在金川取得名義上的勝利後，乾隆大喜，厚賞了傅恒。但傅恒在首席軍機大臣的任上，卻戰戰兢兢，如履薄冰，不敢有絲毫懈怠驕橫之態。從前任張廷玉、訥親的際遇上，傅恒清晰地知道，皇帝的如火般的恩寵，若不矜持點對待，瞬間會變成寒冰。但位極人臣之後，想要獨善其身卻也難了。
乾隆瀛台賜宴時，風傳有兩名學士為了討好傅恒，竟然跑過來向他屈膝請安。傅恒的兄長去世後，操辦喪事時，各部大小官員紛紛登門祭奠。由於車馬轎輿擁擠，竟將道路堵塞，以致要步行才能入內。
乾隆重用傅恒，是因為他能幹，會幹，肯幹，這有利於皇權，有利於統治。可看著傅恒的翅膀一天天硬了起來，乾隆也開始有點吃醋了。這吃醋，隻是看著傅恒在大臣們的簇擁下，在主持軍機處時如魚得水的姿態，在心理上產生出的失落感罷了。
憂慮傅恒的權勢過重，乾隆開始旁敲側擊，提醒傅恒。在內廷時，傅恒偶有小錯，乾隆嚴詞訓斥，美其名曰“防微杜漸”。一日上朝，傅恒因故遲到，跌跌撞撞地跑入時，氣喘籲籲。禦前侍衛笑道：“相公身肥，所以喘息。”乾隆順勢開玩笑道：“不但身肥，隻怕心兒也肥了。”
“心肥”的潛台詞就是膽壯、權重了。此言一出，傅恒“神氣不寧者數日”。
皇貴妃慧哲的弟弟，兩淮鹽政使高恒，因為貪腐被判斬刑。行刑之日，傅恒幫高恒求情，請看在皇貴妃的麵上，饒他一命。不想乾隆說了一句話：“若皇後弟兄犯法，當如之何？”皇後之弟兄即傅恒也。傅恒聞言之下，頓時“戰栗失色”，不敢再言語，高恒也被斬首。
對於乾隆“乾綱獨斷”的性格，傅恒洞然於心。成為軍機處首席大臣後，為避免以往首席軍機大臣一人入內廷見皇帝，給人專擅之感，傅恒請所有軍機大臣一同晉見，此後所有軍機大臣一起入見皇帝成為定製。對乾隆賞賜的黃帶、四團龍補服、寶石頂、雙眼花翎，他再三推辭，不敢佩戴，直到乾隆以不戴不符合禮製規定，才佩戴上。小心駛得萬年船，謹慎乃是保住富貴的不二秘訣，深諳此中奧義的傅恒，小心翼翼地幫乾隆打點著江山，如此才在首席軍機大臣位置上一坐二十餘年。
三世恩仇終落幕：平定準噶爾
軍機處的創設，源於雍正七年對準噶爾部的用兵。雍正年的戰事，雖重挫了準噶爾，卻未曾傷及其根基。自額爾德尼昭一戰大敗之後，準噶爾部與清廷達成和議，恢複貿易關係，以求恢複元氣。
乾隆接位後，初期對準噶爾也以和議為主。乾隆三年，雙方達成邊界協議，準噶爾部與喀爾喀部也就遊牧區劃分了界線。麵對著準噶爾這樣的戰鬥民族，乾隆也得收起他的征服欲望，至於涉及準噶爾的事務，則交給了軍機處處理。
就準噶爾人的通商請求，軍機處參照俄羅斯來華貿易的習慣，議定準噶爾每四年一次前來貿易，每次貿易團隊不得超過二百人。軍機處在奏報乾隆時，認為準噶爾部性本狡詐，不肯安分，如果取道喀爾喀蒙古部來貿易，恐要生出是非。故而特意指示準噶爾來北京貿易，必須從內地走，而不得取道喀爾喀。
乾隆十年，有準噶爾人出逃投奔清國，並稱準噶爾汗噶爾丹策零已死。消息傳到京師後，有大臣主張對準噶爾用兵，乾隆則認為不應乘人之危而用兵。但乾隆也命令臣下做好準備，預防準噶爾內部動亂。
乾隆此時未對準噶爾用兵，有著幾重考慮，其一，康熙、雍正兩朝對準噶爾用兵，均無功而返，這不得不讓他謹慎對待戰事。其二，準噶爾部中持續不斷的出逃者，表明其內部的分崩離析日益嚴重，待以時日，再做決策，更為有利。其三，大清此時正在休養生息，需要暫時維持和平。
噶爾丹策零去世後，兒子策旺多爾濟那木紮勒接位，並與清廷暫時保持和平。策旺多爾濟那木紮勒未經清廷許可，每年派人前往西藏，與西藏喇嘛來往密切，導致了乾隆的不滿，但這尚未成為引發戰事的緣由。
策旺多爾濟那紮勒為人暴虐，臣下稍不順心就被殺戮，人心盡失。策旺多爾濟那紮勒有同父異母兄弟各一人，弟弟策妄達什此時尚年幼，長兄喇嘛達爾紮成了叛逆者心目中的天然領導人，期望著以他取代策旺多爾濟那紮勒。