉國鼓沸。如有五百兵，必可廢王，擒群小解津候訊。查王及王妃托俄已深，事必通俄，勾引串謀，愈去愈深，華難勝防。凱本庸愚，廖叨委任，際此非常，瞬息千變，日夜焦急，伏乞憲台密授機宜，庶無隕越。
李鴻章接到袁世凱電報，遂命北洋水師提督丁汝昌派出“濟遠”、“威遠”、“超勇”、“揚威”等兵艦弛往仁川，遊戈探巡，以備乘機舉事。同時也借以展示清政府強大的海軍實力，遏製他國對朝鮮可能的侵略企圖。李鴻章對俄人屢屢勾引朝鮮群小，企圖染指朝鮮，早已是深惡痛絕，但又恐棋著落後，為俄所乘，故以先聲奪人，甚至不惜一戰，也要堅決維護藩屬的安全。
由於大清北洋水師向仁川一再增派兵艦的消息，在日人各報大肆登載，引起日人國民上下一片嘩然，以為大清有借機出兵之嫌。惟有內閣首相伊藤博文，外務卿井上馨力主以靜製動，不可稍有輕易之舉。因為他們早已通過日人駐朝公使高平小五郎彙報得知，朝鮮欲意引俄保護是真，而文憑一說實乃捕風捉影的事兒，故伊藤，井上二人認為大清此舉無非是在警示俄人不可輕舉妄動，文憑之事最終隻能是白忙乎一場。
然而這中間清、日之間還是出了點麻煩。當北洋水師從仁川沿朝鮮東海岸巡遊至永興灣一帶時，丁汝昌接到李鴻章的電令，命其前往海參崴迎接當時參加清、俄關於吉林東界勘定談判的吳大澄，艦隊將吳大澄送至摩闊崴，隻留下“超勇”、“揚威”、兩艘兵艦繼續巡遊，而另4艘“定遠”、“鎮遠”、“濟遠”、“威遠”等艦則經丁汝昌請示李鴻章獲準後，前往日人長崎軍港進行加油，維修。
由於當時長崎軍港是一個對外開放港口，各國兵艦都可以在此停留、加油或維修。當北洋水師4艦抵達長崎港時，盡管日人對歐美軍艦早已司空見慣，但對來自大清的鐵甲巨艦還是首次目睹，一時間碼上擠滿了看熱鬧的日人。仰望著威風武雄的鐵甲巨艦及上麵高高飄揚的大清龍旗，不少日人心中湧起一種極其複雜的情緒：驚歎、羨慕、嫉妒……
兵艦靠岸後，大多水兵都歡呼雀躍地忙著上岸購物，另有個別水兵卻跑到妓院嫖娼狎妓，但不知為什麼，這些水兵與當地日人警察發生起了衝突，衝突中1名日人警察受重傷，1名北洋水兵受輕傷。
當時的《長崎快報》是這樣報道的：有一群帶有醉意的水兵前往長崎一家妓館尋歡，因為發生糾紛，館主前往警察局報告。一日警至，已順利將糾紛平靜，但由於中國水兵不服，不久乃有6人前往派出所論理，非常激動，大吵大鬧，引起衝突。日警1人被刺傷，而肇事的水兵也被拘捕，其它水兵則皆逃逸。
李鴻章得知這一消息，說：“弁兵登岸為狹邪遊生事，亦係恒情。即為統將約束不嚴，尚非不可當之重咎，自不必過為急飾也。”“武人好色，乃其天性，但能貪慕功名，自然就我繩尺。”意思是，因嫖妓鬧了點衝突，小事一樁。當兵的搞點“自由活動”，這很正常，這樣的兵長官容易帶呀。然而，事態很快就擴大了。
事隔兩天，北洋水師艦隊放假，數百名水兵上街觀光遊覽。鑒於前日的衝突，水師提督丁汝昌嚴飭水兵不許帶械滋事，但最終還是在廣馬場外租界和華僑居住區一帶，水兵遭到日人警察有預謀的襲擊，又發生大規模衝突，衝突雙方死飭人數80餘人，其中水兵死亡人數多於日人。
當時的情景是，日人數百名警察將各街道兩頭堵緊，圍起手無寸鐵的水兵揮刀亂砍；街道兩旁的日人在日警煽動下，從樓上往下又是澆開水，又是扔石塊，甚至有人手拿刀棍直接參與混戰。清國水兵猝不及防，人又分散各街，結果虧吃大了。事後，清、日雙方通過外交和司法的途徑進行了長達幾個月的談判，在談判中清國一直態度強硬，甚至以“撤使絕交，以兵相協。”談判直至1887年2月，雙方在英、德駐日公使調停下，最終彼此讓步，達成協議，稱此次衝突是語言不通，彼此誤會，不再追究責任和是非，對死傷者各給撫恤。日人付給清國水師傷亡軍官、士兵54人共52500元撫恤金；清國付給日人警官、警察31人共15500元撫恤金。
李鴻章將北洋水師4艘兵艦開進長崎加油和維修，本來就帶有威懾的意圖，所以在“長崎事件”的處理上，李鴻章一直堅持強硬態度，並且斷定“日人自知理短，斷不敢再生事端，貽人口實。”