事後，盧蔭溥自然提高了自己在嘉慶心目中的地位，不久即被提升為從五品的儀製司員外郎，並繼續在軍機處辦事。軍機章京被派去外省辦事時，都是作為軍機大臣的隨員。不想每當盧蔭溥被外派時，卻與軍機大臣一起並派，這說明他雖然是個小章京，但在嘉慶心目中的地位已不輸於軍機大臣。盧蔭溥外派到江浙辦事時，嘉慶還念叨著：“老翰林，好學問，竊念久離。”
嘉慶十三年，盧蔭溥隨同軍機大臣戴衢亨、長齡巡視黃河水利工程。在隨行時，盧蔭溥詳細考察，細心檢索各類文件檔案，並就整頓河務、鹽政提出了自己的詳細見解。此年，盧蔭溥被提升為正五品，繼續在軍機處效力。自二十三歲步入官場，二十六年的努力，四十九歲之齡，不過混到了五品，且還是軍機處的一名小小章京。
當無人之時，盧蔭溥定要苦笑一番。他的同年曹振鏞，早在嘉慶十一年，就做到了從一品的工部尚書。同是軍機章京出身的同年方維甸，也早就做到了封疆大吏。其他同年的進士，無不在官場上揚眉吐氣，風生雲起。
盧蔭溥知道，憑借著自己的能力與勤奮，做到二品大員毫無問題，可他背著沉重的曆史包袱。雖然對盧蔭溥相當信任，但在用人上素來謹慎的嘉慶還是不敢一口氣重用他。無人之處，一杯熱酒，解除心中抑鬱之後，一入軍機處，盧蔭溥仍一如既往的勤勉。
剛被提拔不久，盧蔭溥即與軍機大臣托津，一起前往江蘇考察漕運改海、運河決口等事宜。盧蔭溥不分日夜，迅速查辦了運河上的豆腐渣工程崩塌事件，其間還在鎮江審訊了金山寺和尚與人爭奪田地鬧出人命的案件。由於事務繁忙，此年他留在鎮江過年。此後兩年，盧蔭溥不是陪伴嘉慶出巡，就是到各省審理重案，處理河工，極其忙碌。
嘉慶十五年，在與軍機大臣托津一同前往四川瀘州查辦土司擾民案時，嘉慶當麵囑咐他到了四川後，秘密查探四川督撫是否存在不法情況。皇帝秘密囑咐臣子辦事，這是無上的隆恩，也是飛黃騰達的前兆。一路行到西安時，盧蔭溥突然收到表彰的諭旨，“盧蔭溥在軍機章京上繕寫諭旨，尚屬妥當。經派往外省查辦案件，均無貽誤。著加恩交部議敘。”
嘉慶十六年，盧蔭溥已五十六歲了，華發早生，卻還在軍機處做個小章京。雖然聖上恩寵，時常命他扈從周圍，可看著自己的同年進士，一個個都已步入了一二品大員的行列，盧蔭溥自當感歎命運的蹉跎。此年他又馬不停蹄，奔赴各地審案，充當殿試考官。
四月，軍機大臣戴衢亨去世，軍機大臣有空缺，嘉慶提拔了閩浙總督方維甸。方維甸也是個傳奇人物，他的父親方觀承是乾隆朝的大員，至六十歲時才生下了他。乾隆聽到後也很驚喜，讓抱到禦前給他看看，並解下配囊賞給他。成年後方維甸入軍機處做了章京，並跟著福康安征戰各地。到了嘉慶朝，一直作為封疆大吏在各省處理政事，為政練達，所以此次嘉慶調他入京。不想方維甸卻堅決請辭，稱母親年邁，要在家中孝敬母親。
方維甸要孝敬老母，這讓主張“德重於才”的嘉慶極為感動，自然得批準。但軍機大臣的空缺，仍然要有人來填補。環顧朝野，打量群臣，勤勉無匹的盧蔭溥進入了嘉慶的視野。這個用人素稱謹慎，向無破格之舉的皇帝，決定破例提拔他。七月初四日，盧蔭溥被加四品銜，在軍機大臣上學習行走。
三十三年的宦海浮沉，十二年軍機章京歲月，盧蔭溥總算做到了軍機大臣。
雖然嘉慶朝，也有吳熊光、戴衢亨被從軍機章京上提拔為軍機大臣的先例，但那是太上皇乾隆的破格行為。嘉慶一生，破格用人的案例，唯盧蔭溥一人。盧蔭溥在年譜中不無得意地記載：“樞廷獨叨隆遇。”
在軍機大臣任上，盧蔭溥穩穩地坐住了，並在此後十年之中，一直坐鎮軍機處。嘉慶十八年，盧蔭溥被提拔為二品大員。兩年之間，盧蔭溥從四品做到了正二品，官場無不驚歎：“蓋宦途之最速者也。”然而，驚歎者未曾看到他前半生的默默努力。
隆宗門外的殺聲
據當時人載，盧蔭溥每年元旦入軍機處值班之後，回到家中時都要虔誠地用牙牌占卜，求來年國家的命運，極為靈驗。不知道嘉慶十七年，他是否預測到來年有驚天大事發生。
嘉慶十八年秋，北方暗潮湧動，民間風傳“中秋八月，黃花滿地”，千年末日即將來臨。