城破之後，李文成的妻子張氏帶了天理教徒進行巷戰，不敵之後一家閉門自殺。天理教徒在城內各處與清軍激戰，“巷戰良久，有賊手執大斧，官兵砍其頭，僵立不撲，猶作迎敵狀”。清軍損失慘重，遂放火焚燒全城。至次日中午，才將所有天理教據點燒毀。縱橫直隸、河南、山東三省的天理教起事，在四十天之後終告平息。此戰中，天理教教軍戰死一萬七八千人，被燒死者七八千人。
負責圍剿的那彥成在奏折中詳細描述了李文成及天理教徒血戰到最後的場景，是為悲壯絕倫。在中國曆史上，從來不缺反抗，不缺熱血之輩。然以區區幾十人之力，殺入皇宮，直擊中樞，天理教卻是唯一。
天理教主要骨幹馮克善、牛亮臣等人，經過一個多月的審訊之後，於嘉慶十九年被淩遲處死。京師的民眾，又可以目睹一場血肉橫飛的酷刑盛宴。然而，正如天理教所宣稱的那樣，千年末世之劫在華北降臨。林清事件之後，此年華北平原上瘟疫流行，民眾死者過半，此後又有持續多年的各種災荒。
此年年底，恍若驚弓之鳥的嘉慶，突然下了一道奇怪的禁令，不準民間販印小說，禁止民間雜劇上演。嘉慶認為，小說雜劇之中充滿好勇鬥狠的內容，無知小民看了受其感染，為害尤甚，務必認真禁止。
林清事變是清代由盛轉衰的征兆，“是役為有清一代興亡關鍵”，它也是中國古代史上王朝更替規律發作的標誌。
不斷的王朝更替，仿佛是中國曆史跳不過去的宿命。而導致王朝更替的農民起義，則來自於農業社會中的自然與社會因素。自然因素可能是水災、幹旱、地震，社會因素則必然是土地兼並、稅賦過重、人口暴增，而最根本的問題，則是土地與人口的問題。
周期性的黃河河水泛濫與改道，整個華北平原的幹旱，一直是曆代王朝所麵臨的自然方麵的主要威脅。而河工的開銷，也成為軍費之外最大的一筆開銷。麵對著洪水與旱災，人們團結起來抵抗災害，以獲得最低限度的生存權。但依賴單純的人力去對抗強大的自然力，其效果常是微乎其微的。自然災害導致眾多的百姓背井離鄉、陷於貧困，大量彙集的流民，常會釀出震撼王朝的起義。
天災之外，對中國古代農民影響最大的一是土地兼並，二是各種賦稅徭役。中國古代的糧價一般狀態下價格往往是偏賤的，但是農民購買牛馬以及各種生產工具卻需要耗費相當資金，這是一般農民所不能承受的，如此農民僅能維持簡單再生產而無力擴大再生產。這種情況有利於豪門巨商的土地兼並，大規模的土地兼並造就了大量的無地、少地農民，加深了農民生活的困苦。至清代中期，土地兼並加快，“一邑之中，有田者十一，無田者十九。”
地方上各類水旱災害的治理、對外對內的用兵、不斷膨脹的人口所需的管理費用，這些都需要越來越多的經費。而康熙時已確定了“永不加賦”，於是各級官員開始巧立名目，橫征暴斂，致使農民無法生存，最後的出路，自然是揭竿而起。
數以億計的農民靠天吃飯，碰上好年景，可得溫飽，碰上災年則掙紮在死亡線上。要想在群體中獲得更好的生存狀況，就必須建立一個人丁興旺的大家庭，使自己家的男性勞動力多，拳頭硬，武力大。這就造成了一種負麵的“邊際效應”。
食物越短缺，群體越貧困，群體內部的生存競爭越激烈，為了生存，人人都在追求家庭人口數量方麵的優勢。結果人越多，食物越短缺，群體的生存競爭越殘酷，整體進入了惡性循環。這種循環的最佳狀態是在相互殘殺之後，群體數量、食物及其他生活資料剛好滿足群體生存的最低生活水準。
綜上所述，中國古代社會所麵臨的根本問題，就是對生存資源爭奪問題，這生存資源便是最單純的食物。要生存就得吃飯，要吃飯就得有地種，因此“耕者有其田，人人有飯吃”就成了中國古代社會的最高理想。這個理想也是大多數中國人生存狀況的真實反映。但中國古代，要吃口飯，是如此的不易。這需要老天蒙恩，風調雨順，有所產出；這需要聖王垂恩，與民休息，降低稅賦；這需要政府抑製豪強，控製兼並。假設這一切都能做到，中國農民仍麵臨著一個根本問題，那就是不斷增長的人口數量與有限土地之間的矛盾，這是無法克服的矛盾。