命運總是青睞有準備的人。康紹鏞在軍機處做章京，平日裏留心掌故，通曉當世之事，董誥等軍機大臣都將他作為左右手。康紹鏞將各省的將領姓名、是否有軍事經驗，統兵多少等數據整理好，編成個小冊子，隨身帶著。至林清事變時，嘉慶詢問直隸周邊各省將領情況，康紹鏞便將小冊子呈上。嘉慶由此知道他有才，可以大用，異日也做到了封疆大吏。
早在十五日，莊親王綿課已從被俘者口中得到了主持者是林清及林清居住地等信息，緊急報告給嘉慶。
十六日，嘉慶知林清是主謀後，迅速派正擔任步軍統領的英和回京，督辦抓捕林清。英和一路快馬加鞭，中途馬蹶，換馬再奔，三個時辰疾馳一百四十裏進京。英和入京後，先到神武門附近查看，見警備森嚴，秩序井然，方才放心。回京之後，英和迅速挑出精幹衙役張吉、高鐸、徐永功三人，連夜前往宋家莊抓捕林清。
林清從未能進入東華門的潰散教徒口中，判斷此次行動難以成功，整夜未眠，繞床嗟歎。此時他若是清醒，應當立即出逃，不能留在宋家莊。但林清仍將希望寄托在曹綸、曹福昌等人身上，希望十七日能再次發動，予清廷以致命一擊，故而未逃遁。
十七日黎明，張吉、高鐸、徐永功三人抵達宋家莊，摸到了林清家門口。林清家大門緊閉，張吉敲了一會門。林清在床上聽到敲門聲，以為是滑縣李文成派來的教徒到了，就穿了家居便服出來開門。林清一出門就被擒住，屋內的兩名教徒也一起被擒。林清被擒後，莊內人聲鼎沸，教徒紛紛湧出，要奪回林清。張吉等三人將林清押上馬車就往北京急趕。林清的手下一路急追，追到南苑門。馬車入城，城門轟然閉上，留下一路煙塵，追者方才絕望返回。據英和記載，張吉等人入京後猶驚魂未定，講述前後經過時結結巴巴，不知所雲。
英和抓捕林清有功，嘉慶一直記在心裏。英和五十歲時，兒子官也做大了，入朝時嘉慶竟然對他說：“你老爹今年五十歲，我記得他是四月十四日生日。”讓英和感動得又是老淚縱橫。到了生日當天，嘉慶又特意賜給禮物。英和的兒子奎照極有出息，道光年間也做到了軍機大臣，讓英和著實得意了一把。
十八日，被俘的陳爽將宮內接應的太監供出。除了五名太監直接參與此次行動之外，尚有九名太監加入天理教，都被英和一一擒拿。
十九日，嘉慶回京，王公大臣到朝陽門迎駕。嘉慶入宮後，即下罪己詔，王公大臣齊集於乾清門跪讀，嗚咽聲、痛哭聲，聲震宮廷。
至二十三日，嘉慶親自審問林清及太監劉得財、劉金等人。劉得財、劉金先入，看著這兩名太監，嘉慶憤恨不已，問道：“你們在宮內，朕對你們有什麼過分的地方？竟然敢謀反！”
兩名太監究竟沒什麼膽色，跪在地下連求主子饒命。嘉慶卻幽默了一下：“你們跟著林清了，我哪裏是你們的主子。”
林清受審時，絲毫不懼，麵對嘉慶，隻說自己的行動是為了應對末日之劫數，“今事不成，棄卻臭皮囊，以應劫數”。林清甚至言道，此次行動未能應上末日之劫，“將來另有起事之人”。
審訊完畢之後，所有被俘者照例是以最殘酷的淩遲處死。
曹綸、曹福昌父子不久也被抓捕。曹福昌很是硬氣，不想牽連太多人，行刑時對劊子手道：“我是可交之人，至死不賣友以求生也。”
京師巨變平息之後，所有的焦點都集中到了河南滑縣。早在九月十五日之前，已有大批清軍被抽調前往滑縣鎮壓。九月十五日事變之後，嘉慶又改調親信那彥成前往獨占，同時派出健銳、火器二營士兵二千名前往鎮壓。嘉慶又抽調了名將楊遇春前去滑縣。
楊遇春是乾嘉年間的名將，曾參加過平息苗疆、台灣等戰役，智勇雙全，備受清廷賞識。嘉慶初年，在平息五省教亂中立下大功。五省教亂之後，楊遇春收編了一批驍勇善戰之士，均技勇熟練，身經百戰，毫不畏死。