胡林翼當這個湖北巡撫真是窩窩囊囊，沒有享受到榮華富貴，盡是擔驚受怕，慪氣勞累，而他對朝廷依然盡心盡職，並不像蔣益澧那樣有辭職打算。不過就這種狀況頂多隻能與太平軍打個平手，又何日能拿下武漢呢？也真是難為他了。大小戰鬥幾百次，有些州縣幾易其手，反反複複，說起來也沒什麼意思了。
再說一說南昌攻守戰。一八五三年九月，賴漢英奉楊秀清指令，直接帶兵圍攻南昌，韋誌俊同時占領漢口、漢陽準備奪取武昌。南昌城這是第一次受到太平軍進攻，當時的江西巡撫張芾在江忠源的協助下帶兵守住了城池。賴漢英久攻南昌不下，被楊秀清撤去軍職調回天京在刪書衙辦文事。不久石達開主持西征坐鎮安慶，準備集中優勢兵力拿下安徽大部，將圍攻武昌、南昌的部隊全部撤到安徽。武漢、南昌的清軍不戰而勝，得到喘氣機會。到了一八五四年四月，石達開在安徽戰場大獲全勝，太平軍又大舉西征，第二次占領武漢三鎮，南昌再受威脅。
這時候江西巡撫為陳啟邁，他的運氣還可以，太平軍雖然想拿下南昌城，但由於自身戰線拉得太長，西到宜昌、南至湘潭、北到天津城外、東至南京外圍到處都是太平軍的戰場，打南昌的兵力顯然不足。南昌城才勉強保了下來。此後曾國藩湘軍借湘潭大捷之威，收複湖南、湖北全境，直打到江西境內，活躍於九江、湖口鄱陽湖一帶，南昌更是安寧了幾個月。
這時候石達開因重用地主豪紳政治問題被調回天京。眼看秦日綱主持西征不行，楊秀清再度命令石達開主持西征，石達開采用驚心戰、麻雀戰搞得曾國藩第二次跳水自殺、磨得湖南提督塔齊布病死在九江城外，把湘軍主力困死在南昌、九江一線。
一八五五年四月太平軍第三次占領武漢，石達開又著手準備攻打南昌，以減緩湘軍攻打九江的壓力。曾國藩此時注重於守南昌和攻九江，大部分時間都呆在南昌城內。與江西巡撫相處久了，產生矛盾，一山不容二虎，曾國藩直接上奏皇上，說陳啟邁為人滑頭難以共事。皇上即刻將陳啟邁免職，改任湖北布政使文俊為江西巡撫。文俊吸取陳啟邁的教訓，在曾國藩麵前唯唯諾諾，言聽計從倒落得個省心。這一時期南昌城內的軍政事務，實際就是曾國藩在決斷。
曾國藩將彭玉麟從湖北調到江西以後，讓他負責帶領鄱陽湖水師。可是入夏以後，天氣很熱，彭玉麟吃不好、睡不好，一會熱一會冷，還拉稀跑肚。曾國藩又開始體恤部下，親自到彭玉麟病榻前問候：“雪琴啊！你這一病可對我湘軍水師極為不利，我是真心希望你早日康複啊！但是有什麼辦法呢，人吃五穀雜糧總有生病之時。這裏是戰爭前線，兵荒馬亂的，沒有好的養病環境、沒有家人的細心照料，很不利於你恢複健康。正好有幾個人回湖南招兵，剛好把你帶回家鄉去養病。你就回家去修養一段時期吧！”