傅恒臨終前，乾隆“每朝夕遣使存問，賜以內膳羹糜，俾佐頤養，複間數日親臨視疾，見其有增無減，軫念彌殷”。傅恒病逝後，乾隆“震悼”，親到傅府中祭奠。乾隆也知道是入緬之戰讓傅恒早死，作詩雲：“千載不磨入南恨，半途乃奪濟川材。”
傅恒早逝後，乾隆對他的後人寄予厚望，在詩中曾道：“平生忠勇家聲繼，汝子吾兒定教培。”傅恒還活著的三個兒子福隆安、福康安、福長安，被乾隆當作了自己的兒子來看待，後來都出將入相。乾隆對傅恒兒子的無限恩寵，也遺下了無數八卦，雲福康安係乾隆私生子之類，卻不解乾隆對傅恒的感情。
傅恒死後，由尹繼善接任首席軍機大臣。清代父子二人都入軍機處，且三代人擔任內閣首揆的，隻有尹繼善一門。尹繼善為人八麵玲瓏，喜好虛名，善於奉承。袁枚與他和詩時有“身如雨點村村到，心似玲瓏麵麵通”一句。大學士史貽直聽到後，大笑道：“活生生畫出一個尹繼善。”
對於尹繼善遇事推諉，以無事為福的性格，乾隆很是惱火，曾對尹繼善道：“對你已不抱希望，想將你交給刑部處理，想來你又不怕。”乾隆雖然不喜尹繼善和事佬的習氣，但尹繼善到底是雍正一手提拔起來的人物，也是滿洲貴族中難得的人才，還是要挑大梁的。尹繼善擔任首席軍機大臣時，已老態龍鍾，精神疲憊，行走遲鈍。擔任首席軍機大臣不過一年，在乾隆三十六年去世，死前遺命將所有稿子焚毀，墳前也不要立墓碑。傅恒、尹繼善兩個滿人大臣相繼去世後，自然地便由資曆最深的漢人劉統勳來接任首席軍機大臣了。
兩淮預提鹽引案與軍機處泄密
就在趙翼於緬甸前方從軍時，乾隆三十三年，後方軍機處也出了大事，牽連了軍機章京多人。
自創設後，軍機處對保密工作格外重視，如規定軍機處工作人員不得與各部臣僚來往，在軍機處服務的仆役均選不識字的少年擔任，對公文也嚴加管理，不得私自帶出。軍機處值廬為禁地，雖王公大臣，未奉旨也不得擅入。
但軍機處在人事製度上的弊端，決定了很難避免泄密。軍機章京都是兼職，從各部選調得力人員進軍機處，稱“入值”。但軍機章京仍須處理原衙門的事務。如軍機章京程燾，原先是兵部主事，調入軍機處後也得辦理兵部事務，經常不來軍機處值班。傅恒很惱火，抱怨道：“程燾經常不來上班，想必是留戀兵部吧？如果在兵部好，可不必再來軍機處。”程燾聽到後立刻收拾鋪蓋準備走人，傅恒一看他真要走，就趕緊過來將他挽留住。
對能幹的軍機章京，軍機處時常請皇帝免去他們原衙門的事務，專心在軍機處辦事。如乾隆四十四年，軍機章京孫永清本已升任刑部郎中，但他是軍機處的得力幹將，軍機處特意奏請將他升銜留任，並請將他刑部的事務免去，專心辦理軍機處事務。
雖然軍機處做了諸多保密工作，但由於與原衙門的聯係，加上官場千絲萬縷的人際關係，軍機處根本不可能做到絕對保密。
軍機處創設之後泄密事件屢屢發生，雖再三整頓也無濟於事。軍機處處理的事務，有很多是地方督撫也不知道的。京師、直隸、江南、浙江等地有些小官，與軍機處工作人員串通，將不發抄給督撫的公文打探出，並提供給督撫以博取歡心。為此乾隆特意下諭，斥責地方督撫嚴加查辦。
軍機大臣們多年經營，編織了密如蜘蛛網般的人脈。他們的這些人脈之中，很多是巨富之家。富商們常在河邊行走，難免鞋要濕掉。軍機大臣們得到消息之後，自然要幫忙照顧。軍機大臣裘曰修與鹽商牛兆泰是親家。牛兆泰被人控告後，裘曰修立刻修書聯絡地方大員，囑咐幫忙照顧。乾隆得知後，認為“軍機處行走之人，尤當以慎密防閑為要”，下令免去裘曰修軍機大臣職務。
因為鹽商的關係，乾隆三十三年，軍機處又有多名章京泄密。
主管鹽政的官員從鹽商處收取賄賂，這在官場中人人皆知。可這個索取賄賂也得遵循尺度，也就是中國俗語吃相不能太難看。乾隆三十三年，尤拔世出任兩淮鹽政使，一時顧不上吃相，急火火地跑去找鹽商要銀子。鹽商有錢，有錢了自然也會有點骨氣，有點傲氣了，因中國社會，麵子第一。尤拔世猴急地過來要銀子，麵子無存，這讓鹽商們也看不上，對他嗤之以鼻。