但奇怪的是，自斯坦因在丹丹烏裏克考察之後，這個遺址就突然從人們的視野中消失了。無論是“尋寶人”還是後來的專業考察人員，就再也沒有找到這個遺址。
直到20世紀末葉，新疆的文物考古工作者才宣布，他們在策勒縣北部約90公裏的沙漠中，發現了隱匿近百年的丹丹烏裏克遺址，中國學者從而首次進入該遺址。
斯坦因考察和發掘丹丹烏裏克遺址的時間，是1900年12月。
斯坦因1862年出生於匈牙利首都布達佩斯，洗禮後取名馬克·奧裏爾·斯坦因。從青年時代起，世晃的征服者亞曆山大大帝、中國偉大僧人玄奘法師、威尼斯著名旅行家馬可·波羅這三個人物，就成了斯坦因崇拜的偶像，對他人生的宏偉藍圖產生了深刻影響。
1900年春天斯坦因以英國學者身份從喀拉昆侖山進人中國喀什時，還是個沒有國籍的人。他雖然放棄了匈牙利國籍，但還沒有正式取得英國國籍。
在這之前，他是英屬印度拉合爾（現巴基斯坦境內）東方學院的院長。為了順利到達新疆考察，他向印度當局呈交的申請書非常具有說服力。他寫道：“眾所周知，現今和田曾經是古代佛教文化中心。很顯然，這種文化發源於印度，並且有明顯的印度特色”。他列舉了當地找寶人發現的許多古代文書、錢幣、雕刻、繪畫等文物後，接著寫道，“如果對這些古遺址進行係統的發掘，將會得到對於印度古代文化研究極為重要的發現”。
斯坦因如願以償，得到印度政府的大力支持。到達喀什後，又受到英國領事喬治·馬繼業的熱情接待。
當年10月斯坦因到達和田，他興致勃勃地考察了於闐古國遺址約特幹。當他聽一個叫吐爾迪的探寶人說，在沙漠中有一座“象牙房”，那裏邊有許多寶物。從他的描述中，斯坦因立刻聯想到了斯文赫定發現的丹丹烏裏克。於是他決定，丹丹烏裏克這座神秘的城市廢墟，就是他的第一個探險目標。
12月初的沙漠，已是寒冬季節。斯坦因在和田雇了30多個民工，開始向丹丹烏裏克遺址進發。
這是斯坦因第一次進入沙漠，他饒有興味地寫下了對沙漠的最初印象：“沙海一直延伸到遙遠的南方，它那波浪似的沙丘看起來就像海洋一樣。這些沙丘越來越高，爬起來也越來越困難，矮種馬的蹄子深深地陷在鬆散的沙漠裏。每上升三四十英尺，都令人汗流浹背，疲憊不堪……”
吐爾迪對沙漠中的地形非常熟悉，所以他們比較順利地到達了丹丹烏裏克，並且很快就開展了工作。
丹丹烏裏克遺址散落在低矮的沙丘之間，一群群古老的建築物在沙漠中半露半掩著，殘垣斷壁四處可見，就是被沙丘埋沒的廢墟，仍可從立在沙埋層麵上的一排排木樁或房屋框架上分辨出來。
斯坦因一行進入一些較大的房間，牆壁上殘存的佛和菩薩畫像的痕跡，立刻清楚地說明他們已經站在了佛教寺院的遺址中。
他不僅發現了許多浮雕人像，還發現畫在牆壁上的比真人還要大的佛和菩薩像。最使他激動的是陸續發現了一些各種文字的文書，進而在一所建築物中發現了佛教寺院的藏書室，這更使他喜出望外。
斯坦因獲得的大量手抄本文書中，有波羅密文的，也有大量是漢文的。漢文文書有一張是狀告某人借驢不還的內容，上麵注明的日期是大曆十六年即唐德宗建中二年，相當於公元781年，文末標出寫狀人的地點是“梨榭”，這可能是丹丹烏裏克當時的名稱，也可能是城中某個更小的居民區的名稱。除了“梨榭”，漢文文書還涉及到一個名為“護國寺”的佛寺。此外，斯坦因又發現了一隻來自中原的彩繪漆木碗。從上述這些遺存，斯坦因推斷“寺院組織中的最高佛僧首領是漢人，而皈依者顯然都是當地人。”同時，從一些破碎的紙片上還可以看到公元八世紀時這裏佛教仍很繁盛。於是斯坦因又得出如下合乎情理的結論：“這些瑣碎內容的漢文文書散落下來不久，沙漠便吞沒了這些小屋子。小紙片不可能抵擋住年複一年的春秋季節風沙對這個地區的衝刷。”
接著斯坦因又發現了古梵文和突厥文的文書，還有一些精美的佛教壁畫。這大大增強了他的興趣和信心。“雖然天氣冷得像在北冰洋”，但他還是要繼續發掘下去。