此案牽連官員甚多，前後三任鹽運使高恒、普福、盧見曾被以侵吞鹽引餘息，接受賄賂罪處死。紀曉嵐因為泄密被發配烏魯木齊。
軍機處中，軍機章京徐步雲被發往伊犁，軍機章京趙文哲、王昶則被發配到阿桂軍中，參與緬甸戰事。王昶、趙文哲都是上海人，與錢大昕等人並稱“江南七子”，在軍機處本前途無量，不想因為泄密被貶。
通過預提鹽引案，乾隆嚴厲整飭了地方鹽官，將兩淮鹽務納入到中央控製，並進一步加強了對鹽商的控製。就軍機處泄密事件，乾隆一直耿耿於懷。不久乾隆再次下諭警告道：“軍機章京常與官員親友暗通消息，從前有因此而獲罪者。如果再查出有徇私泄露，必嚴加懲治，決不寬貸。”雖然乾隆屢屢整頓，但軍機處泄密事件卻是層出不窮，招惹出無數是非，也埋下了諸多殺身之禍。
大小金川之戰
乾隆三十六年四月，首席軍機大臣尹繼善病逝，由劉統勳繼任。劉統勳剛上任，大小金川戰事再起。
此年有軍機大臣上奏稱，軍機處有中滿漢章京四十餘人，每年從戶部領取銀庫內賞銀四千兩，尚不敷辦公之用，請再添加五千兩，乾隆大度地允許了。軍機處中，軍機大臣不在軍機處領薪水，軍機章京則領薪水。軍機章京沒有什麼外快，收入也很微薄，有“職供文字一官清”之歎。但軍機章京有特殊的榮耀，且升遷的機會也多，故而被選為軍機章京者都分外珍惜這一職位。
在選拔軍機章京時就要求德才兼備，入了軍機處後，經過多年訓練，政務熟練，世事通達，參加科舉時自然比其他考生具有更多的優勢。此外，軍機章京的勤勞，皇帝每日都看在眼裏，不時會有封賞。第一次金川戰事最吃緊時，乾隆突然想起來，得獎勵獎勵天天加班的軍機章京們了，下旨稱：“辦理金川軍務以來，軍機處行走官員，皆黽勉供職，著分別等次，交部議敘。”隨後軍機大臣將軍機章京按照出力多少，分為三個級別，造表獻上，一一予以獎勵。
軍機章京久處中樞，與皇帝及重臣接觸的機會多。常有軍機章京因為辦事幹練，給皇帝留下深刻印象而飛黃騰達。軍機大臣在外出征戰時，常常會親自點名，將自己信任而又能幹的軍機章京帶上從軍。在前線的實際曆練，與軍機大臣們的同甘共苦，無疑是今後仕途中的重要資本。
早在第一次金川戰事時，傅恒就點名讓軍機章京胡寶瑔隨行，戰後胡寶瑔備受稱讚。舒赫德前往雲南征緬時，也曾親自點名，帶了軍機章京程燾隨行。這程燾不是常人，曾參與過第一次金川戰役、伊犁戰役，“心計手畫，不知饑渴，諸大臣依賴甚重。”阿桂往緬甸作戰時，身邊也有曾做過軍機章京的趙翼，及因泄密而被貶從軍的軍機章京王昶、趙文哲等人。
到了乾隆三十六年，軍機章京們更大的機會來了。此年大小金川的土司同時出擊，攻殺其他土司，搶奪土地和人口。大小金川同時滋事，讓乾隆大為震怒。第一次金川戰事的恥辱尚未褪去，現在金川土司又同時來生事，乾隆決計出兵先討伐小金川，然後再征大金川。
此戰曆時近五年，戰爭進程可分為初定小金川、再定小金川、平定大金川三個階段。
戰事開展後，乾隆照例派出軍機大臣前往金川前線督戰。首先派出的是軍機大臣桂林，隨後又調軍機大臣溫福前往小金川。溫福受命前往金川後，曾邀請軍機章京嚴長明隨軍幫忙，不想嚴長明堅決不肯。嚴長明以內閣中書入軍機處，在軍機章京任上七年，精於文書，為人多智，受到軍機大臣們賞識。別人問他為什麼不隨溫福從軍，他卻道：“此將必敗，跟著他幹什麼？”
嚴長明目光如炬，溫福為人剛愎自用，不聽人言，後來果然兵敗身死。
發動第二次金川戰役時，正逢乾隆朝國力最為鼎盛之際。乾隆三十七年年初，在給溫福的諭旨中，乾隆拍著胸脯道：“錢你不要擔心，現在國庫存銀八千萬，實在是太多了。朕去年給了你三百萬兩，將來不妨再給你添撥三百萬兩。”乾隆甚至道：“朕每以存積太多為嫌，天地生財，止有此數？”正是雄厚的財力，支持了耗時經年的大小金川之戰。
廣州知府趙翼，此時已升任貴州分巡貴西兵備道，成為正四品官員。到了貴陽衙門裏，趙翼屁股還沒坐熱，就開始緊張忙碌起來，為大小金川戰事征調物資。整個王朝都被動員起來，為金川戰事輸送人員、物資。乾隆是誌在必得，金川這顆堅硬的小鵝卵石，在大清王朝這架巨大馬車衝擊之下，能支撐多久？