至乾隆四十四年，於敏中病故，以阿桂為首席軍機大臣。阿桂是老臣，戰功顯赫，哪裏將後生小子和珅放在眼裏。阿桂不滿和珅，不會表現出來。但文武大臣之中，卻有一人不屑和珅，並明白地表達出來，這個人就是李侍堯。
李侍堯也是軍機章京出身，個子短小，卻精敏過人，凡讀書皆過目不忘。在軍機處值班時，被乾隆碰到，詢問機要，對答如流，被誇獎為“天下奇才”。此後官運亨通，一直做到封疆大吏，曆任湖廣總督、兩廣總督、雲貴總督。李侍堯依仗著自己資格老，能力強，看到和珅時也不把他當回事。據《朝鮮李朝實錄》記載：“李侍堯為皇帝信任，年老位高，平日兒畜和珅。珅銜之。”《朝鮮李朝實錄》中又評價和珅道：“性又陰毒，少有嫌隙，必致中傷，人皆側目。”被李侍堯當作兒畜一般侮辱，此仇怎能不報？
才幹過人之外，李侍堯得寵的原因之一，在於他每年給乾隆上貢最多，有時一年上貢八九次。所進獻的貢品都是各地珍奇寶物，乾隆收取一部分之後，其餘退回，這樣就落到了李侍堯手中。李侍堯納了無數寶物，惹得和珅眼紅。
乾隆四十五年，貴州按察使海明入京，前去拜見和珅。和珅詢問李侍堯的動靜。海明就將李侍堯貪腐無度的情況告知，又說李侍堯過生日時，自己曾送了兩百兩黃金給他祝壽。得了李侍堯貪腐的消息後，和珅大喜，現在有機會可以報仇了。
和珅相當狡猾，他不直接去找乾隆告狀，而讓海明在京內到處傳播李侍堯貪腐的消息。不久之後，官場上議論紛紛，風聲也傳到了乾隆的耳中。對於自己信任的大臣貪腐，乾隆深惡痛絕，遂讓軍機處召海明詢問。在被軍機大臣連續兩次召見之後，海明才正式呈稟了李侍堯貪贓枉法的詳細情況。
乾隆看到海明呈上李侍堯貪汙的奏本後，當場發怒：“侍堯身為大學士，曆任總督，負恩婪索，朕做夢也想不到！”
乾隆詢問百官，有誰願意去查辦李侍堯，不想滿朝文武都知道李侍堯的能量，無人敢出來攬這事。此時和珅挺身而出，自告奮勇，表示願意前往。乾隆遂在正月二十六日命令軍機大臣和珅親往西南，查辦雲貴總督李侍堯貪汙一案。在乾隆朝，軍機大臣所擔負的使命之一，就是代表皇帝去執行法律。進入軍機處之後，和珅對於此項職權倒是樂此不疲，因為借此能鏟除政敵。
一路上和珅風馳電掣，恨不得一口氣馳到雲貴，將這個眼中釘李侍堯給拿下。到了雲貴之後，查辦案件卻一直沒有突破。李侍堯在雲貴經營了幾年，根基深厚，親信眾多。雲貴兩省的官員，大大小小，都與李侍堯有交結，誰肯站出來說我曾行賄過李侍堯？和珅忙碌了些日子，卻沒有找到能將李侍堯徹底扳倒的證據，遂另謀他策。
和珅是個聰明人，知道要找到李侍堯貪腐證據，就要從他的親信入手。李侍堯的管家趙一恒，追隨李多年，掌握一切情況。和珅將趙一恒秘密抓捕之後，嚴刑拷打，總算問出了李侍堯貪腐的實際證據。和珅查出李侍堯收過臬司汪坼、銅廠廠員素爾方阿等人賄賂萬餘兩。同時也查出李侍堯將珠子交給屬下變賣，索銀五千兩。
三月十八日，雲貴總督李侍堯被革職拿辦。雲南巡撫孫士毅與李侍堯同在一城，卻不據實彈劾，也被革職發往伊犁效力，其他涉案官員一律革職。
五月初七日，乾隆下旨，讓各省督撫就如何處理李侍堯發表意見。此前經過審判，李侍堯被定為斬立決。各省督撫揣摩上意，回奏時都認為應該從重處罰，將李侍堯立即斬殺。唯獨安徽巡撫閔鶚元認為，李侍堯曆任封疆，勤幹有為，不妨饒他一命。據此乾隆認為，大多數督撫在揣摩上意，唯獨閔鶚元能據見直陳，遂降旨將李侍堯改為斬監候。
乾隆饒李侍堯一命，還有其他因素。在查抄李侍堯家產時，查出有黃金佛三座、珍珠葡萄一架、珊瑚樹四尺者三株。依照慣例，各省大員所呈送的貢品，每九種發還三種。據此推斷，李侍堯家的財物中，有五分之三屬於進貢所賞還。乾隆一看這個情況，心中自然生出感慨，這李侍堯還是為朕著想的。此外，乾隆在諭旨中曾說過：“李侍堯曆任封疆，在總督中最為出色。”朝廷上下，如李侍堯這麼能幹的也沒幾人，就留了他一命。