但乾隆、嘉慶並立的時間裏，軍機處中和珅位高權重，隻想討好乾隆，未對軍國事務做出迅速反饋，這也是五省教亂蔓延日久的原因之一。和珅跌倒之後，嘉慶在給前線將領的諭旨中指出，從前軍營帶兵將領，都以為有和珅可依靠，並不以軍事為重，往往虛報戰績，冒領軍糧軍餉，各種弊端，數不勝數。督撫們要討好和珅，就讓地方州縣一級的官吏們孝敬。州縣一級的官吏們大肆搜刮，搞得雞犬不寧，民不聊生。督撫們撈到錢後，則去結交和珅，層層盤剝，官員們得利無數，而無窮苦累則由民眾來承擔。
前線高級將領，各省督撫，都有專折奏事的權利，各自表功，各自指揮。戰事持續幾年之後，清廷方才意識到弊端。鏟除和珅之後，嘉慶命勒保為經略大臣，統一指揮五省軍隊，各省督撫、各路帶兵大臣都受其節製，經過苦戰，方才平息白蓮教。在長達九年的白蓮教戰事之中，軍機處與皇帝之間是休戚與共，須臾不可分離。嘉慶九年十一月，嘉慶感歎道：“朕未明求衣，燈下辦事，同此勞者，惟軍機內廷數人耳。”
嘉慶二年，劉之協與齊王氏、姚之富等人分開後，來到河南寶豐、郟縣兩縣交界處秘密傳教。就在劉之協前往河南之後不久，在審訊教徒王仲芳時，和珅推測出了劉之協的下落。據王仲芳供稱，劉之協去了黃河北岸，隻是不肯說出地名。和珅判斷，劉之協或尚在黃河河南以北一帶潛匿，遂字寄河南巡撫景安，命他在河南各處秘密尋訪劉之協。景安尋覓了良久，就是未探查到劉之協蹤跡。
曾有被捕的教徒張建國，熬不過拷打，遂向和珅供稱，曾在北京城東潘家灣地方拜見過劉之協。和珅得悉後大喜，挑選了精細的衙役，化妝到京東附近暗查，結果發現並無潘家灣地方。和珅搶功不得，隻能悻悻地表示：“臣和珅仍密派妥幹番役，不露端倪，隨時隨地，留心踩緝。”
五省白蓮教的戰事，使得一些本該正常升官的軍機章京，也繼續留在軍機處中辦事。軍機章京章煦、汪日章，本來已經提拔升官，但二人在軍機處二十餘年，對於剿辦白蓮教軍事事務相當熟練，故而被繼續留在軍機處辦事。嘉慶六年九月，嘉慶特意指出，待大功告成之日，二人就可以離開軍機處，去新衙門上班。由於軍政事務的繁忙，軍機處的走廊上也放了一排碟子，碟子裏裝著各種小吃，以便軍機大臣、軍機章京們隨時取用。
乾隆死後，嘉慶從未曾放棄過抓捕劉之協的努力，抓捕劉之協，平息白蓮教起事，是縈繞在他心中的“第一等大事”。每一個被擒獲的教軍頭目被送到軍機處審問時，軍機大臣們都仔細詢問，以查探劉之協的下落。
老奸巨猾的劉之協，在河南偏僻鄉間一藏三年，不露絲毫痕跡。劉之協躲藏在河南寶豐、郟縣交界處，此地位置偏僻，官府控製薄弱，且地理環境複雜，曆來都是綠林呼嘯出沒之處，在此容易隱匿。在寶豐、郟縣活動了三年多，劉之協沒被河南地方官員捕獲，反而發展了眾多教徒，並購置了火藥刀槍等武器。
嘉慶五年，劉之協與徒弟商量之後，預備起事。寶豐境內白蓮教教徒的活躍動作，被一名叫作王遠誌的鄉紳探到，遂趕到郟縣與鄉紳郭久醇商量，最後決定由王遠誌到寶豐縣向知縣邱世俊告發。邱世俊隨即布置衙役鄉勇進行抓捕行動，寶豐的教徒被捕多人。
在劉之協的徒弟李傑主持下，嘉慶五年六月二十四日，白蓮教教徒聚眾攻打寶豐、郟縣兩縣縣城。河南地方上對於白蓮教鬧事早有準備，兩縣縣城都聚集了大批鄉勇，加固了城牆，裝備了火槍。在郟縣，教徒攻城不下，反被打死了十六七人，死了老公的婦女邊哭邊追著劉之協大罵，讓還她們男人。
劉之協平日裏在白蓮教中是被尊崇慣了的，教中人士見到他都得尊稱“爺”，跪下行禮。被幾個婦女痛罵之後，劉之協老臉掛不住了，就對徒弟李傑道：“我在湖北走了許多營盤，從來沒見過這樣不知規矩的人。如今我要上湖北去，多約些人來幫助。”劉之協讓李傑挑一個路熟的人同行，李傑挑了曾做過衙役的翼大榮帶路。劉之協走後，七月，各地的清軍援軍集中到寶豐，此時正擔任河南巡撫的吳熊光親自趕到指揮，很快撲滅了此次起事。
六月二十六日，劉之協帶了冀大榮步行出發。