此時各城門已關閉，幾十名殘餘的天理教徒在宮內四處奔竄，卻絲毫不畏懼。太監楊進忠看情勢不妙，自己一個人逃走了。他的徒弟高廣幅倒是太監中少有的有膽之徒，帶了天理教徒從馬道奔上城樓，在城樓上打出旗幟。迎風招展，旗幟上書“順天保民”。眾天理教徒以白布裹頭纏腰，在城頭上大張旗幟，白刃如雪，呼號奔走，也是清代僅有的一幕大劇。
無數清兵湧上城頭，兵刃之聲不絕於耳。高廣幅持旗呐喊奔走時，卻被鎮國公奕灝一箭射中，跌下城樓，其他人或被格殺，或被俘虜。
京內大臣對於皇宮內的驚變不是很熱心，有至日落後才過來探望者，甚至有在禦河對岸逍遙散步旁觀的，這自然激起了滿族親貴的無限憤慨。事情平息之後，嘉慶秋後算賬，當日未入紫禁城與皇室共患難的大臣，如大學士劉權之、刑部尚書祖之望、禮部尚書王懿修等人，都被勒令退休。
在嘉慶朝擔任了十幾年首席軍機大臣的慶桂，為人性格平和，在中樞數十年，規規矩矩，不敢有絲毫逾越，毫無過失。當時人認為他過於謹慎，近於迂腐。此年慶桂已八十歲了，當日坐轎子入了大內。進了大內後，恰逢事變，轎夫將慶桂扔在順禎門。慶桂老先生昏昏沉沉地坐台階上，也不知如何是好。有人過來告訴此事。老先生猶自不信，朦朧著老眼，從容地道：“你這話從哪裏聽來的？怎麼可能有人如此橫逆？”
由於事起倉猝，內務府沒有準備大批火器營官兵的食物，就由莊親王綿課出錢到宮外街市上購買，從門縫中送入供火器營士兵充饑。平息事變之後，嘉慶特意請所有的官兵大吃了一頓，作為犒勞。
至黃昏時分，入宮的天理教徒有投禦河自殺的，有藏在城堞草叢中的，有匿入假山中的。領隊的李五，在一名內應太監帶領下，躲藏在一個石榻之間。天黑之後，火器營官兵嚴守城門，以防有人外逃。半夜時，宮內的接應太監張泰，在東華門城頭上伏地爬行，伺機準備出逃，被奕灝擒獲。審訊之後，才知有宮中太監暗通天理教。當日夜間，一名內務府的郎中與天理教教徒偶遇，被砍中肩膀狼狽逃命。
天理教教徒張文得藏在一隱蔽之處，看到一名帶著水晶頂花翎子的清軍軍官，拿刀殺死一名天理教徒。憤怒之下，張文得跳出來持刀將軍官砍翻。張文得被擒後，審訊時硬氣地道：“我是習教弟子，一秉至誠，死而無怨。”
當夜，宮內到處是巡邏者，打更的木梆聲整夜不絕。
十五日白天入宮的教徒七十二人，被俘、殺者有三十一人。
十六日淩晨，天初亮時，突然大雨如注，火器營士兵手中鳥槍的火繩被打濕。此時五鳳樓中人聲鼎沸，雷聲四起，清軍在雷雨之中，鳥槍無法激發，無不怨聲載道。十六日清晨，宮內各處陸續抓獲潛藏的天理教徒。
十六日夜間，在禦書處的一處石縫中，清軍又抓出教徒二十四人。為首的李五身手矯捷，拚死血鬥，重傷後不久死去。十六日共俘獲天理教徒二十七人，擊殺十四人，至此事態平息。共有七十二名天理教徒殺入宮中，其間共擊斃侍衛、太監等四十二人，擊傷六十餘人。
十六日，嘉慶抵達白澗行宮時，收到皇二子、皇三子的六百裏加急奏報，方知宮中的此次驚天巨變。嘉慶看完奏報之後，渾身發抖，竟淚流滿麵。現場文武官員，也是一片慌張。此次天理教從天而降，突襲紫禁城，是曆史上從來未有之舉，予清廷之心理打擊更是空前絕後。而天理教到底有多少力量，一時間也無從知曉，未來形勢發展如何，也很難預測。有官員慌了神，奏請嘉慶立刻前往奉天，待軍隊調集之後再行回京。
軍機大臣董誥則力主迅速回京。董誥對事態的判斷較為清晰，他對嘉慶道：“這不過是場小動亂，不久就有俘虜要送到。”看著嘉慶還在猶豫要不要逃去奉天，董誥急了，大哭著勸告皇帝。嘉慶無奈，遂從了董誥的意見，繼續進京。軍機大臣盧蔭溥此時正好扈從嘉慶，也幫著出謀劃策，調兵遣將，以平息事變。
嘉慶被此次事件給殺怕了，嚇驚了，看起來固若金湯的清國江山，卻被幾個底層小民攪動的搖搖欲墜。受此巨變，嘉慶心膽俱顫。十七日，行至煙郊行宮時，嘉慶頒《遇變罪己詔》，詔書最後稱“筆隨淚灑”。後來，在其他詩中，對此次事件的心理衝擊，嘉慶寫道：“齊豫騷動，闕下震驚，惟椎心揮淚，宵旰仰求上蒼赦罪，此外更無可言矣。”