在獲得了西藏、青海之後，康熙所采取的策略都是分封地方實力派，讓彼此製衡。到了雍正年間，西藏各派勢力彼此爭鬥，內訌不已。噶爾丹策零此時提出要入藏，怎能不讓雍正心生警惕。
雍正在諭旨中訓斥噶爾丹策零：“現在西藏地方上兩派力量正在舉兵相拒，你提出去煎茶設供，似屬非分。你準噶爾不過是西北一個小部落，釋教廣行與否，與你煎茶又有什麼關係？”雍正在諭旨中也嚴令務必將羅布藏丹津給交出來，但準噶爾部對雍正的訓斥置之不理，這點燃起了雍正的征戰之心。
在政局穩定，權力鞏固之後，雍正積極籌劃，以備對準噶爾用兵。準噶爾的存在，終究是邊陲動亂的根源，且又牽連到西藏事務。汲取康熙朝對準噶爾部多次用兵仍不能奏效的教訓，雍正特設軍需房，整合六部與各省力量，集中財力人力物力，為軍隊提供充沛的後勤支持。到了雍正七年，軍需房又演變為軍機處，處理軍機要務。
創設軍機處，既是對準噶爾用兵的需要，也是集中權力的需要。軍機處創設之後，早先的議政王大臣會議徒具虛名，議政王大臣成為了虛銜，無應辦之事，有名而無實，在乾隆年間最終被裁撤。南書房雖仍為翰林入值之所，但已不參預政務，主要負責文詞書畫。但入南書房行走卻一直是清代士人心中的最大榮耀，皇帝也常讓親信大臣入南書房作為獎勵。
經過充分準備之後，雍正七年二月，以準噶爾部不肯交出羅布藏丹津為名，雍正對準噶爾用兵。清軍兵分兩路，北路以傅爾丹統領軍隊，西路以嶽鍾琪統軍。為了此次出兵，雍正準備了將近三年，希望畢其功於一役，徹底清除準噶爾部這個大患。
雍正對於此次用兵的充分準備是相當得意，曾道：“四海升平之時，國用充裕，朕細加籌畫，計議再三，凡命將遣官派兵運餉，以及車馬甲胄兵器耕具之屬，無不經理周詳。”
此次用兵結果如何呢？
插曲來了。雍正的愛將嶽鍾琪帶兵走到半路，突然碰到噶爾丹的特使特磊。特磊很是奇怪地道：“我押解羅布藏丹津前往北京，路上突然碰到幾個逃犯，說你帶兵來犯。我趕緊給噶爾丹策零報信，噶爾丹策零就讓將羅布藏丹津轉送回伊犁，再派我輕騎過來看看。”
特磊這一來，就堵住了雍正出兵的借口。雍正出兵的借口是準噶爾不肯交出羅布藏丹津，現在特磊跑過來驚訝地說：“啊，我正要交人，你怎麼帶兵過來了？”
特磊這一搞，雍正出兵就名不正言不順了。雍正愛惜自己的羽毛到了極致，為挽回麵子，他不惜用一百個謊言去掩飾自己的一個錯誤。特磊的出現，讓雍正麵紅耳赤，一時找不到理由繼續用兵，就下令暫停進軍一年，命嶽、傅二人回京商議。
清軍暫停攻勢之後，準噶爾軍卻開始了出擊，襲擊清軍後方，戰事正式展開。在初期的戰事中，清軍處於被動狀態，屢遭敗績。雍正九年六月，北路傅爾丹部被圍困在和通淖爾，大批官兵陣亡，傅爾丹狼狽突圍。
此後清軍一觸即潰，望風而逃，根本無法與準噶爾部交鋒。值得注意的是，此戰中準噶爾軍使用了新式炮兵。負責準噶爾部炮兵的乃是一名瑞典軍官。這名叫作列納特的瑞典軍官被俄國俘虜，從西伯利亞出逃到了準噶爾。列納特精通大炮鑄造技術，受到噶爾丹策零的重視。在列納特的組織下，準噶爾部建立了一支炮兵部隊。此戰中列納特親自指揮炮兵，立下大功。
準噶爾軍氣勢如虹，一路南下，攻到喀爾喀境內。噶爾丹策零得悉喀爾喀親王策淩不在遊牧地，領兵偷襲，擄走策淩妻兒。噶爾丹策零應該後悔自己此次對喀爾喀的用兵，因為他惹到了強勁的敵手策淩。
策淩是何許人也？
在大漠之西的準噶爾部的進逼之下，大漠之北的喀爾喀部人紛紛出逃，策淩也隨著母親一起投奔清國，並在北京居住。成年之後，策淩儀表堂堂，武功精湛，深得康熙的青睞。
康熙四十五年，康熙將二十二歲的六女兒許配給了策淩，此時三十餘歲的策淩早已成婚，並生下了兩個兒子。被皇帝看中，福禍交集，不管策淩多麼愛他的妻兒，隻能迎娶了六公主。六公主在三年半之後也就去世，留下了兩個幼子。對女兒的去世，康熙無比心痛，將她葬在安定門外，後世稱此地為“六公主墳”。如今的六公主墳隻存下了地名，而墳卻已不知在何方。
策淩是成吉思汗的二十一世孫，他血脈中流淌的是彎弓射雕的萬丈豪情。京師的紙醉金迷，漢人文化中的之乎者也，宮廷的煩瑣禮儀，絲毫沒有消磨去他的勇武精神。一代天驕之後的策淩，在清國的鼎力支持下，憑借著自己出色的武功，整合了喀爾喀部，磨礪了萬千驍勇之士，兵力強盛，軍威甚壯，稱雄於漠北草原。